死的超過了三千人，這還不包括幾支行動隊秘密行動的“成果”。
在中華共和國的版圖中，新疆、**及青海是三個邊疆省份，也是三個不安定的省份。前清、宗教及外國勢力交織在一起，對中央就不那麼恭順了。雖然成立了省級政府並派駐軍隊，但中央實際控制的地區很有限。這種局面由來已久，包括曾率湖湘健兒平定阿古柏叛亂的左文襄，也沒有真正統一新疆。北疆還好，南疆的宗教勢力一直很強，而且與俄國有著直接的聯絡。前清時期對於新疆實際是採取羈縻懷柔政策，1915年，新疆議員曾提出建立自治區的提案，未獲透過。1916年，隨著中央強力推行土地方面的一系列政策並策劃成立新疆農墾兵團，引發了中央與當地權貴的矛盾。加上由於遠征軍徵俄帶來的外交成果，被俄國控制的中亞地區政權擔心中國乘俄國內亂而西進，加大了對新疆地區不滿中央政策的滲透和武裝支援，終於乘西北軍區兵力被大批抽調出國作戰之際爆發了武裝叛亂。叛亂由喀什發起，席捲南疆，大批的漢族官員被殺。叛軍最多時高達25萬，中央震動，隨即部署平叛。
情況雖然危急，但北京在平叛上卻採取了穩紮穩打的策略，先固守迪化，挫敗叛軍的北進。然後從容調集大軍進疆。最後的戰局交給了自俄國回來出任西北軍區司令官的石大壽上將。為了徹底解決新疆問題，龍謙欽點江雲坐鎮新疆，將叛亂的根子徹底挖掉。
倉促成軍的叛軍自然不是國防軍的對手，軍事上的勝利沒有任何人懷疑。但挖出潛藏的叛亂分子就比較麻煩了，江雲的辦法很簡單，徹底清掃新疆的上層勢力，除了切實與中央合作的政教頭面人物外，凡是縣級以上維族官員，凡是土地超過100畝的地主。凡是宗教首腦，都是他“清除”的物件。名義上擔負平叛最高職責的石大壽上將曾提醒江雲，要格外慎重於宗教問題。但江雲毫不在意，照樣按他預定的套路走。他的新疆分局有一份名單，誰是忠於中央的，誰和中央有二心，一清二楚。證據確鑿的，經軍法審判走個程式。證據模糊的，直接由行動隊用他們的方式處理。
長期擔任蒙山軍情報機構最高首腦的他對於權力和權勢有著與他人不同的深刻理解。在當今社會下，任何一種勢力，包括宗教勢力，都無法與政權抗衡。政權是什麼？就是鎮壓之權，它外在的標誌是監獄、警察和軍隊，內在的核心是權力高度集中的領袖。什麼宗教。什麼主義，在鐵血政權面前都是渣。所以他很欣賞曹錕吳佩孚進藏後的做法，論宗教勢力，新疆總比不上**吧？政教高度合一的**又如何？還不是乖乖與蒙山軍採取合作態度？既然新疆不老實，那我就將能夠煽動民眾的所謂上層人士一網打盡。看他們還怎麼煽動無知的民眾？
江雲得到龍謙的默許後，在新疆事件中算是出了次風頭。而之前，他一直隱藏在黑暗中，低調謙和，即使國安總局脫離警政部成為**的正部級機構，江雲也極少出席政務院的工作例會，反正他的頂頭上司只有一個，除了那個人，沒有人知道江雲在忙些什麼。在總局內部，江雲的神秘性依然很高，他的助手和部下們說不清總局長在哪兒，最近在抓什麼工作，更不知道他的私生活。包括一直擔任副總局長同樣深受龍謙信任的王之峰。
江雲最初的業務知識完全來自龍謙的傳授。可以毫不誇張地說，是龍謙將他領進了這道充滿血腥、刺激和責任的大門。但更多的知識、原則來自他本人的悟性。他奉行不渝的原則之一就是保密，左手所做的事不需要右手知道。所以他極少開全域性的高階官員會議，極少佈置全域性性的工作，總是單獨交代，單獨應付，並且成功地建立了一套內部監察體系，除了他自己，包括王之峰也被監視著，去哪裡，跟誰走得近，私生活是否檢點。他認為國安系統的高階官員必須有著清教徒一樣的精神，外圍和下層人員可以將標準放寬，但核心成員不允許在財色兩字上出問題。古人說，貨色兩關打不破者，其人不足道也。情治部門的首腦貪財好色，一定會出大亂子。因此，組建總局以來，他清退了一大批元老，那些人離開崗位的原因不是不稱職，更不是背叛，而是違反了他信奉的準則。
建立這樣的體制帶來的直接後果就是勞心費力。需要極為靈敏的頭腦和旺盛的精力。但江雲卻樂此不疲，他是孤兒，沒有親人來往。他又是單身，沒有家眷。在江雲看來，迷戀女色的人都是蠢貨，真正的男人所迷戀的，絕對是權力而不是其他。權力的核心是主宰他人命運，不是金錢，更不是美女。所以，江雲不貪財、不好色，大部分時候吃住在總局，埋首於案牘或者在他那間不算寬敞卻總是整理的