行，提高了各級部門的辦事效率，而且明確責任，賞罰分明，從而使朝廷釋出的政令“雖萬里外，朝奉而夕行”。另外，他透過加強對官吏的考核，裁減冗員，節省朝廷的俸祿開支。減蘇松地區和應天府織造等，使朝廷的奢侈消費現象有所收斂。在他的改革中，以清查田畝聲勢最為浩大。清丈田畝的措施對於朝廷比較全面準確地掌握全國的額田，增加財政收入起了積極作用。萬曆九年（1581年），張居正下令在全國範圍內實行一條鞭法，從而簡化了賦役的專案和徵收手續，使賦役合一，並出現了“攤丁入畝”的趨勢。隨著清丈田畝工作的完成和一條鞭法的推行，到萬曆十年明朝的財政狀況有了進一步的好轉。使太僕寺存銀多達四百萬兩，加上太倉存銀，總數約達七八百萬兩。太倉的存糧也可支十年之用。
萬曆十年（1582年）六月二十日，張居正病逝，得贈上柱國，諡“文忠”。然而他逝世後不久，言官把矛頭指向張居正。神宗於是下令抄居正家，並削盡其官秩，迫奪生前所賜璽書、四代誥命，以罪狀示天下，他的家屬也不能倖免。居正在位時所用一批官員有的削職，有的棄市。而朝廷所施之政，也一一恢復以前弊端叢生的舊觀。整個神宗一朝，沒有人敢為居正呼冤。然而國衰而思良臣。直到天啟二年（1622年），張居正才得以平反，復官追蔭。
在張居正一系列興革舉措中，他對北京貢院的修葺擴建的擴建較少有人注意。
貢院在北京城東南隅，本為元朝禮部舊址。永樂十三年（1415年）時改為貢院。因當時京城的城垣和皇宮尚未完成，財力物力有限，就用木板和葦蓆等搭蓋成考棚。四周圍起先是用荊棘圍成的牆。大門五間，稱為“龍門”，有鯉魚跳龍門之意。中間三門上有橫匾，中門上題“天開文運”，東門上題“明經取士”，西門上題“為國求賢”。貢院內的中路主要有明遠樓、公堂、聚奎閣和會經堂等。東西兩旁則是低矮的考棚，又叫“號棚”，貢院的四角還有瞭望樓。貢院裡的監考很嚴，進貢院大門時，要進行嚴格的搜身，以防考生的身上藏有“夾帶”。所謂“夾帶”，即是把考試的答案或提綱藏在身上。如有夾帶，則送刑部嚴辦。當考生進入考場的考棚後，就要鎖門。稱為“鎖院貢試”，因貢院的外圍四周是用荊棘圍圈的。所以又叫“鎖棘貢試”。考生每人一間考棚、一盆炭火、一支蠟燭。待試題發下來，明遠樓上響起鼓聲，應試的舉子們就苦思冥想做起八股文來。因當時還沒有鐘錶，就以點香為計時。
貢院作為選拔士人的場所，常會有科場舞弊案件發生。如弘治四年直隸巡按史王鑑之曾上疏談到南京貢院作弊的情形。當時南京貢院規模窄狹，四面都是居民樓房圍繞。容易發生的作弊，如佈彩庸僭蔽刺岱朗鋇求｛投擲；又因內簾上只隔一板壁，聲息相聞，方便試者通訊息。萬曆十六年（1588年）應天府尹張檟也上疏提到，他在八月廿七日往貢院封鎖什物時，見千餘人混入。詢問之後，知道乃是附近居民拾取木片柴草，到天明才驗出。對於此事可能涉及試卷被偷換等可能，他建議進行追查。北京的貢院雖然巡查監管較外地嚴格，但在萬曆以前，因貢院場地狹隘，建築簡陋，類似的事情也會有發生。
北京貢院建築在萬曆以前還是草蓆木板結構，且又實行“鎖院貢試”制度，故最怕著火，而著火的事件卻經常發生，因此院內有很多大缸盛水以備救火。但杯水車薪，實是虛設。貢院著火的事件很多。據《瑣綴錄》記載，正統三年（1438年）翰林侍講學士曾鶴齡主考順天鄉試時，初試前夜。場屋起火燒殘試卷和場屋。後在曾鶴齡建議下，最終另改考試日期。最嚴重的一次，是明天順七年（1463年） 二月會試貢院的大火。貢院起火後，監察御史焦顯反而鎖上貢院之門，不容人員出入。被燒死的舉人有九十多名。因為這次火災，國子監丞閻禹錫上奏為這批死難的舉子請求賜予進士名色，以表其門。但禮科給事中何琮反而彈劾他，說他調弄巧言，誇大事實。一度令閻禹錫下錦衣衛獄鞫訊。不過，英宗最終憐惜死難士子，將燒死的九十餘人均賜予進士，給每位死者一口棺材，埋葬在朝陽門外的空地，立碑“天下英才之墓”，人們稱之為舉人冢。因為這場大火，禮部建議選擇城中寬闊之地另建貢院。此事經過工部討論，工部左侍郎霍瑄、右侍郎薛遠選擇戶部的安仁坊草場，請改為試院，將原來的草蓆竹葦改造為板房。但英宗不同意。令沿襲舊址。只在天順七年五月將原貢院修復。而將這一年的會試改在第二年舉行。。
除了這兩場火災，正德十五年（1520年），貢院的明遠樓也被