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乾隆皇帝從來以絕頂聰明自負，最恨臣下取巧，以為他是可以愚弄之主，所以在看到這封奏摺之後，便起了疑心，特意派他為同考官，同時下了一道聖旨，自總裁至十八房考官，凡有子弟應試，需要回避者，列單程序——皇帝是認為眭朝棟有子弟應試，而顧慮到他自己會被派入闈，所以預作此奏，為子弟謀出路。
誰知道名單送到御前，眭朝棟並無子弟應試，倒是總裁劉統勳、于敏中的親屬中應該回避者甚眾，這一來，皇帝更加疑心了。
原來皇帝奉皇太后赴五臺山以前，曾經密諭劉統勳和于敏中主持本科考試，他懷疑這兩個人把訊息洩露了出去，而本為軍機章京考取御史的眭朝棟知道劉、於兩家有近支子弟本科入闈者甚多，故意上這樣的一道奏摺，以討好重臣
這等御史言官逢迎之舉，使得皇帝勃然大怒，因此下了一道朱喻，將眭朝棟交刑部議罪。
這是一個極大的冤案，不過劉統勳和于敏中為避嫌疑，不敢為他求情，更加不敢為他洗刷——因為那樣一來的話，就真正的坐實了他有意討好重臣的嫌疑；於是，刑部以‘結交近侍例’論罪——這一款的罪名是死罪
殺了眭朝棟，朝野震驚，從此之後，以御史充任軍機章京者，再不敢上書言事，久而久之，就成了慣例，後來到了乾隆中葉之後，決定把考取了御史言官的軍機章京逐出軍機處——也就成為了禁令。
眭朝棟之死，把個臨時增加的恩科弄得個個緊張，人人驚慌。這時候另外有人指出，殿試考卷只糊名，不謄卷，所以讀卷大臣很可以透過筆體識人，因而赴考的軍機章京就佔盡了便宜。