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可惜人算不如天算。訖幹承基臨到事起前，突然害怕了。偷偷跑去自首。於是李承乾的政變胎死腹中。
太宗皇帝立即指定司徒長孫無忌、司空房玄齡、特進蕭璃、兵部尚書李世績，會同大理、中書、門下組成專門法庭進行調查審判。
這個專門法庭幾乎彙集了當朝所有的高階官員，可見太宗對調查太子是否謀反一事的重視。專門法庭經過調查，和賀蘭楚石願意作為汙點證人出庭，陳述供出詳細始末原委，又拿出與李承乾來往的書信，認定謀反證據確鑿。
太宗皇帝下詔：廢承乾為庶人，幽禁於右領軍府。漢王賜自盡於家，母、妻、子赦免。侯君集、李安儼、趙節、杜荷等人皆斬首。東宮的一班大臣，如左庶子張玄素、右庶子趙弘智、令狐德莫等，因為進諫不力，均免官為庶人。其他一干人等全部赦免
刁詹事千志中勇於講言，特此慰勞。技幹承基因告客，刪，被任命為府兵系統中的一箇中級軍官，封爵為縣公。
侯君集跟隨自己那麼多年，太宗對他的感情非同一般，縱然他以謀反被誅，可仍是多年的君臣，一朝竟要天人永訣，怎能不傷懷。太宗此刻深深體會到作為帝王誅殺功臣的無奈與心酸。太宗皇帝特意去看望侯君集。太宗皇帝對伏於地的侯君集講：“與公永別了，從今而後，以君之故，我不忍覆上凌煙閣！”言畢，太宗皇帝喘噓泣下，痛哭不止。君集也自投於地，泣不能起。
太寄皇帝擦乾淚水又問“公還有何言以告聯？”
君集拜伏言涕道“君集怎能真反呢，大唐是我等追隨陛下開拓出來的，都是聯跌至此啊！念我為唐家大將破滅二國（高昌國以及與李靖一起滅的吐谷渾），還是有微功可陳。請陛下留下我一個兒子活著以守祭祀。”
太宗皇帝點頭後離去。次日侯君集等被斬於四達通衢。特詔原其妻及一子，徒於嶺南。
太子既然被廢，重立太子就成為重中之重。太宗皇帝還是傾向於李泰。而長孫無忌等老臣卻不希望這個靠玩手段得寵的李泰當太子。
提出了太宗皇帝的另一個兒子，晉王李治。雙方爭執不下，太宗皇帝忿而退，回到明德宮中，太宗皇帝招魏王泰進宮，看著這個令自己十分喜愛的兒子。太宗皇帝緩緩說道
“想來你也聽說了，近日朝廷內列，發生了太多的事情，聯是有些心力交瘁。”
“兒臣很想為父皇分憂，又擔心自己能力不濟。”
“朝堂之中的事，沒那麼簡單。”太宗自然明白魏王話中的意思。
魏王聽了，投到太宗懷中，說：“有父皇這話，兒臣覺得像重生了一樣，今日彷彿才真正成了陛下的兒子。兒臣不會讓父皇為難的。兒臣有一個兒子，身死之日，當為父皇殺之，傳位晉王。”
太宗聞得此話，甚是憐惜魏王，摸了摸他，說：“難得你有這份兒心啊，聯明日再與群臣商議。”
兩自後太宗皇帝在廷議中說道“前日青雀在聯懷中說，願意死後殺掉兒子，將皇位傳給晉王。這孩子還真是善解人意。”太宗把昨天的事說了出來，表示其實晉王將來也是可以做皇帝的。
長孫無忌與褚遂良互相看了一眼，褚遂良站出來說：“陛下此言差矣！請您仔細想想魏王的話，不要鑄下大錯。陛下百年之後，魏王據有天下，肯殺子傳於晉王，這怎麼可能呢？此非人之常情。陛下當日立承乾為太子，又寵愛魏王，才導致了今天的大禍。前事不遠，足以為鑑。陛下今日若打算立魏王，請先處理好晉王，這才能永保安全。”
太宗聽得此言，覺得褚遂良說的有道理。李泰之話確實有悖人之常情，換成自己，又怎麼肯這樣做呢，心中對魏王有些許失望。同時，他還真的擔心，魏王與晉王如當初承乾與魏王一樣，爭得你死我活，自己可再也承受不起這樣大的變故了。雖然作為一國之君，但卻連兒子的性命也不能完全保證，想到此處，太宗不覺流下淚來，喃喃地說：“我還是做不到啊！”站起來回宮去了。
眾人都還留在原地，長孫無忌仍是一副喜怒不形於色的表情，房玄齡、李劫自始至終沒有說一句話。
太宗皇帝在回寢宮的路上遇到李治憂心仲仲地低頭疾走，就問他“這是為何？”李治哭著把哥哥李泰剛才對自己說的話告訴了太宗皇帝。原來李泰風聞此事後，就對弟弟晉王李治說：“爾善元昌，得無及乎？”所以李治十分害怕，到此時太宗皇帝才恍然大悟。
回到寢宮久久不能安眠的太宗皇帝，不由得又想起長孫皇后來。“一母三兄弟，如今鬧