那時，袁世凱雖然被人民革命浪潮所吞沒，但他留下的北洋軍閥勢力，在當時中國政治舞臺上仍然起著舉足輕重的作用。北洋軍閥的各派勢力依然在帝國主義的指使下，不斷進行著爭權奪利的鬥爭。孫中山繼續進行著不屈不撓的鬥爭。但由於國民黨缺乏鮮明的鬥爭綱領和組織上的渙散，這種鬥爭不可能取得成功。
1917年爆發了護法戰爭。孫中山以恢復民元約法為號召，發起了討伐北京北洋軍閥政府的戰爭。這年8月，他邀集原國會部分議員在廣州召開“非常會議”，決定組織軍政府，舉行北伐。孫中山被推舉為中華民國軍政府大元帥。但“護法”所依靠的主要是與北洋軍閥有利害衝突的南方軍閥。
在“護法”的旗幟下，四川各派軍閥又開始了新的戰爭。1918年1月，熊克武與滇、黔軍聯合，加入由雲南都督唐繼堯組建的靖國軍，討伐由北京段祺瑞政府任命的四川督軍劉存厚。特派劉伯承與任滇軍旅長的朱德談判，結成“軍事同盟”，共同對付北洋勢力。劉伯承和朱德圓滿地完成了各自的使命，推動了護法戰爭的發展。此後，這兩位有著共同抱負和志向的愛國軍人，在漫長的革命生涯中，成了親密的戰友。
根據談判協定，熊克武以第九旅旅長呂超為前敵總指揮，率主力向川西前進，直逼成都。劉伯承以旅參謀長名義隨部隊一起行動。這年除夕下午，當隊伍進抵太和鎮附近時，遇到了激烈的戰鬥。太和鎮在遂寧、射洪兩縣之間，是通往成都的要道。屬於四川靖國軍一方的邱翥雙，率400多人與敵已交戰了8天。因守敵利用涪江設防，工事堅固，火力猛烈，一直未能突破。
劉伯承趕到前面，和邱翥雙部取得聯絡，得知當面之敵是江防軍張邦本部。呂超西進成都，也急需拿下太和鎮。於是兩部商議一齊向太和鎮之敵發起強攻。當地民軍數百人也前來助戰。
呂超先派前衛營營長王秀生率部從康家渡強渡涪江，包抄太和鎮。康家渡離太和鎮約十七八里，地勢平坦，敵人已佔據隔江聳峙的打鼓山予以瞰制，不利部隊隱蔽行動。因為渡河點過於暴露，幾次強渡未成，部隊死傷甚多，營長王秀生急得直哭。
呂超斷然將王秀生撤職，任命劉伯承為營長，再次組織渡江。劉伯承把部隊稍加整理，厲聲宣佈：“附北軍隊，是帝制餘孽。我將士當奮勇進擊，衝過江去，不能怕死。後退者處以軍法！”說完，立即派人調集船隻，重新選定渡河點。劉伯承自己乘上第一艘船，冒著敵人的槍彈，向對岸駛去。經過兩個多小時激戰，搶佔了灘頭陣地，消滅了打鼓山的守敵。然後直撲太和鎮。在邱翥雙部和民軍的配合下，取得了全勝。隨後，劉伯承繼續西進，直趨成都。2月19日，呂超部攻入成都北門。劉存厚被迫通電宣言與西南各省一致，收集殘部撤往川陝邊境。
熊克武佔據成都後，被孫中山任命為四川督軍。隨即著手建立督軍署警衛團，以副官長張衝兼任團長，劉伯承任中校副團長。
護法戰爭在反對北洋軍閥政府的目標上是有積極意義的，但在組織上、行動上是渙散而軟弱的。它所依靠的主要力量南方軍閥勢力，只是把護法當作一個幌子，以便利用它來與北洋軍閥政府抗衡，達到儲存和擴大實力的目的，一旦從北洋軍閥那裡得到若干讓步和妥協，他們就會毫不猶豫地拋棄掉護法的旗幟。1918年5月，孫中山發動護法戰爭還不到一年，他就被南方軍閥逼迫辭去大元帥之職，護法戰爭也就一蹶不振。儘管1920年孫中山再度又在護法的旗幟下成立“非常政府”，任“非常大總統”，然而仍由於廣東軍閥陳炯明的叛變，孫中山被迫出走。護法戰爭最終徹底失敗。中國大地上依然上演著軍閥間明爭暗鬥的鬧劇。當時。川軍有6個師、一個混成旅。客居四川的滇軍和黔軍，也有數萬人。他們各自割據一方，稱王稱霸，橫徵暴斂，為害人民。軍費陡增一倍以上，達到1300萬之巨。北洋軍閥又多方挑起川、滇、黔三軍之間的矛盾，使四川各派之間的鬥爭，格外的複雜和尖銳。
熊克武以四川督軍的名義一統四川后，招致了川軍其他派系的忌恨，他們聯合滇、黔客軍發動了“倒熊”戰爭。熊克武積極應戰。1920年5月22日，熊克武李第一、第三兩個師向駐守簡陽、資陽一帶的滇軍大舉進攻。劉伯承率督軍署警衛團開赴南津驛，在資陽縣屬的銅鐘河、五凰嘗獅子山一帶，與滇軍顧品珍部激戰。顧品珍部放棄資中，向南敗退，逃到內江。劉伯承又率全團乘勝追擊。滇軍憑銀祥街兩側高地的險要地形進行抵抗，雙方相持達5天之久。一天，劉伯承外出開會，滇軍突然進