報道說，日軍約定對松井保密，不讓他知道南京暴行的全部真相。
當松井開始瞭解到城裡發生的強姦、殺人和搶劫的巨大規模時，他的心情極為陰鬱。1937年12月18日，他告訴他的一個文職助手：“現在我認識到，我們己在無意中給這個城市造成了最深刻的痛苦與創傷。當我想到我的那些已經逃離南京的中國朋友的感情和心情以及兩國的未來時，我只能感到沮喪。我覺得很孤獨，而且永遠也不會有心思為這次勝利而感到高興了。”甚至在當天早上對新聞界發表的宣告中，松井也流露出一絲這種遺憾的情緒：“對民眾遭受的苦難我本人甚為痛惜，但本軍隊決然繼續挺進，直到中國悔悟為止。現在正值冬季，這個季節提供了反省的時間。本人對一百萬無辜的民眾不勝同情。”
當天晚些時候，當這位日軍指揮官為這場侵華戰爭中死去的日本士兵舉行埋葬儀式（日本人稱“慰靈祭”——譯註）時，松井為該城發生的肆無忌憚的瘋狂暴行譴責了300名軍官、師團指揮官和其他人。日本記者松本寫道：“以前從未有過一個上級對其下級給以如此嚴厲的斥責。軍方對松井的行為感到奇怪，因為在這些軍官中有一位皇族的太子。”
星期六，即12月19日，松井搬到南京城外朝香宮的司令部，第二天便乘驅逐艦回了上海。但或許是被絕望所驅使，他一到上海就作出了一個甚至更令人吃驚的舉動：他對《紐約時報》吐露了他的擔心，甚至告訴一個美國記者“日本軍隊可能是今天世界上最無紀律的軍隊”。當月他�