朝廷積極備戰，廣東，福建戰端已開。
年初，朝廷派俞諮皋，陳子龍，陳繼盛招降南中國海海盜。許素心歸降，楊祿，楊策，鍾奇作壁上觀，李魁奇，劉香拒絕朝廷招降，嗅到不安的味道。
俞諮皋，陳子龍來勢洶洶，代表朝廷態度強硬，又從遼東調來善戰的陳繼盛擔任南海水師副總兵，計劃取代怯戰畏戰，和海盜眉來眼去的俞諮皋。
縱橫四海的海盜，即刻開始整兵，欲先發制人出擊，提前搶佔優勢。
鄭芝龍，高起潛，陳子龍前腳離開福建，李魁奇後腳派三十艘小船，以突然襲擊的方式對廣東南澳縣發起進攻。
以此試探朝廷態度，及廣東，福建兵勇戰力。
只要偷襲得逞，廣東衛兵龜縮不出，李魁奇則計劃大規模出擊，襲擊廣東沿海城池，鄉鎮。
可惜，李魁奇小覷陳繼盛，陳繼盛擔任南海水師副總兵，雖然受制於俞諮皋，對待海盜的態度卻比俞諮皋更強硬。
他上任即頒佈懸賞，凡斬殺海盜重賞，凡舉報海盜藏身地重賞。
故而，李魁奇部襲擊南澳縣時，即刻遭遇巡遊的南海水師兇猛還擊，激戰中，十餘名明軍戰死，李魁奇部付出十倍代價，被南海水師擊沉二十餘艘小船，剩餘兵勇落荒而逃。
李魁奇收到戰敗的訊息，臨時改變策略，派所部駕駛海船北上劫掠福建。
海盜北上劫掠途中，與南海水師駐澎湖的遊擊將軍王尚忠，率領的三十多艘戰船在金門海域狹路相逢。
王尚忠臨危不懼，從容指揮，明軍重創海盜，繳獲三艘海盜大船，擊沉十餘艘海盜小船，數百海盜或死或傷或被俘虜。
連續兩次劫掠失敗，海盜損兵折將，李魁奇實力受損，思前想後決定親自領兵對廈門港發起突襲，欲報仇雪恨，樹起在臺灣海峽的威望。
然而，這次他的對手不是怯戰畏戰的俞諮皋，而是在遼東久經考驗的陳繼盛。
陳繼盛召集南海水師諸將，分析討論海盜意圖，最終，俞諮皋坐鎮廣東，陳繼盛親率萬名精銳水師坐鎮廈門。
所部高應嶽，張永產，劉應寵，鄧樞各率領五千精銳水師，在南海水師轄區巡遊，密切監視李魁奇部海盜。
兩軍狹路相逢，迅速將海盜逼向廈門港。
李魁奇事先不知陳繼盛率領重兵坐鎮廈門，率軍發起偷襲時，遭遇陳繼盛領兵展開兇猛還擊。
海岸陳列的火炮齊射，成排成排火銃射擊，當場擊沉李魁奇部三十多艘大型戰船，二十多艘小型戰船。
李魁奇尚未回過神，陳繼盛率領水軍殺出，夜間，海面化為火海，陳繼盛更衝上李魁奇戰船，斬殺李魁奇部兩名頭領。
李魁奇丟盔棄甲，率領少量殘部落荒而逃。
明軍在廈門大獲全勝，重創李魁奇部，然而，李魁奇的後援部隊在泉州得逞，成功劫掠沿海村莊，擊沉朝廷十幾艘船隻，封鎖泉州港，迫使泉州附近的村莊向他們進貢糧食，豬牛，更肆意劫掠百姓。
為此，福建巡撫熊文燦大怒，要求泉州衛兵出擊，迅速擊潰李魁奇的海盜，解救百姓，恢復泉州港的秩序。
可惜衛兵戰力羸弱，遠不及彪悍的海盜，非但沒能擊潰海盜，反而損兵折將。
直到陳繼盛率領南海水師殺來，派遣南路副總高應嶽為先鋒，率領水師糾纏李魁奇部，他親自領兵從外面包圍李魁奇部，欲將李魁奇部絞殺在泉州港附近。
此時，各路海盜曖昧，有人試圖勸和，有人開始和熊文燦，王尊德接觸，計劃率兵投降。
李魁奇被困在泉州港，數次率兵突圍，均遭陳繼盛率軍擊潰，不久，鄭芝龍率領東海水師抵達，精兵兩萬，戰艦四五百、火炮上千門，全軍裝備掣電銃，魯密銃。
這支精兵乃鄭芝龍班底，經過朝廷配備和補充各類火器，鎧甲，經過一年多訓練，戰力更勝從前。孟喬芳率領四衛軍抵達福建，迅速接管福建邊防。
頃刻，李魁奇處境越發艱難，陳繼盛率領萬名精兵追殺，已經夠讓他難堪，結果老對手鄭芝龍率領兩萬精兵殺來。
陳繼盛，鄭芝龍密議後，是夜，陳繼盛派遣部將鄧樞率領兩千精兵夜襲李魁奇部，破李魁奇部十三艘戰船，斬獲十九艘。
李魁奇連戰連敗，不敢貿易作戰，被迫派人同陳繼盛，鄭芝龍和談，直接慘遭陳繼盛，鄭芝龍拒絕。
不得已，李魁奇派使者駕船出海，尋求劉香及西方諸國幫助，希望他們聯合同明廷作戰。
結果