後便報了名。
家人聽說他要去“萬里之外”的海外蠻夷之地，嚇得不行，便紛紛前來勸阻他。潘延年頭一扭道：“承相劉浩然當時還未稱帝有虎吞萬里之氣魄小身為人臣的我連海外一隅卻不敢去了嗎？”毅然隨船隊來到當時一片荒涼的馬六甲。
當時的馬六甲屬於麻偌巴歇國的地盤，是大明海軍“半買半搶”從其手中奪下的。而麻偌巴歇國後來意識到該地的重要性便開始翻悔，時不時地派遣船隊侵襲，鼓動當地土人肆擾。
船隊侵襲自有海軍去應付，關鍵是當地土人最是麻煩。這些土人熟悉當地情況小“神出鬼沒。”讓馬六甲不多的守軍防不勝防，開始的時候很是傷了一些江南軍士和文官。加上當地炎熱，地方偏僻荒涼，不少人開始打起退堂鼓，申請調回去了，而潘延年則是少數堅持留下的。
曾經有個傳說在馬六甲及南海一帶傳得神乎其神，也不知是真還是假。有一天夜裡，潘延年正在帳篷裡辦公，批閱修建馬六甲港的材料清單，誰知有數百土著匪徒趁夜偷襲，守軍一時沒有防備，場面一度十分混亂，有十幾個匪徒趁亂殺入城內，靠近官署，看到潘延年處還亮著燈便向這裡摸了過來。看到潘延年一幅文弱書生和官吏的樣子，便不是很在乎，順便叫兩個匪徒進去想活捉他當人質好拿贖金。
當兩個匪徒拎著明晃晃的刀子走進去時，在一旁服侍的書童當時就嚇軟在地上，潘延年卻若無其事，依然伏在桌子上看清單，仲荊兩個匪徒靠近來，直接從懷裡掏出一把短鏡抵著一個匪徒凹刪袋就是一槍。
看到同伴的腦袋就像一個被砸開的南瓜，紅的白的全濺到自己的臉上，剩下的那個匪徒一時都嚇傻了，看到潘延年又從桌子的抽屜裡摸出一把短銳來，當時就嚇得將刀子一扔，跪在地上求饒。
潘延年一聲不哼。只管舉起短鏑對著那個匪徒的腦袋就是一槍，誰知扳機一扣，擊鐵發出脆響，短鏡卻沒有開火。匪徒被嚇得魂飛魄喪，只是在那裡鼻涕眼淚的只繼頭。潘延年皺著眉頭扳開擊鐵，對著匪徒腦袋又是一槍。還是沒有響，原來引藥受潮了。
潘延年不耐煩了。給起地上的刀子，對著匪徒就是一頓亂砍，誰知他是個文人，砍人這個活不熟悉，幾刀下去，匪徒被砍得血肉模糊，慘呼連連，但是卻受利不重。
待到守軍護衛送進來。匪徒被砍成了血葫蘆，身上還滿是被嚇出來的屎尿。潘延年揮揮手讓護衛將屍體和傷者抬出去！回過身去繼續看。
雖然這件事一直被當成傳說，但是潘延年在馬六甲還是殺了不少人，為了抑制土著和海盜對馬六甲的騷擾，潘延年下令將所有俘虜的土著匪徒和海盜全部處死。掛在馬六甲港口外面，一時間馬六甲港外岸掛滿乾屍成為傳遍南海西洋的奇觀。
後來隨著明軍北伐大勝，海軍主力開始南調，重點經營南海地區，一時間馬六甲的力量得到了極大的增強，以前的困境開姑姑轉。隨著大明海軍組建第四艦隊進駐馬六甲，馬六甲的實力到達了頂峰，麻喏巴歇國水師被打得七零八落，各色海盜在馬六甲海峽再也看不到蹤跡，當地土著“匪幫”也是躲得遠遠的，潘延年便全力投入到馬六甲的建設中。
隨著《大明航海條例》的公佈，馬六甲成為大明最大的中轉港和自由港。
雖然進出的商船每日以百數計，但是因為是自由港的緣故，馬六甲無法收稅，只能對貨品進行初檢，發給通關文書，做為國內海關驗關的憑證之一，只有當貨物轉運至遢羅、真臘、占城、麻喏巴歇國等地時才收取關稅，而且馬六甲關稅屬於“國稅”地方一個子都別想撈著，每月一次由第四艦隊的戰艦押解回南京。所以馬六甲看著繁華富庶，實際上就只是個表面上看著鮮光而已。
潘延年“不等不靠”。開動腦筋廣開地方稅源。馬六甲除了是自由港，還是最大的中轉港。船多海員多，尤其是在《大明航海條例》頒佈之後，大食、阿比西尼亞、印度等國的商船到達馬六甲將貨物轉至大明商船後就必須等在馬六甲，直到僱主或者船主用大明商船將大明貨品運到馬六甲再裝船回航。這一等就是個。把月，遇上臺風期或者逆風期，這等的時間就指不定了，短則兩三個月，長則半年都有可能，還有大明海軍將士和商船海員。常年保持在上萬人，潘延年就把主意打到了這方面。
潘延年從內閣計部申請了一筆補助，否向當時還執行商業銀行職能的大明皇家銀行貸得一筆款項，開始在馬六甲大興土木。
馬六甲港口由大明內閣直接投資修建，潘延年不必去擔心，只需要協助管理就行了，他將