洲科學的書籍，萬曆三十五年（1607年），經利瑪竇與徐光啟為時一年的共同努力，歐幾里德的《幾何原本》前六卷被譯成中文。徐光啟將六卷合印成一冊出版，併為其寫了《譯幾何原本引》和《刻幾何原本序》兩篇序言。《譯幾何原本引》是以利瑪竇神父的名義撰寫的，該書的出版，在當時中國知識界產生了重大的影響，一種新的科學的推演方法開始被中國人所接受。同年，他們又合編《測量法義》。透過向利瑪竇學習數學和天文學，李之藻編譯了《渾蓋通憲圖說》，這是第一部由中國人寫成的介紹西方天文學的著作。利瑪竇又與他合譯了《同文算指》併合著了《乾坤體義》。 萬曆十一年（1583年），從利瑪竇在肇慶第一次將標有經緯度的《坤輿萬國全圖》展示給中國人後，這幅地圖在二十多年中廣為流傳，它使中國人第一次認識了整個世界。這次又透過太監呈獻給明神宗，神宗將其看成是裝飾品，十分喜愛；下令以織錦的方式複製十二幅，每幅用六扇大屏風裝成，他要把它們送給他的皇子和親屬。
利瑪竇於1610年（萬曆三十八年）5月30日病臥在床，11日臨近黃昏時逝世，終年五十八歲。按中國的習俗，棺材用瀝青密封，停放在教堂中。喪葬費用和棺木由李之藻出資。教徒中有人建議向皇上請求賜給利瑪竇神父一塊墓地，這樣做還可以使教會和基督教在中國更加合法化。奏疏以龐迪我神父的名義上呈，由李之藻為之潤色。在都御使孫瑋和翰林院官員的幫助下，奏疏很快轉呈皇上。他們又請葉向高與另一位內閣官員從中疏通。葉向高認為，僅就翻譯《幾何原本》一書的貢獻，就應該賜予墓地。神宗讓禮部複議，禮部根據《大明會典》的有關規定，認為可以同意龐迪我等人的請求，賜予一處無人居住的土地以安葬利瑪竇。最後選定阜成門外二里溝的“仁恩寺”。由龍華民神父設計，透過對寺廟的改造，建成了基督教在中國的第一座墓地。北京的地方長官順天府丞黃吉士，為了表示對死者的敬意，親書“慕義立言”匾額，放於利瑪竇神父的墓上，還為此組織了一個隆重的送匾儀式。
移靈時，以巨大的十字架作前導，京城中的大批信徒隨行在後，他們舉著點燃的蠟燭。徐光啟親自為利瑪竇下葬，並落下了悲傷的淚水。以前耶穌會士死後，通常安葬在澳門的公墓裡；而這次利瑪竇被賜葬在京城郊外，成為轟動一時之事。利瑪竇實現了他生前“將成為第一批死在中國的人”的諾言，他在北京居住九年，是他中國傳教生涯中的最重要的時期，他的《中國札記》記載了他在中國二十八年的所見所聞。
利瑪竇等人將歐洲文藝復興後的科學技術帶到中國，也向西方介紹了中國的文化，揭開了中西關係史上新的一頁。
明末竟陵派詩人譚元春曾到利瑪竇墓前憑弔，寫下了《過利西泰墓詩》：
來從絕域老長安，分得城西土一棺。斫地呼天心自苦，挾山越海事非難。
私將禮樂攻人短，別有聰明用物殘。行盡松楸中國大，不教奇骨任荒寒。
歷時近四百年，利瑪竇神父的墓仍完好儲存在今北京行政學院校園內，墓碑上“耶穌會士利公之墓”的字樣歷歷可見。 （張憲博）
明代的名人不計其數，但除了皇宮裡的帝王公主，出生在北京的名人則少而又少，明中葉有李東陽，晚明則非李三才莫屬。李三才在晚明聲名卓著，算得上是老北京人中的佼佼者。因此，雖然他在京城留下的遺蹟已經難以尋覓，但若提起明代的北京人，他卻是個不能不說的人物。
李三才，字道甫，號修吾，祖籍陝西臨潼，世代為武功右衛的軍官。因其祖父調衛燕京，其父移家至順天府通州的張家灣（今北京市通州區東南）。李三才生於北京，登萬曆二年（1574年）進士，列二甲七十名，授戶部主事。李三才年輕時就很有抱負，曾與南樂（河南南樂）魏允貞、長垣（河南長垣）李化龍相約立志，一定要為國為民幹出一番事業。
在戶部，他與同僚顧憲成、趙南星等人結下深厚的友誼，他們還共同參與《萬曆會計錄》的編纂，這些對日後他與顧憲成等人形成某些共識不無關係。李三才對顧憲成十分尊重，他說當初自己“少年寡識，間嘗嬉戲”，顧憲成對他“事事提驚，時時驚覺”，常正色勸戒並勉勵他努力學習，建議他先熟讀諸子百家，潛窺古人檢身之精，再博覽諸史，歷觀古人康濟之略，因此他認為顧憲成“名為益友，實則嚴師”。後來李三才被謫離開吏部，顧憲成也在萬曆二十一年（1593年）被削籍，然而三十年中，他們之間書信往來不斷，顧憲成逝世，李三才親作祭