作戰過程中，後果難測。施琅不希望再嘗敗績，遂提出僅希望讓靖南王耿精忠、總督李率泰、提督馬得功等與他一同謀劃進增援漳州之事宜，而不要求他們財政管理，委婉地表達了自己願獨自擔當此次行動的的責任，隱含獲得專征權的意思。
施琅為了獲得支援，還拜見了清廷派至福建的兵部侍郎黨務禮，詳細介紹了行動方略，又重申了想獨自指揮增援漳州行動的請求。可惜的是，施琅兩名部將的反叛，以及之後散播的風言風語使黨務禮十分謹慎。而施琅原本就言語木訥，且又說一口難懂的閩南話，更讓朝中權貴黨務禮所不喜。
最終，施琅不僅沒能達成目的。反倒是被排除在了行動之外。但他辛苦訓練的水師卻被抽調一空。隨後，清廷加緊實施“分撥海上投誠官兵移駐外省。分散其力量，以消除隱患”的政策，施琅榮幸地成為其中一員，被調往河南鄧州駐防。
對於要以少數民族統治主體民族的滿人來說。對漢人的心理情結是難以消除的。既要使用，可鄙視、猜疑、防範卻是司空見慣，特別是在他們所不熟習的領域，更是害怕漢官漢將一家獨大。
施琅無用武之地，提督馬得功的水平又實在有限，清軍空自拼湊出一支兵力、船隻還算上規模的增援部隊，卻終於是重蹈覆轍。在海戰中慘敗並喪失了最後的水師資本。
海路援軍已絕，鄭軍大將劉國軒、馮錫範又與明軍陸戰隊聯手，分別擊敗了耿藩的陸路援軍王進和劉炎兩部，漳州遂成孤城。明鄭聯軍便可以放心攻打。而漳州清軍得到援軍無望的訊息後，軍心、士氣為之大喪，內部也混亂起來。
防守漳州的�