的。毛澤東認為：“整風是思想上的清黨，審幹是組織上的清黨。”中共中央決定由中央總學委負責領導這項工作，日常事務由康生主持。為了加強對審幹工作的領導，中央還成立了反內奸鬥爭委員會，由劉少奇任主任，康生、彭真、高崗為副主任。
在當時十分複雜的社會政治環境下，在各種敵對勢力千方百計對中國共產黨和根據地進行滲透和破壞的情況下，對幹部隊伍進行一次認真的審查是完全必要的，透過這項工作可以清除特務，純潔革命隊伍。鑑於以往的經驗教訓，毛澤東向有關負責工作人員強調：“我們過去在肅反中有很沉痛的教訓。我們這次無論如何不要搞逼供信，要調查研究，要重證據。”③七月二日，毛澤東寫信給康生，要求把他闡述防奸工作的兩條路線的一段話刊載在《防奸經驗》第六期上。毛澤東寫的這段話是：“防奸工作的兩條路線。正確路線是：‘首長負責，自己動手，領導骨幹與廣大群眾相結合，一般號召與個別指導相結合，調查研究，分清是非輕重，爭取失足者，培養幹部，教育群眾。’錯誤路線是：‘逼，供，信。’我們應該執行正確路線，反對錯誤路線。”但是，在實際工作中，由於過分嚴重地估計了敵情，由於抗日根據地處於同外界隔絕的狀況，對幹部的歷史狀況的調查研究十分困難，在這方面所花的力氣不多，出現了嚴重的偏差，一個時期搞得“特務如麻”。七月十五日，康生在中央直屬機關大會上作了危言聳聽的《搶救失足者》的報告後，更出現相當普遍地大搞“逼供信”的過火斗爭，使整風運動中的審幹工作變成了搶救失足者運動，單在延安地區十幾天內就駭人聽聞地揪出所謂特務分子一千四百多人④，造成大批冤假錯案，使審幹工作大大偏離了正確的軌道。
中央黨校副校長彭真和中央社會部副部長李克農看到問題的嚴重性，向毛澤東作了報告。毛澤東聽完後說：我看是擴大化了。我們要很快糾正這一種錯誤做法。我們的政策是一個不殺，大部不抓。這些同志的問題是會搞清楚的，現在可不能隨便作結論。我們如果給哪一個同志作錯了結論，那就會害人一輩子。現在作錯了我們要給人家平反，給受害的同志道歉。要徹底糾正這種“左”傾擴大化的錯誤。⑤他後來總結審幹工作的教訓時指出，發生錯誤的原因主要是兩條：一條是缺乏調查研究；一條是沒有區別對待。
在康生作了《搶救失足者》的報告以後一個月，八月十五日，中共中央作出《關於審查干部的決定》，以中央檔案正式公佈毛澤東提出的“首長負責，自己動手，領導骨幹與廣大群眾相結合，一般號召與個別指導相結合，調查研究，分清是非輕重，爭取失足者，培養幹部，教育群眾”的審幹工作九條方針。⑥這九條方針的正式下達起了重要的作用。參加過延安整風的鄧力群回憶說：“我們這些負責審查干部工作的，搞了逼供信，被審查的不願也不能交待政治問題，雙方的關係很緊張。正是這個時候，中央下達了毛主席的《九條方針》，它解放了被審查者，也喚醒了審查者，使我們從自己的親身經驗中，認識了主觀主義的極大危險性。”⑦十月，毛澤東在綏德反奸大會材料上的批語中，又提出“一個不殺大部不抓，是此次反特務鬥爭中必須堅持的政策”。
這年年底，延安審查干部的工作轉入甄別階段。一九四四年一月，毛澤東在書記處會議上總結時，指出一種已經出現的嚴重傾向：過去延安重視知識分子，不重視工農分子；“搶救運動”以來，又走到完全不相信知識分子。現在應估計大多數知識分子是好的。⑧他要求對搞錯的同志“均應平反，取消特務帽子，而按其情況作出適當結論”。⑨“在反特務鬥爭中要注意保護知識分子”。
為了防止延安審幹工作中的錯誤在其他地區再發生，毛澤東還要求各地做到：靈活地運用坦白運動，不要機械地搬用延安各機關的經驗；要正確地估計敵人的力量，不要把一切從敵佔區及國統區來的學生、知識分子、軍人、文化人、技術工作人員等都看成是特務分子，不可將一切敵後或大後方的黨組織或“左”傾革命團體，都看成是紅旗政策的特務組織；要教育幹部注重調查研究，不要輕信口供，要在幹部和群眾中深刻地廣泛地進行反對逼供信的教育，要懂得逼供信的絕大害處；堅持一個不殺、大部不捉的原則。⑩這些意見對各地審幹運動健康發展有重要指導意義。
對延安審幹工作中出現的偏差，毛澤東主動承擔了責任，並不斷總結教訓。他多次向受到錯誤傷害的同志“脫帽鞠躬”，“賠禮道歉”。一九四四年五月，他在中央黨校講話時說：整風中的一些問題，是則是，非則