克比一案的審判中與聯合國充分合作。
12月21日，利比亞領導人卡扎菲說，如果兩名涉嫌製造1988年“洛克比空難”的利比亞人被證明是清白無辜的，他將謀求道歉和賠償。卡扎菲還說，世界各地對美國的憎恨以及美國製訂的政策是造成恐怖分子把目標對準美國公民的原因。卡扎菲在“洛克比空難”11週年之際接受美國哥倫比亞廣播公司的記者採訪時說：“美國非常清楚，由於它自己制訂的敵對政策才導致它在世界上處處遭到憎恨。”
2000年5月3日，審判正式開始。審判地點設在距阿姆斯特丹約50公里的前美國軍事基地宰斯特軍營，3名蘇格蘭籍法官負責審理此案。2001年1月，三名法官一致裁定邁格拉希犯有謀殺罪，弗希邁則無罪釋放。邁格拉希被判處無期徒刑，他將在格拉斯哥一座監獄中服刑。隨後邁格拉希提出了上訴。2002年3月，法庭駁回了邁格拉希的上訴並維持原判。
2003年3月，利比亞與美英兩國終於達成了政治協議，同意承擔空難的民事責任。利比亞同意向每位受害人賠償1000萬美元，賠償總額達27億美元。同年8月，利比亞在給聯合國的信中表示承擔“洛克比空難”的責任；9月，聯合國安理會一致透過了解除對利比亞制裁的決議；11月，蘇格蘭法官判決邁格拉希犯有製造“洛克比空難”的罪行，他最少要在獄中服刑27年後才能申請假釋；12月，利比亞宣佈放棄大規模殺傷武器計劃，並向國際武器核查員開放領土。一場僵持了15年之久的國際糾紛終於有了結果。
2004年3月，時任英國首相的布萊爾訪問利比亞，他是自丘吉爾於二戰中訪利比亞後，第一個到訪利比亞的英國首相。
“9·11”事件發生之後，美國《時代》週刊刊登的一則報道說，卡扎菲當時非常擔心成為美國報復的目標。由於擔心美國會再次襲擊利比亞，卡扎菲開始“給他知道聯絡方式的每一個阿拉伯領導人打電話”，呼籲舉行一次阿拉伯國家峰會。“卡扎菲擔心的是，除了透過講話，他與美國政府沒有任何直接的溝通”。美國使館的官員被告知：“卡扎菲在與約旦國王阿卜杜拉通電話時已經歇斯底里，彷彿只有這位國王的親自出面干預才會防止美國的行動。”
本·拉登過去的庇護人、蘇丹總統巴希爾也懇求其他阿拉伯領導人證明他沒有參與“9·11”事件，並舉行一次阿拉伯國家峰會。這樣做的目的顯然是試圖表示聲援美國和對美國友好的其他阿拉伯政權。“蘇丹和利比亞領導人在與埃及和其他國家的領導人通話時顯得非常害怕。”蘇丹大使給埃及外交部打電話時“聲音顫抖”，蘇丹總統巴希爾給穆巴拉克的電報“與其說是詳細的討論，不如說是緊急的求助……看來蘇丹領導人好像認為自己很有可能成為目標”。
文章說，“卡扎菲可能更加害怕，儘管埃及作出了更加焦慮的反應”。時任埃及外長的艾哈邁德·馬希爾於2001年9月17日前往的黎波里，與利比亞領導人舉行了會談。
看來，英美與卡扎菲之間的不信任和仇恨不是短期內可以消除的。
因此，關於英國軍情六處參與謀殺卡扎菲的陰謀也並非完全不可信。當然英國政府一直不肯承認，英國外交大臣庫克的解釋是，2003年利比亞領導人卡扎菲首先宣佈放棄發展大規模殺傷性武器計劃，後又交出幾百名的恐怖分子名單。從2003年3月起，利比亞就開始了與美英長達9個月的秘密談判。布萊爾首相的利比亞之行，終於讓兩國關係重歸於好。鑑於兩國的關係一直朝好的方向發展，所以當年的謀殺計劃根本不成立。
當然這只是庫克的解釋，事實上，美英等西方國家對利比亞從來就沒有真正友好過。除了視卡扎菲為眼中釘之外，還有一個重要人物同樣備受西方世界的關注，他就是當年作為利比亞一方的首席談判代表，肩負重任的利比亞對外安全域性局長穆薩·庫薩。二十多年以前，穆薩·庫薩曾被英國驅逐出境。
卡扎菲平穩執政數十年，一個重要原因就是政府高官多為其親戚、親信。穆薩·庫薩就是卡扎菲的一個近親，一直深受信任。多年來，庫薩擔任過諸多要職，特別是在蒐集西方國家的情報方面。
庫薩是利比亞的激進派，與西方對抗多年。20世紀70年代，他擔任利比亞駐英國大使期間，對流亡英國的利比亞持不同政見者進行嚴密監控，甚至公開威脅。庫薩的行為鞏固了卡扎菲的統治，卻引起英政府的不滿。1980年，英國指責庫薩是“包庇謀殺利比亞兩名持不同政見者的兇手”，並將其驅