文以表哀思。
萬曆十一年（1583年）閣臣張四維、申時行為了讓自己的兒子金榜題名而舞弊科場，御使魏允貞上疏抗論他們“不當以甲第私其子”，蹈故相張居正之覆轍。明神宗非但不追究張、申的行徑，反而嚴旨切責魏允貞，並將他降為外任。李三才為此鳴不平，上疏為魏允貞辯護，也被貶為山東東昌府推官。這件事使李三才在朝野聲譽鵲起。不久又升他為南京禮部郎中。恰逢魏允貞、李華龍、鄒元標也在南京任職，他們經常相聚在一起，探討國計民生之事。以後又調回山東任僉事。在山東任上，他治尚威嚴，深得民心，二十年後老百姓對他仍思念不已。再到河南任參議、進副使，兩督山東、山西學政，擢南京通政參議，召為大理寺少卿。李三才自萬曆二年（1574年）“束髮登朝”以來，至此已為官二十五年。他閱歷廣泛，經驗豐富，對地方民情有深入的瞭解；與那些迂腐、循規蹈矩的官員相比，李三才則顯得機智而有魄力。
萬曆二十七年（1599年）五月，李三才以右僉都御使巡撫鳳陽等處，三十年（1602年）三月，總督漕運，仍兼鳳陽巡撫，三十三年（1605年）十一月升為左副都御使，照舊任事，三十七年（1609年）正月加戶部尚書。所謂“鳳陽等處”，指淮安府、揚州府、廬州府（今合肥市）、鳳陽府四府，以及徐州、和州、滁州三州和該地區的一些衛所。漕運是明廷賴以生存的經濟命脈，因此總督漕運是一項重要的職務，萬曆七年（1579年）以後漕運總督還監管運河河道。李三才坐鎮淮安，人稱“淮撫”。
自萬曆二十四年（1596年）以後，明神宗派遣大批太監充當礦監稅使到各地搜刮民財。李三才所管轄的地區，是南來北往的要道。千里之內，自北而南，“榷稅則徐州陳增，儀真暨祿、鹽課則揚州魯保、蘆政則沿江邢龍”。他們僱用一批地痞無賴，偽造印符，所到之處如同抓捕逃犯一樣，並且公開進行掠奪。其中以陳增尤為橫行猖獗，甚至還多次侮辱當地的官員。李三才對這一弊政深惡痛絕，他不懼權勢，堅決予以抵制。他採用機智的辦法，買通獄中死囚，讓他們將陳增的爪牙說成是自己的同黨，然後一一將其捕殺。這種隱蔽而有效的制裁一直持續到萬曆三十二年（1604年）陳增死為止，沉重地打擊了陳增的氣焰。據說陳增每次見到李三才，畏於他的威容正氣，“汗必沾背”。安徽歙縣人程守訓，花錢在朝中買了一個內閣中書舍人的官職，充當陳增參隨，為虎作倀，卻唯獨懼怕李三才而不敢到淮安來。李三才上疏奏劾他，得贓數十萬兩。程守訓被剷除，遠近人心大塊。
對礦監稅使年復一年的大肆掠奪，朝中官員不斷有人上疏反對，其中以李三才在萬曆二十八年（1600年）五月所上《請停稅礦疏》最為尖銳。他直接質問神宗：“皇上愛珠玉，人也愛溫飽；皇上憂萬世，人亦戀妻孥，奈何皇上欲黃金高於北斗，而不使百姓有糠秕斗升之儲？皇上欲為子孫千萬年，而不使百姓有一朝一夕之安！”他還說，“四海脂膏，橫填帑藏”，實乃“國家所以受病之勢，與國家所以致亂之機如此”。言辭激烈，如同聲討之檄文，為當朝臣子中所僅見。疏上之後，神宗置之不理。萬曆三十年（1602年），神宗病重，以為自己將不久於人世，下詔罷礦稅，第二天卻又好轉，急忙追回成命。李三才又上疏陳述國事將危，請亟下前詔，但神宗根本不聽。
大運河清口一段（今屬淮陰市）河水乾涸，漕船不能通行，李三才建議挑浚建閘以輸運道。工程預算需要二十萬兩白銀，靠朝廷財政撥款難以申請到，於是李三才請求將漕糧留下，暫時以濟大工。這一建議遭到戶部督儲侍郎趙世卿的極力反對。萬曆三十七（1609年）年二月，李三才只好稱病離職，神宗立刻批准。而朝中正直官員如淮揚巡按御使崔邦亮、巡漕御使李思孝、給事中曹於汴、御使史學遷、袁九皋等紛紛上疏要求挽留李三才，但神宗不予理睬。皇帝不更改決定，李三才不得不離開淮安到達徐州。他上疏催請新官接任，卻沒有人到任。正好這時趙世卿的職位被侍郎謝傑所代，謝傑又上疏要求挽留李三才，神宗命李三才仍供原職，等待接替者到來，大概因為找不到合適的人選，以後一直沒有派人來。
萬曆三十四年（1606年），皇孫生，神宗一時喜悅，下詔撤併礦監稅使，“釋逮繫、起廢滯、補言官”，而實際上卻沒怎麼貫徹落實。李三才認為內閣首輔沉一貫推行不力，上疏指責神宗“一時喜心，故旋開旋蔽”；又說沈一貫顧慮次輔沈鯉、朱賡與其爭權而阻止新政。神宗看後大為震怒，嚴旨切責，罰李三才官俸五