花嶼位於澎湖群島最西邊，在澎湖島西南30公里處，面積為1.29平方千米，平均海拔約40米。
花嶼上此時除了倭寇外，是沒有什麼原住民的。
花嶼西北端是山地，東南則是一片起伏綿延的蒼翠丘陵，是澎湖列島最西面的島嶼。
澎湖列島，位於臺灣本島與福建省之間，臺灣海峽中央偏東的位置。
不過此時的臺灣可不是這個名兒，而是叫東番或者小琉球，而琉球群島則被大明稱為大琉球。
澎湖列島之名，是因港外海濤澎湃，港內水靜如湖而得名，由臺灣海峽東南部64個島嶼組成，主要島嶼有澎湖本島、漁翁島和白沙島，面積約為96.6平方千米，佔總面積的76.1%。
分不出來，那就只能疑似倭寇活動。
魏廣德這樣寫，目的自然也是想把東番島打造成水師基地，使其成為南洋水師母港。
他們不知道在他們大獲全勝迴歸大明之後，他們此行也會被載入史冊，因為這次事件終於給了魏廣德出手的機會，名正言順把東番島，或者更應該叫做小琉球的臺灣納入中國版圖。
座船上，俞大猷召集部將吩咐道：“此番大軍分四路包圍澎湖列島，要對澎湖所有島礁進行搜查，務求不放過一個倭寇。”
洪武二十年十月，在與諸將論及兵政時，朱元璋這般說道：“國家用兵，猶如醫生用藥。開了大堆的藥，目的是要治病，不能沒什麼病就吃吃藥，那可要吃壞的!
治國也如此，國家不太平，用兵來勘定禍亂。
“大帥，東番島那邊要不要也去看看？上次壕鏡傳回來的訊息，佛郎機人前往倭國貿易時就發現了該島，稱其為福爾摩沙。
由此可見，朱元璋定下的祖訓並非無稽之談，至少用事實證明還是有一定的道理的。
為此，他和魏廣德都遭到了科道言官的數道彈劾。
魏廣德聽到張居正這麼說，淡淡笑道：“此奏疏只是不傳之秘，只在你我和宮中知曉便可。
當然，這個缺好木料主要是指江南地區。
“四方諸夷，皆限山隔海。僻在一隅；得其地不足以供給，得其民不足以使令。若其自不揣量．來擾我邊，則彼為不祥。
彼既不為中國患，而我興兵輕伐，亦不祥也。吾恐後世子孫，倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，致傷人命，切記不可。
實際上，孤懸海外的島嶼，許多已經沒有了居民居住，島上活躍的大多都是倭寇以及海商。
“是。”
知道了這股倭寇藏身於澎湖列島花嶼的訊息，俞大猷片刻也不能耽擱，當即吩咐平陽縣衙先把人收監，自己則是火速趕回碼頭上船，隨即船隊起航趕赴花嶼。
於是，張居正開口說道：“此事，一旦詔書釋出，朝中必然以祖訓反對，善貸可想好對策了嗎？”
開始訊息被嚴格封鎖還好，可是當朝廷對遼東用兵後，訊息自然是瞞不住的。
魏廣德做出這個安排，就是想要士人的響應。
同時，魏廣德又摘取戰報上關於此時東番島上環境的描述，參天大樹隨處可見，鬱鬱蔥蔥。
以島上資源，完全可保證大明水師數百年的建設。
“善貸，你遷移衛所去東番，還要教化當地百姓”
用魏廣德的話來說，明軍上島可為當地原住民帶來聖人教誨，讓他們開慧明智，乃是大功德之事。
不過，隨著大股倭寇被擊潰、殲滅，這些曾經被倭寇佔據的巢穴許多都已經荒廢。
為什麼這麼說呢?
大家應該要知道：用兵能消除禍亂，但也能招致禍亂，倘若恃富逞強，好大喜功，惹是生非，就會結怨挑釁，這不恰恰招惹了禍亂!
正如醫生亂開瞑眩之藥，強迫無病之人服用，雖然不至於造成身體殘疾或送命，但足以大傷元氣!
所以為國當政者應該常講軍事，但千萬不能窮兵黷武!”
有了這個原因，所以之前大明水師即便發現東番島上有倭寇活動的蹤跡，往往也只是快速打擊一番就立刻撤兵，並不會真正進入東番島。
朕以諸蠻夷小國，阻山越海，僻在一隅，彼不為中國患者，朕決不伐之，惟西北胡戎(指漠北蒙古)．世為中國患，不可不謹備之耳，卿等當記所言，知朕此意。”
這是一生講究“洪武”、“尚武”的老辣皇帝的“諄諄教導”，這更是朱元璋從歷史經驗教訓中得到的頓悟。