去。在審判進行的31個月裡，美蘇之間的冷戰逐步惡化也影響了審判的進行。在亞洲，西方的殖民主義仍然健在，這意味著東京審判使帝國主義和國際法之間難以解決的關係凸現出來，而這是紐倫堡審判沒有涉及到的領域。沒有來自於“荷屬東印度”或前殖民地朝鮮的法官，這個事實就說明了問題。更有力的證明是法國和荷蘭的動向，這兩個國家試圖恢復他們在東南亞的殖民統治。還有美國的動向也能說明問題，它在亞洲和太平洋地區的每個角落都有影響力。杜魯門政權向正在與越南作戰的法國提供經濟援助。在中國，它認可了投降的日本軍為蔣介石方面戰鬥，併為蔣的軍隊提供裝備和軍事顧問，在重新開始的與共產黨的內戰中援助蔣介石。在亞洲和太平洋不發達地區，美國領導人似乎在追隨日本的先例，要給各個國家安排一個合適的位置，使其“各得其所”。
最終起訴書，與詳細記述了被告所有被指控罪狀的5份“附錄”一起，於1946年4月29日，正式提交給法庭。起訴書明確指出了日本的毒品生產和銷售問題，附錄Ｄ的第九節指控日本在中國的毒氣戰違犯了國際法。檢察方對毒品問題進行了追究，但是中止了對毒氣使用的指控。
由基南指派負責調查“1937－1945年對中國的軍事侵略”的法務官托馬斯·Ｈ·莫羅上校，1946年3月來到中國，對毒氣問題進行了調查。他4月16日給基南的報告引來了美國化學戰部隊（ＣＷＳ）的秘密反擊。ＣＷＳ列出一大堆法律理論，主張日本在實施化學戰時沒有不法行為。ＣＷＳ開發了世界上最先進的毒氣兵工廠，而且在第二次世界大戰中沒有獲得使用其新武器機會，因此它希望法庭不要對使用毒氣作出有罪認定，特別是在他們相信與蘇聯的戰爭即將來臨之際。直到今天也不清楚，是不是麥克阿瑟或某個美國陸軍指揮系統身居高位的人下達決定，實際上中止了追究日本陸軍使用化學武器的指控。不過，在開庭之後的兩個月之內，這個問題就被擱置了下來。缺乏想像力的杜魯門總統沒有意識到問題的關鍵，羅斯福曾經譴責毒氣為非法、殘忍的戰爭手段，杜魯門事實上認可了對羅斯福這一戰時政策的推翻。染指化學戰的日本軍官們和不希望國際法束縛手腳的美國陸軍領導人是最大的受益者。而同時，世界卻失去了阻止化學武器擴散的機會。1946年8月12日，也許是因為這個問題，失望的莫羅上校辭職返回了美國。
麥克阿瑟和同盟國以國家利益為由對許多人免於了起訴，其中就有應對中國的細菌戰承擔責任的石井四郎軍醫中將和731部隊的官兵。據估計，有3000到1萬人在石井的生物試驗所被殺害，多數為中國人俘虜，而這個事實卻被東京審判所忽視。美國聯合參謀總部和麥克阿瑟認為得到與殺人有關的實驗資料比審判更重要。
許多日本人中揮之不去的“聖戰”意識和舊價值觀的延續，無疑縮短了戰爭犯罪被揭露後的反省時間。多數日本人認為，戰爭是一種自然現象，國家之間即使沒有過錯也可能發生，這種認識妨礙了他們對在中國發生的戰爭暴行的反省。在某些日本作家看來，個人主體性差、過度依賴他人觀點的民族性也是造成這種傾向的原因之一。但是日本戰爭犯罪被如此之快地遺忘的主要原因與裕仁本人有關。除非裕仁為他在戰爭中所起的作用，特別是他沒能而且也不想要求日本軍隊遵守比忠誠和功勳更重要的道德行為標準，而受到法庭審判，或被質詢，否則，侵略戰爭的合法性——日本入侵亞洲太平洋各國是為了解放他們的信念——就不會徹底失去市場。畢竟，許多日本人在參加戰爭時都與天皇有著共犯的關係，全體國民都認為，既然天皇對戰爭不負有責任，他們也不應該承擔什麼責任。
日本國民開始極為認真地面對戰爭的負罪感，可是麥克阿瑟和杜魯門不公正地分攤責任的早期決定，讓木戶和東條做了天皇的替罪羊，縮短了這種反省認識的時間。杜魯門1947－1948年戲劇性的政策轉變更是加速了這個過程。在被分割的德國也發生了同樣的情況，由美國高階專員約翰·麥克洛伊執行的杜魯門政策，透過重新定義非納粹化計劃的範圍，使適用物件僅限於少數幾個德國犯罪者，從而限制了計劃的影響力。東京審判與並行的剝奪公職運動，沒有解決日本關於戰爭責任的多方面的問題。從某種程度上，反而使問題變得更加棘手。
保護天皇和重塑天皇形象是複雜的政治任務，只有透過大肆誇張日本社會鉅變造成的威脅、操縱證言、銷燬證據和歪曲歷史方能達成。不知裕仁是否因這種對正義的歪曲而感到過不快，是否將這些情況