六月二十五日到達博多灣。此時北條時宗的幕府還沒有精力南顧，所以在昔日的太宰府並沒有現有日本的駐軍，遂將龜山和後宇多置於太宰府。
而後，令超影軍曾胡軍率本部，由後宇多指派的嚮導引路，繞過九州島，前往奈良地區、神奈川區等尋找幕府所在，宣讀大宋皇帝之聖諭，令其立刻廢伏見天皇，迎後宇多復位。而且指責其無端廢立之舉。其理由是以象徵天皇權威的三種神器（鏡、玉、劍）的所歸為基準，三種神器在後宇多天皇手中，故後宇多應為正統。
並且現在後宇多天皇業已經成年，要求倉幕府還政於天皇，盡到做大將軍的本分。
其實日本天皇統治早就徒有虛名，實權已掌握在鎌倉幕府手中，但是，皇室內爭奪天皇繼承權的鬥爭卻十分激烈，並逐漸形成以後深草天皇為的持明院系統和以龜山天皇為的大覺寺系統。本來矛盾就十分的激化了。
之前，倉幕府採取不偏不倚政策，明確表示：皇位由兩派交替繼承。但是自從蒙古入侵，後宇多天皇龜山上皇卻是隨著宋軍南下，以至於引起了鎌倉幕府北條時宗的不滿，遂以後宇多天皇和龜山上皇拋棄日本國民為由，立伏見天皇於江戶。在江戶修建行宮和宗祠。以悼念江戶被蒙古人殺死的三十多萬軍民。其實上也是便於鎌倉幕府控制天皇，因為蒙古人的入侵，不但使京都附近寸草不生，而且使日本國民死傷逾六成，鎌倉幕府實在是沒有多的兵力守護那麼多的地方。