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儘管如此，約瑟夫還是會資助耶路撒冷的猶太學者。在耶路撒冷，蘇萊曼強化了伊斯蘭的至高無上，同時謹慎地貶低其他兩種宗教的地位，而這兩種宗教至今仍指引著耶路撒冷。蘇萊曼現在正與查理五世皇帝作戰，所以他對基督徒的態度某種程度上因與歐洲進行外交的現實需求有所緩和。而猶太人對他而言則可以說是無足輕重。
猶太人仍舊在聖殿山城牆周圍祈禱，也在橄欖山的山坡上以及他們的主要會堂即拉姆班會堂裡祈禱，但蘇丹喜歡對所有事情都發號施令。為避免任何削弱伊斯蘭教在聖殿山上獨尊地位的事情發生，他將希律王宮主體圍牆外一段9英尺（約2。7米）長的街劃給猶太人，以供猶太人祈禱。這樣會方便一些，因為它鄰近猶太人的老山洞會堂，挨著猶太居住區。14世紀時猶太人便已在這一居住區定居，並逐步將之發展為今天的猶太聚居區。但與周圍的伊斯蘭馬格里布社群比起來，這一地區相形見絀；猶太人的祈禱活動得到了嚴格管理；後來猶太人被要求必須得到允許才能在那兒祈禱。不久之後，猶太人開始用“ha…Kotel”（意為“牆”）指稱此地，其他人則叫它“西牆”或“哭牆”。從此，牆上的金石和方石就變成了耶路撒冷的象徵和神聖的焦點所在。
蘇萊曼透過將方濟各會修士驅逐出大衛墓以減少基督徒的數量，他在那裡刻下的文字宣稱：“蘇萊曼皇帝命令此地應清除異教徒，將其建造成清真寺。”儘管是三種宗教的聖地，但現在這個拜占庭…十字軍大本營、早期的猶太會堂和基督教的最後晚餐室，現在成了先知達烏德即先知大衛的伊斯蘭聖地，蘇萊曼任命一戶叫達賈尼的蘇菲派領袖家族世世代代守衛在那裡，直到1948年。
外部世界的政治局勢總會對映到耶路撒冷的宗教生活領域：蘇萊曼很快就不得不去親近方濟各會。在奪取中歐的戰役中，他發現自己需要基督盟友——法國人——去對抗哈布斯堡家族，而方濟各會也得到了法國國王的支援。1535年，蘇丹賜予法國人以貿易特權，並首肯方濟各會為基督教聖地的看管人。這是第一次所謂的妥協讓步——向歐洲列強讓步——這一讓步逐漸削弱了奧斯曼帝國。
方濟各會在聖救世主修道院（St Saviour's）建立了大本營，緊挨著最終會成為龐大的天主教城中城的聖墓大教堂，但方濟各會的興起打攪了東正教。天主教和東正教已不共戴天，二者都宣稱對聖地擁有至高無上的所有權，即最高守護權。現在聖墓大教堂由八個教派所有，他們處於一種達爾文式的物競天擇鬥爭中，只有最強者才能生存。有些教派蒸蒸日上，有些則每況愈下：亞美尼亞人仍強而有力，因為他們的利益在伊斯坦布林得到了很好的體現，而塞爾維亞人和天主教馬龍派則處於衰落中，喬治亞人失去了他們的馬木魯克靠山，變得一敗塗地。＇2＇
伊斯蘭和基督教王國之間史詩般的鬥爭、西班牙天主教勢力的咄咄逼人以及猶太人被驅逐，這一切激發起一種令人不安的感受。這個世界上有些事情並不合理：人們質疑自己的信仰，探求新的神秘方式以更接近上帝，而且他們期盼末日降臨。1517年，馬丁·路德——威登堡的一個神學教授，駁斥了天主教會所謂購買“贖罪券”可以減少經受煉獄時間的說法，他堅持說上帝只存在於《聖經》中，並不藉助教士或教皇的宗教儀式。路德勇敢的抗議激起了對教會的廣泛仇恨，人們相信教會已背棄了耶穌的教誨。新教徒希望得到原始的、沒有經過改造的教義，而且他們現在無須經過教會，就能找到自己的信教方式。新教主義非常靈活，這樣一系列新的教派——路德派、改革派、長老會、加爾文教派，再洗禮派——很快便蓬勃發展起來，而此時對英王亨利八世來說，英國的清教主義可以幫助自己維護政治獨立。但有一件東西將他們所有人聯絡在一起：他們對《聖經》的崇奉意味著要恢復耶路撒冷為自身信仰的正中心。＇3＇
在位四十五年後，蘇萊曼死在了行軍打仗途中，大臣們在他的馬車裡像蠟像一樣將他的身體直立起來，並讓士兵們看，直到塞利姆安全繼承王位。塞利姆是蘇萊曼的一個兒子，為羅克塞拉娜所生。塞利姆二世，人稱酒鬼，“偉大的猶太人約瑟夫·納西”是他的朋友，納西的政治手腕令他獲益頗深。現在納西正住在他那富麗豪華的美景宮裡，他從對波蘭蜂蠟和摩爾達維亞葡萄酒的壟斷經營中獲利豐厚，後被擢升為納克索斯公爵。納西差點成為塞普勒斯國王。他竭力維護歐洲和耶路撒冷那些受到迫害的及貧窮的猶太人，所以在他死前不久，有傳言說