設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和南京相同。只不過北平所在府為北平府，（後來燕王靖難成功後，遷都北京，改為順天府）南京所在府為應天府，合稱二京府。當年朱棣從鳳陽回到南京，受命就藩北平。他的府邸就是元朝的舊宮，其規制如同天子。其它諸王都是如此。為了這件事，朱元璋還曾特地告諭諸王，要他們不要與燕王攀比，因燕王府邸是元朝舊宮，不需要新建，他們新建的府邸則都要按規定辦事。按照規定，藩王的府邸“亞天子一等”，但因朱元璋對朱棣的厚愛，北平府同樣設定了六部。只不過北平六部比起南京的六部．雖然六部名稱相同，都稱吏戶禮兵刑工，但是北平的尚書官品和職權都不和帝都南京的尚書們在同一個檔次．當年朱元璋為了加強中央集權，廢丞相，罷中書省，設“四輔官”後來設定了文華殿大學士，自此後，南京城的六部尚書可以進入內閣，擔當首輔．因此南京六部是帝國的統治中心，而北平的相當於地方，只服務於藩王所在地。朱棣靖難成功後，遷都北京後，同樣在南京設定了一套六部，只不過多是閒職。
蕭琴跟著朱高燧沿著硃紅大門朝燕王府走了去，守在府院門口的幾名護衛從未見過蕭琴，見他朝府邸走來，急忙奔出持刀吼道：“大膽，這燕王府豈可是閒雜人等隨便進入！”
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注1：朱高熙被囚禁在京城的時候，徐祖輝便告訴朱允炆，在他這三個外甥中，朱高煦最為勇猛過人也最為無賴，他不但不會忠於陛下，也不會忠於他的父親。 後來應驗！
內閣是在永樂時期建立的。
永樂雖有洪武一樣獨攬大權的野心和實力，但一次又一次的遠征讓他不能真正意義上地總攬政事（想象一下從京師到漠北運送文書的荒謬），於是一個幫助皇帝的“助手”機構——內閣就應運而生。
內閣在最初的時候只是秘書『性』質的機構，但很快到宣德時期權力開始上升（三楊輔政），雖有正統末年的反覆，到成化、弘治之際，內閣在已經成為足以對抗皇權的文官『政府』代表。正德荒嬉好戰不亞於隋煬，卻因為有楊廷和等閣老撐著未成大『亂』，經過嘉靖、隆慶的發展，萬曆早期應該是內閣權力極盛的時期，張居正改革讓內閣成為『政府』運轉的中樞，他的實際上已經接近於現代首相的地位。
1402年，剛從自己的侄子手裡奪過皇位的明成祖，為了鞏固權力，做出兩個重大決定，一是把首都遷到自己的勢力範圍北京，二，成立內閣，這樣，一個國事諮詢機構正式建立了。
過去，宰相擁有決策權、議政權和行政權，明成祖成立內閣以後，把原來宰相擁有的決策權牢牢把持在自己手中，議政權分給內閣，行政權分給六部。地方上分三司，分管司法、軍事、行政，直接對六部負責。
在明成祖掌控之下，內閣與六部各司其職，國家最高行政命令從紫禁城發出，透過全國1936處驛站，全長143700公里的驛道，層層下發到帝國每一個角落。
後來，明宣宗時期形成了更為完善的政務流程：全國大大小小的奏章，甚至老百姓給皇帝提出的建議，都由通政使司匯總，司禮監呈報皇帝過目，再交到內閣，內閣負責草擬處理意見，再由司禮監把意見呈報皇上批准，最後由六科校對下發。
內閣大臣的建議是寫在一張紙上，貼在奏章上面，這叫做“票擬”。而皇帝用紅字做批示，稱為“批紅”。按照規定，皇帝僅僅批寫幾本，大多數的“批紅”由司禮監的太監按照皇帝的意思代筆。以往，太監讀書識字是被嚴令禁止的。明宣宗不僅改了這個規矩，而且在他的鼓勵下，宮裡還成立了專門的太監學堂。後人猜測：明宣宗這一做法，其目的就是讓太監牽制內閣的權力。久而久之，一種奇怪的政治格局出現了。
我們發現明朝內廷、外廷的機構完全對稱。外有內閣，內有司禮監，外有三法司，內有東廠、錦衣衛，外廷有派往地方的總督、巡撫，而內廷派往地方的也有鎮守太監、守備太監等等。這樣，內廷、外廷相互制約，才能確保皇帝的決策地位。但是，這也造成了內外兩大政治勢力的爭權奪利。
紫禁城東部的這片建築在明代叫做文淵閣。明朝的內閣就設在這裡。在明朝萬曆年間，內閣首輔張居正讓這個紫禁城裡最不起眼的房子成為聲名顯赫