就好，如今我軍最最要緊的事就是整編部隊，並且必須加緊建立武器工場，儘快用快槍將全軍武裝起來，那時候，消滅桂王易如反掌。”說到這裡，他站了起來，隨後走到窗戶邊，推開緊閉著的窗戶，向外望去，看著那群依舊圍在一起議論的屬下，輕聲說道：“不過，咱們也不能不有所準備，我想，如果桂王知道鄭森擁立唐王的舉動之後，一定會有所動作，到時候，他一定會顧首不顧尾，那樣一來，咱們也許就能抓住機會，一步一步的削弱他，說不定不用咱們動手，桂王自己就先敗了。”
事情的發展果然如莫不計等人預料的那樣，就在桂王剛剛用上自己的年號“永曆”的當年四月，鄭森就“揭露”了桂王刺殺中興皇帝並謀反的“罪行”，宣佈不再承認桂王朝廷，並且在福州擁立唐王朱聿鍵為帝，並改當年年號為“隆武”。
作為引人注目的實權人物，林清華自然成為了鄭森等人拉攏甚至是巴結的物件，鄭森先後派遣了三批特使，前往湖廣勸說林清華加入唐王朝廷，並許以重諾，一旦將桂王消滅，唐王將裂土封王，將長江以北的廣大地方封給林清華，並從王室中選出一名公主，賜婚與林清華。
但林清華的表現卻讓所有的人都感到一頭霧水，因為他不僅沒有答應加入唐王朝廷的建議，而且也不再主動進攻桂王的軍隊，停止了大規模的軍事行動，收縮力量，一心一意的經營他的湖廣、河南、四川、陝西、貴州，並加緊整編鎮虜軍，建立海軍部隊。
林清華的這個舉動不僅讓鄭森大吃一驚，而且連桂王等人也完全摸不著頭腦，在這種摸不準林清華心思的情況下，桂王反而不敢有所行動，他不僅約束自己部下不得再向林清華輕易啟釁，而且還派人勸說沐天波將準備進攻江西一帶的部隊調了回去。不過，為了顯示自己無可挑釁的威嚴，桂王還是連發數道聖旨，宣佈鄭森與林清華為叛逆，撤消朝廷對於他們的一切委任與封賞。
對於桂王色厲內荏的舉動，林清華只是付之一笑，因為他的心裡十分清楚，桂王是無論如何也不敢再次向自己發動進攻的，而桂王那貌合神離的盟友沐天波更是無法脫出身來，因為那雲南的沙定洲已經從林清華這裡得到了一萬多支鎮虜軍淘汰下來的燧發槍，並且還得到了一百多門大炮，他不僅守住了雲南，而且還進一步打到了廣西，將沐天波的兵力牢牢的牽制住了。不過，作為回應，林清華還是在《號角》上大肆揭露桂王的小人嘴臉，將自己領軍在前線拼命奮戰，而桂王一夥小人卻在後方搞陰謀詭計的事情添油加醋的大肆渲染一番，準備徹底將桂王等人搞臭。
既然林清華沒有進攻的意願，那麼鄭森自然不敢輕舉妄動，在與桂王派來的討伐大軍打了幾場不甚激烈的戰鬥之後，他就不再主動進攻了，只是分兵守住各處要道，固守著自己的地盤，並且進一步加大了南下南洋群島的力量，一邊與西班牙、葡萄牙進行貿易，一邊以海盜襲擊的方式攻擊荷蘭人的領地，並在當年年底，派兵兩萬，登上臺灣島，將島上殘存的三千荷蘭人消滅乾淨。接著，他便開始以臺灣島為基地，派遣小規模的艦隊，試探性的遊弋在日本近海，準備襲擊日本。
鄭森將那些透過海上貿易和海盜襲擊方式得來的大量錢財送到湖廣，從林清華手中換取大量先進的武器，而林清華也從鄭森那裡得到了足夠的糧食和金錢，使地方經濟很快的復甦起來。
永曆元年，也就是公元1647年很快就這樣過去了，雖然偶爾有些小規模的戰鬥，但畢竟大部分時間還是安定的，經過近一年的修養生息，湖廣、河南、四川、陝西、貴州的情況已經開始好轉，尤其是四川與河南兩地，由於這兩地的屯田與水利建設取得了很不錯的成績，因此，糧食問題基本得到解決，除了本地使用之外，已經可以少量的支援其它地區了，而且由於各地流民被大量的安置在土地肥沃的地區，再加上地方剿匪部隊的不懈努力，各地治安也開始好轉，在一些地方，已經基本上看不到土匪流寇的影子了。
作為自己最關心的問題，林清華始終沒有放棄對吏治的整頓，透過建立一套相對合理的監督制度，一大批貪官汙吏或被關進大牢，或者人頭落地，而大批高等學堂中的學員則被提拔上來，雖然他們並不一定比其他官員更加清廉，但畢竟吏治得到了一定程度的澄清。
經濟的恢復，治安的好轉，吏治的相對澄清，社會秩序的穩定，使得早已凋零的長江沿岸貿易得到了恢復，除了江西以東一段長江之外，從江西九江到四川敘州，這數千裡的長江航道上，到處都可以看見來來往往的商船，久已不見的繁榮景象慢慢的再現在人們的