正的審判。判決下達後，民眾對審判的肯定反應，表現在對重建、改進和將日本變成一個真正的“和平國家”所投入的持續努力中。
關於這一點也許有人會說：如果這些被告因違抗天皇的“和平精神”在日本法庭受審的話，很讓人懷疑他們能夠受到同樣公正的對待。這是透過在牧野伸顯的文書中發現的、被認為可能是幣原內閣時期的一份沒有標明日期的檔案——為審判和宣判死刑而制定的緊急敕令草案——推斷出來的。
更為重要的是，東京審判絕不是一個簡單的對抗性訴訟，使勝者直接與敗者對立。帕爾的“勝者的審判”的激烈批判極端簡單化，而且現在仍然存在這個問題，阻礙了人們理解東京審判的實況。實際上，東京審判是一個美日合作的政治審判。在審判的準備階段，裕仁與身邊的人就在幕後進行了參與，幫助選定將受到戰爭犯罪指控的人選，並對他們施加了影響。天皇的親信寺崎和松平充當了草擬被告名單的ＩＰＳ執行委員會成員的情報提供人。試圖保護天皇和重臣的其他隨從也是如此。宮廷高官和外務省官員指示巢鴨監獄的Ａ級戰犯嫌疑人該如何發言，同時，他們還培養了與基南及許多法律家的關係，其中既包括辯護方也包括檢察方。
皇室成員，特別是高松親王和宮廷內侍松平等人邀請美國律師參加雞尾酒會、招待會和皇室的“獵鴨”活動，目的是為了贏得他們的歡心，培養合作者和獲取情報。裕仁個人也為這種娛樂批准了增加宮廷開支。他的官員們積極配合審問，宣誓作證，因為他們希望將侵略責任推到一小撮軍閥身上——同時給人留下天皇和國民完全是被欺騙了的印象。投降後不久就重新組織起來並得到擴充套件的宮廷集團，在美國關於第二次世界大戰終結的官方見解中，成功地插入了虛偽的說明，遮掩了裕仁在延遲投降中所起的作用。這些被基南稱作“和平的愛好者”的保守派精英，從某種程度上影響了起訴的過程、法庭程式甚至於最終判決。
東京審判成功地揭露了戰爭領袖們的謊言，和他們不願意為在職期間的行為承擔刑事責任的事實。它第一次在日本國內公開了暗殺張作霖，和關東軍的陰謀導致了滿洲事變的事實。審判還為在亞洲和太平洋許多地區發生的虐待殺害盟軍俘虜及平民的事實提供了資料證明，其中包括“巴丹死亡行軍”和橫跨桂河的緬泰鐵路等最著名的事件。有關南京大規模暴行的證據得到了承認，在審判松井石根大將時，正值新聞報道了南京戰犯審判，其中谷壽夫和磯谷廉介陸軍中將因1937－1938年在大屠殺中所扮演的角色而被判處死刑，這些都強化了日本國民對證據的認識。日本人在馬尼拉對平民的殺戮也得到了詳細的介紹，美國在那裡的無差別炮轟也導致了大量死亡。另外，對女性囚犯和佔領地區女性強姦的證據的提出，以及在國際戰犯法庭對強姦罪的起訴，都為後來建立了積極的先例。
東京審判長期影響了日本的政治態度。許多日本人從被當做國策的戰爭中汲取教訓，下定決心要日本永不再戰，將自己投入到使民主主義理想和國際規範運作起來的工作當中。由於東京審判加強了公眾對軍國主義與戰爭的憎恨，因此也促進了人們對新憲法的接受。日本的和平運動引用東京審判的證據批判了日本帝國舊的價值體系。在ＣＩＥ的要求下，日本的媒體連日報道了審判的進行情況，儘管受到佔領軍審查機關的監督，但是在關於日本走向戰爭的過程上，所報道的內容還是比一般日本人被引導相信的內容要精確得多。此外，檢察方和辯護方所收集的大量的檔案材料被保留，直至今天仍作為非常寶貴的歷史資料被人們所利用著。
儘管如此，在當時和之後的某些日本及外國批判者眼中，東京審判存在著無法挽回的缺陷。法庭沒有充分地保護國際刑事法規定的被告的權利。在起訴過程中，檢察方把重點放在了共謀罪上——以歐洲的自然法傳統和盎格魯－薩克遜的習慣法為依據的這個法律概念，讓大陸法的專家來說，這是一個不明確的、不熟悉的，從歷史角度來看已經落後時代的法律概念。基南和麥克阿瑟遵從杜魯門的政策，故意遺漏了一個在整個17年的所謂共謀期間（1928年1月1日到1945年9月2日）掌握著權力的人物，從而使日本的決策過程變得讓人困惑不解。那個人就是天皇：只有他一個人能使共謀的意願結合起來、發生效力，去發動一場非法的“侵略戰爭，一場違反國際法、條約、協定和誓約的戰爭”。
第四部分：東京審判銷燬證據和歪曲歷史
此外，同盟國也犯下了戰爭罪行，但是卻拒絕將紐倫堡原則應用到自身行為上