向九洲發起了進攻，太平軍進行了頑強的抵抗，湘軍遭到了慘重的損失。進行了一天激戰，雙方仍分不出勝負。這天晚上，狂風大作，湘軍機發起猛攻，終於攻下九洲。
把雨花臺和九洲攻下來後，曾國荃便準備進攻聚寶門、印子山，曾國藩也把鮑超、肖慶衍兩隊軍馬調到江南，以便對天京形成攻圍之勢。但由於鮑軍中流行疾疫，江南一帶軍情危機，曾國藩攻圍天京的計劃破產。但太平軍的形勢也好不到哪兒去，李秀成的軍隊此時已損失了十多萬人，並且缺糧少餉，對清軍已無力反攻。曾國荃在六月到九月之間，先後猛攻南京城附近的印子山、上方橋、江東橋、高橋門、七瓦橋，最後全部佔領了這些要地。十月，又派軍隊進駐孝陵衛。太平軍只能透過北神策、太平兩門進行聯絡。十一月初五，湘軍用地道火藥，炸塌了十多丈城牆。
此時，天京已是岌岌可危。李秀成匆忙從蘇州、無錫趕了回來，但已於事無補，於是他在分析了整個形勢後，建議洪秀全放棄南京，轉移到江西。但洪秀全捨不得丟下南京城，太平軍的形勢無以緩解。同治三年正月，左宗棠在浙江、李鴻章在江蘇的勝利使得南京城的屏障盡失。但此時並沒有對南京城的攻守造成太大影響。湘軍此時又把鐘山頂上的天保城攻下，然後在太平、神策兩門外修築了堅固的石壘，派軍嚴加把守，從而形成合圍南京之勢。
三月初，曾國荃更加強了對南京城的進攻，他命令湘軍在各城修築起堅固的石壘，並開挖地道，但地道所起作用不大，大多數被太平軍破壞。這時由於南京城久攻不下，清廷派李鴻章前來合攻。湘軍全力攻擊，守城的太平軍無力反擊，湘軍終於攻下南京城。
曾國藩至金陵後，令熊登武把他的屍體從墳裡挖出來給燒了。他在七月廿八日的日記中還有記載：屍體被挖出來以後，“扛來一驗，鬍鬚微白可數，頭禿無發，左臂股左膀尚有肉，遍身用黃緞繡龍包裹。驗畢，大雨約半時許”。洪天貴是繼位的幼天王，在天京被攻陷的當天夜晚，李秀成帶著他從城南衝出重圍。李秀成護主心切，讓幼天王騎上了自己的壯馬，卻不幸與大隊伍分散，一個人被俘虜。洪天貴在黃文英部的保衛之下，輾轉奔逃於安徽、浙江、江西，最後還是在江西石城做了俘虜，於1864年11月18日被處死。至此，轉戰十餘年的湘軍總算完成了自己最初的使命。
第四部分：天國瓦解血洗南京城
湘軍進入南京城後，對南京實行了“燒”、“殺”、“搶”的政策，如同二十世紀三十年代的南京大屠殺一樣血洗南京城。首先對南京城進行焚燒。太平軍大多依靠巷戰，一幢幢房子就成了他們的據點，湘軍為對付太平軍，乾脆把房子也燒掉了。他們並且把城中財寶劫掠一空。趙烈文曾這樣描述湘軍在南京城大肆擄掠的情形，“蕭孚泗在偽天王府，取出金銀不貲，即縱火燒屋以滅跡”。甚至連曾國藩本人也認識到了這一問題的嚴重性，他說：“至偽天王府一看，規模俱仿宮殿之別，而焚燒無一存者。”大火在南京城一共燒了八天，如若沒有六月二十四日的大雨，大火不知道到何時得以平息。經過這番大火，南京城幾乎成了一片廢墟。曾國藩的女兒曾紀芬是這樣描述的：“九月朔日，全眷赴寧，初十日入督署，亦故英王府也。方師之入城也，搜捕餘黨，悉焚其巢穴，巨廈多為煨燼，洪秀全所居之天王府更為無淪矣。惟陳玉成以先死，其府獨空，遂未被災，故暫以之為督署。”
湘軍入城後大肆屠殺生靈百姓。曾國藩在奏摺中這樣寫道：“三日之內，斃賊十餘萬人，秦淮河屍首如麻。凡偽王、偽王將、天將及大小酋目約有三千餘名，死於敵軍之中者居其半，死於城河溝渠及自焚者居其半。”當然這裡麵包含有曾國藩為邀軍功而虛報數字的可能性，但也從另一個方面說明了湘軍確實殺人如麻。湘軍在把南京城攻下五天後，即六月二十一日，整個金陵城中，“屍骸塞路，臭不可聞”。在二十三日時，“精壯長毛除抗拒時被斬殺外其餘死者寥寥，大半為兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得後即行縱放”。“其老弱本地人民不能擔又無窯可挖者，盡情殺死。沿街死屍十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下一人俱無。老者無不受傷，或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四遠。其亂如此，可為髮指”。可見，湘軍在南京城殺戮的很多都是平民百姓，並且其中的大部分是老、幼、病、殘、孕者，極其慘無人道。
湘軍在南京城還大肆強擄和姦淫婦女，使婦女的身心健康受到極大破壞。趙烈文曾說：“婦女四十歲以下一人俱無”，可見湘軍