練了5000多名反動分子，作為其發展匪特武裝、破壞人民經濟恢復和建設的骨幹。他們乘群眾尚未發動，串連地主惡霸，勾結反動武裝，裹脅落後群眾，嘯聚山林，打家劫舍，製造謠言，煽惑群眾，挑唆起義部隊叛變，阻擾解放軍開展地方上作。一時問，匪患猖獗，成為危害社會治安和人民生命財產的一大禍害。
劉伯承清醒地認識到，要實現建設西南的任務，還需要努力奮鬥，克服當前的許多困難，例如城鄉人力、物力、財力，都大量地被敵人摧毀破壞，帝國主義者的封鎖，大批城鄉失業者的存在，大批的舊公務人員急待安置，眾多的散兵遊勇急待收容，特務土匪的活動急待肅清，以及要把以前帝國主義、封建主義、官僚資本主義統治的經濟結構，改變為新民主主義的經濟結構，把戰時的經濟結構，改變為和平建設時期的經濟結構等等，困難都是不小的。他領導西南軍政委員會，進行了艱苦細緻的工作，一一克服了這些困難。
中共中央西南局於2月初召開了全體會議，研究了西南局的工作任務和西南軍政委員會的組成問題。劉伯承作為西南局統戰部長，提出了遴選黨外人士參加軍政委員會的意見。他說：“西南軍政委員會對黨外人士提名，亦採取德、才、資的幹部政策。不過黨內德、才、資是統一的，而黨外人士德、才、資是有矛盾的。功過折算謂之德，有代表性是謂資。按照德、資提名，量才分工。”會議採納了他的意見，使軍政委員會組成比例和人選問題得到了順利的解決。中共中央在得到西南局關於遴選軍政委員會黨外委員的方針的報告後，立即表示讚許，並批轉其他地區參照執行。
1950年2月8日，西南軍政委員會宣告成立。這一天，多霧的重慶出現了罕見的晴朗天氣，旭日的光芒驅散了山城上空的陰霾。西南各界代表沐浴著春暉，興高采烈地聚集到重慶市人民路西南軍政委員會的駐地。劉伯承主席，鄧小平、賀龍、王維舟、熊克武、劉文輝、龍雲等副主席，親切地同委員一一握手相見。成立儀式熱烈而莊重。劉伯承作了西南軍政委員會成立經過和基本任務的報告。他說：在西南工作山接收轉入管理，並且建立集中統一管理的時候，軍政委員會急需建立，也利於各方面的代表人物迅速安位。
但由於情況瞭解不夠，夠格和適宜的人選需要醞釀討論，所以軍政委員會的建立相對延遲。關於軍政委員會的基本組織原則，既能保證黨的領導，又能團結各方面的人士，委員中黨內外人士大約各佔一半。還考慮到照顧地區，照顧黨外各方面的人物：起義軍人、工商界人士、文教專家、少數民族、民主黨派。這個人選比例，主要依據代表性適當放寬了尺度，但又是寬而不泛。
比如工人委員，暫時選不出合適的人選，便沒有硬湊，因為共產黨員就代表了工人階級。鑑於部分委員因事或外出沒有出席，劉伯承對軍政委員會的基本任務只是重申了剿匪和徵糧工作。總的任務，他說留待全體委員會議再去確定。
西南軍政委員會成立後，相繼建立了各個機構，認真選拔了一批賢能人才，分別承擔起各個方面的領導管理工作。
對西南區所屬的雲南、貴州、西康、川北、川南、川西、川東等7個省區以及下屬的各級政權建設，劉伯承根據中共中央的指示和西南局的決定，採取了軍隊“分割槽包乾”的辦法，即將一定建制的部隊，固定在一定地區，在同級黨委領導下，負責城市接管和農村工作，建立黨的組織，建立政權，發動群眾，建立工會、農會和其他民眾團體。建立軍區、軍分割槽和人民武裝力量。肅清土匪，徵收公糧，幫助農村春耕，恢復和發展生產。
劉伯承號召駐西南全體部隊說：艱鉅的任務正安排在我們面前，90萬起義、投誠、俘虜的部隊急需改造，7000萬的群眾尚待發動，土地改革必須在明冬後春完成。而當前的肅清匪特、鞏固治安和急不待緩的徵糧工作，都有待于軍隊為主去參加完成。當我們戰敗了武裝的蔣介石集團後，徹底消滅封建的戰略任務已經放在我們當前的日程上了。
各部隊緊緊抓住了剿匪這個當務之急，堅決執行“野戰軍地方化”“領導一元化”的指示，和“軍事清剿、政治攻勢、發動群眾三結合”的剿匪方針，首先在腹心富庶地區與交通線兩側，集中兵力重點圍剿肅清危害最大的匪幫。西南軍區所屬的川東、川西、川南、川北、西康、雲南、貴州等7個軍區，採取靈活機動的戰術，或對集團匪徒進行圍剿、進剿，或遠途奔襲，直取匪特巢穴，或對流竄匪特窮追不捨，不殲不止。至1950年8月底，西南全區共殲土匪40