樞密院的第二個調整就是增減了幾個軍司，並進一步明確各軍司的職責。原樞密院有軍情司，軍政司，軍令司。指揮司，軍訓司，後指揮司改為參軍總署。這一次劉浩然進一步加強了參軍總署的職能，參軍總署主官為參軍總長，由一位副都承旨同籤樞密院事兼領，職責是對大明陸海軍建設和對外作戰提出戰略性建議，戰時組織實施戰略指揮，下達作戰部署和命令，平時擬製大明陸海軍軍事工作規劃，對陸海軍各部日常軍事訓練進行監管等。
軍政司繼續保留，大明軍政軍官越來越突顯出其作用，在北伐戰事，不僅使得全軍士氣高漲，一路上對迅速佔領和穩定各地發揮了重要的作用，在漠北戰事中，正是由於大明軍政軍官的作用，使得東北、漠南、西北等二十多萬騎兵踴躍加入明軍，投入到對北元的戰事中。
因此，劉浩然在這次調整中進一步增強其職責，軍政司主官為錄事總長，由一位副都承旨同籤樞密院事兼領。軍政司負責大明陸海軍的“政治思想工作”。確保大明陸海軍上下一心，堅定不移地忠於皇帝陛下和大明。具體事務為委任軍政軍官到陸海軍各部，指導各部隊的“政治思想”、“文化宣傳”，“軍事保衛”和“紀律監督”等工作，除了各職能廳之外，此前直接由樞密院、陸軍部、海軍部管轄的軍報…《勝利報》，《大明陸軍邸報》，《大明海軍邸報》均劃給軍政司管理，此外還有大明陸海軍儀仗隊，大明陸海軍軍樂團，以及此次調整提出新建的大明陸海軍文工團也全部劃給軍政司管理。
同時，劉浩然在調整方案中提出將南京陸軍軍官學院、南京海軍軍官學院的軍政科單獨劃出，成立南京軍政學院，直接由軍政司管理。
劉浩然還進一步確定，軍政軍官一直配置到隊，錄事正式成為軍政軍官的稱呼，而參軍只配置到團一級。
軍訓司改為軍輜司，它負責平時武器裝備等軍用物資的採購、運輸、保管及分配，負責戰時的後勤保障和統一指揮。
軍令司繼續保留，它負責平時根據參軍總署的建議，皇帝陛下的批准對陸海軍各部進行調遣命令，一到戰時，它自動協助參軍總署，將參軍總署的命令順利地下達到各部隊，並負責戰時動員，下達預備役集結的命令，並根據參軍總署、軍政司的考稽對將級以下軍官進行升遷和授銜。
此外，在這次調整中劉浩然對典軍鎮撫署進行了一次大調整，典軍鎮撫署被一分為二。鎮撫署成為獨立的軍事司法機構，專門對武裝人員、與軍事有關聯人員或者涉及軍事案件依照大明軍律進行審判，而典軍營則獨立出來成為監督和執行軍法軍紀的隊伍，改由軍政司直接管轄。
都鎮撫署是最高階別的鎮撫署，都鎮撫使則是鎮撫署的最高長官，由第三位副都承旨同籤樞密院事兼領，但是鎮撫署是個人負責制，也就是案子直接由各鎮撫使獨立負責，就算是官司打到都鎮撫署，案子也由單獨的副都鎮撫使受理審判，都鎮撫使無權干涉，他只負責整個鎮撫署的管理，對軍律修改的建議，以及當鎮撫使、副鎮撫使空缺時向樞密院和皇帝陛下提交推薦人選。
有了軍事司法審判機構，還必須有司法檢察機構，於是在這次調整中劉浩然又新設立了獨立軍事檢察官，他們直接由都承旨籤樞密院事直接任命和管理，負責對軍中司法和執法的監督，負責擔任軍方公訴人，也負責對軍政司軍紀管理進行監督，與鎮撫署組成了完全獨立的軍中司法體系。
軍情司職責未變，依然保持原來的狀態，不過它的主官有一項特權。就是可以向侍從司直接提交關係重大的軍事情報。
樞密院進行了調整，陸軍部和海軍部也進行了大幅調整，陸軍部和海軍部現在只負責軍中將士的招募入伍、軍籍管理、退伍退役管理、陸海軍醫院和陸海軍醫大學管理以及與參軍總署、軍政司共同管理軍官、士官學院，還有對所有涉及軍用武器、物資生產工廠的管理。按照新的流程，所有的陸海軍有關的兵工廠、彈藥廠、造船廠等工廠均由陸軍部和海軍部管理，軍輜司只是根據參軍總署與各部隊確定的要求數量向這些工廠下訂單採購，而陸軍部和海軍部主要的責任是按照軍輜司的要求監督各工廠按質按量的完成訂單，及時交貨，然後付款，因為軍費掌握在陸海軍部的手裡。
按照劉浩然開始實行的財政預算案，陸海軍每年也需要列出未來一年整個陸海軍日常的費用。包括為部隊裝備槍械火炮、日常營地槍炮維護、日常將士軍餉糧草、新艦建造計劃、軍艦日常維護等等，算出一筆總賬之後，計部將錢款分別劃到陸軍部和海軍部，而這兩部再每