“激烈的戰鬥持續了一個多月，遠征軍的損失已超過三分之一，但依然不能突破石牆。到七月下旬，元軍的糧草和箭已基本告罄，此時無論蒙古人還是倭人大概都以為這次戰爭的結局將和上次相同，會以元軍的撤退收場。
八月一日，太平洋上突然颳起了猛烈的颶風，風暴持續四天，元軍南方艦隊的艦船基本被毀，北方艦隊的艦船也損失大半。北方艦隊剩餘的艦船搭載指揮官以及部分蒙古軍和高麗軍逃離戰場駛返高麗。南方軍的指揮官和部分高階官員眼看回天無術，也只得丟下大部隊，乘南方艦隊殘存的幾艘船逃離。此時九龍山的海灘上尚留有近十萬元軍，這些人失去了補給和退路，又無力突破倭人的防線，只得等死。三天後，倭人開始反攻，將殘存的元軍驅趕至一處名為八角島的狹窄地區，然後縱兵攻擊。元軍大部被殺，剩餘的兩萬多人作了俘虜。倭人按照蒙古人的標準把俘虜分四等，前三等，即蒙古人，色目人，女真人，高麗人和北方漢人全部被處死，四等的唐人（南方漢人）免死後成為部民（賤民）。
在這次慘敗中，南方軍只有三名士兵逃