“《通志》之績”三項不凡的貢獻，贏得了三朝皇帝的信任和朝臣的敬重。
他的“諫言除弊”是憂國之忠。在三十年間，他參奏上疏達三百餘篇，內至宰執言行，外至邊陲軍務；上至帝王舉止，下至災情民憂；大至朝政缺失，小至官妃糜費凡有弊端，無不彈劾稟奏。仁宗至和年間（1054—1055年），他針對皇上和朝臣沉浸於“百年之治”的盲目樂觀，先於新任參知政事王安石提出“抑賜齎、去奇巧、反奢麗、正風俗、用廉良、退貪殘、澄清庶官、選練戰士、不祿不功、不食不用”等革新時弊的主張。並上呈《論燕飲狀》，揭露皇帝的沉溺後宮，燕飲無度，賞賜濫溢。要求皇帝“悉罷燕飲，安神養氣，後宮妃嬪，進見有度，左右小臣，賞齎有節”發出了“上下偷安，不為遠謀，此最國家大患”的強勁吶喊。仁宗嘉祐六年（1061年）八月，他又上呈《進五規狀》，從保業、惜時、遠謀、重微、務實五個方面闡述自己的革新思想：
所謂“保業”，就是如何確保大宋江山的長治久安。他尖銳指出。“秦、隋因驕而亡，漢、唐因情而亡”、“二者或失之強，或失之弱，其致敗一也”。他規勸皇上要“夙興夜寐，兢兢業業，思祖宗之勤勞，致王業之不易，援古以鑑今，知太平之世難得而易失。”
所謂“惜時”，就是要在太平年月扶欹補敝。他認為物極必反是“天地之常經，自然之至數”。他說：“民者，國之堂基也；禮法者，柱石也；公卿者，棟樑也；百吏者，茨蓋也；將帥者，垣塘也；甲兵者，關鍵也”。他提醒皇上，要“以此承平之時，立綱布紀，定萬世之基”、“失今不為，已乃頓足扼腕而恨之”，就來不及了。
所謂“遠謀”，就是要在太平之時想到非常之時。他稱：有的君主遇到天災人禍，常常埋怨前人“將士之不選，士卒之不練，牧守之不良，倉庫之不實”，而忘了自己在太平年月“晏然自以為長無可憂之事”。他告誡皇上不要相信一些愚人所謂“勿責目前之近功，期於萬世之治安”那樣的鬼話、空話。
所謂“重微”，就是治國要防微杜漸。“宴安怠惰，肇荒淫之基；奇巧珍玩，發奢泰之端；甘言悲辭，啟僥倖之途；附耳屏語，開讒賊之門；不惜名器，導潛逼之源；假借威福，授陵奪之柄。凡此六者，其初甚微，朝夕押玩，未睹其害，日滋月益，遂至深固。”
所謂“務實”，乃治理國家要多辦實事，少玩花招。他認為：“安國家，利百姓，仁之實也。保基緒，傳子孫，孝之實也。辨貴賤，立綱紀，禮之實也。和上下，親遠邇，樂之實也。決是非，明好惡，政之實也。潔奸邪，禁暴亂，刑之實也。察言行，試政事，求賢之實也。量才能，課功狀，審官之實也”。治國安邦應當“先實而後文”、“實之不存，雖文之盛美，無益也。”
司馬君實對社會弊端深刻而不留情面的揭露和一系列革新主張，為大宋王朝至尊敲響了警鐘。無怪宰執富弼曾說：“若君實者，可謂實過其名也。”
他的“立嗣之功”是憂君之忠。仁宗嘉祐元年，皇上無嗣，儲位空懸，他繼諫官範鎮之後，多次上疏奏請仁宗皇帝早日立嗣，以應不測，保持朝廷穩定。他大膽建議：“大宗無子，則小宗為之願陛下擇宗室賢者使攝儲貳，以待皇嗣之生，退居藩服，次則全典宿衛尹京邑，亦足系天下之望。”並冒著被砍腦袋的危險，進宮面奏仁宗皇帝，促其立濮王趙允讓之子趙曙為嗣。在仁宗病危之際，又以龍圖閣直學士的身份，促請宰執夜召趙曙進宮繼承了皇位，避免了大家王朝因爭奪皇位而可能出現的內爭。“立嗣之功”還在於：沒有六年前的趙曙繼位，哪能輪到今天的趙頊當皇帝啊！
他的“《通志》之績”是憂世之忠。英宗治平三年（1066年），司馬光“患歷代史籍浩繁，學者難以遍覽，意欲刪繁取要”，遂成《通志》八卷，上起戰國，下達秦二世，進呈英宗皇帝，“善可以為法，惡可以為戒”，以資治道，確保萬世之業。英宗欣賞其忠心，命續其書，並設定書局，準其自選助手，準其費用由大內開銷，給予機構上、人事上、費用上的保證。趙頊繼位後，親自作序，以待書成，並賜以《資治通鑑》書名，令其早日完成文治上的這一壯舉。
司馬光憂國、憂君、憂世的忠心，坦直無隱的言論，嚴謹肅穆的作風，成為朝野清正官吏的典型。三十年間，他從華州判官起步，沿著國子監直講、知太常禮院、集賢院校書、幷州通判群牧司判官、判三司度支勾院、知諫院、御史中丞等臺階，一步一步地走到天子的身邊。趙頊即位後，對他“敬若著龜”，不到兩年時間，升任