題上，東林黨人與齊黨、楚黨、浙黨針鋒相對。在每六年一次的京察，雙方互相排擠：萬曆三十三年東林黨人都御史溫純和吏部侍郎楊時喬主持京察貶謫浙黨官員錢夢皋鍾兆鬥等沈一貫從中阻撓。三十九年北京京察驅逐齊楚浙黨官員，而南京京察主持在齊楚浙黨人手中又大肆貶謫東林黨人。四十五年浙黨主京察，也大肆斥逐東林黨人。天啟三年東林黨人主京察又盡逐齊楚浙黨。魏忠賢得勢後，齊楚浙盡聚其下，形成強大的閹黨勢力。而後，雙方爭鬥不休，直至崇禎末年東林與閹黨餘眾仍是勢如水火。
三、抑制礦監稅使之爭。從萬曆二十四年起，萬曆派出許多宦官充當礦監、稅監，在全國各大城市以徵商開礦為名，大肆掠取民間金銀。他們往往以開礦為名，強佔土地，毀民房，或巧立商稅名目，橫徵暴斂。有史學家考證後推斷，礦監稅使掠奪財富的總額超過了政府賦稅收入總額。7礦監稅使對社會經濟的破壞是空前的，各地城市居民不堪重負，反抗，民變此起彼伏。東林黨人本著士的“良知”，掀起輿論攻勢，想逼迫萬曆裁撤礦監稅使，其中東林黨推戴的李三才就曾三度上書，言辭激烈，贏得眾多東林黨人支援。但萬曆始終採取消極應對的措施，東林黨的強大政治攻勢，終究未使他屈服，這場曠日持久的衝突在萬曆去世後也就不了了之了。
天啟初年是東林黨的鼎盛時期，大量東林黨人復職，擔任朝廷重要職位，齊楚浙黨被逼到了困境。由於東林黨奉行嚴格的二元對立道德標準，許多原本中立的正直官員也被逼到了反東林陣營。與此同時，宦官魏忠賢由於深得熹宗信任，成為了權傾朝野的關鍵人物，反東林勢力漸漸聚集到他麾下。東林黨與閹黨的衝突愈演愈烈，東林黨人多次指責閹黨“奸臣亂政”。天啟五年，魏忠賢借“梃擊、紅丸、移宮”三案為由，唆使其黨羽造編《東林黨點將錄》上報朝廷。明熹宗下詔，燒燬全國書院。次年，東林書院被拆毀。東林黨人也遭到毀滅性的打擊，閹黨四處搜捕收押東林黨人，先後有“六君子”和“七君子”之獄。楊漣、左光斗等東林骨幹都受到慘無人道的迫害並被殺害。東林之盛終成曇花一現之勢，朝政完全落入閹黨之手。
天啟七年(1627年)，崇禎即位，魏忠賢被流放南直隸鳳陽府，東林黨人餘人才免遭魏忠賢的打擊。崇禎二年，崇禎皇帝下令為東林黨人恢復名譽，並下詔修復東林書院。東林黨與閹黨餘勢之間的鬥爭一直持續不斷，一直延續到南明覆滅。
對於東林黨人的評價，有兩種觀點：一派認為東林黨和齊楚浙及閹黨一樣，“都是從派性出發爭奪權勢而已”;另一派則認為東林黨“不務空談，主張躬行實踐，不是為講學而講學，而是要過問政治，以達到經世致用”。
東林黨人初心雖好，最終卻還是捲入他們極力反對的黨爭中，並最終因此慘敗在閹黨手下。
東林黨倡導經世致用，道德濟世，但他們經世的具體內容，主要體現在“清議論政”和“生民關懷”兩個方面。從這兩方面活動的內容、過程及其後果，也不難看出東林道德經世的可操作性是何等缺乏。更重要的是，東林黨人對於他們不切實際的幻想藍圖也並未真正推行，相反，他們當政期間忙於黨政，扶植同黨，對宿敵齊楚浙党進行殘酷打擊，欲將其一網打盡。雖然這是時勢所迫，是權力鬥爭的必要手段，但東林黨的腐化卻也是明視訊記憶體在的。由此看來，他們的失敗是必然的，縱使他們在黨爭中擊敗閹黨，也只不過迎來新一輪的黨間、黨內派系爭鬥罷了。無論如何，他們平息黨爭，拯救時弊的目標是無法達成的。