路線的有關檔案。毛澤東強調：“此種研究的性質是整風的深入與高階階段，其目的是使幹部提高認識與增進統一團結，併為將來討論七大決議作思想準備。”
經過九月以來的緊張學習和對錯誤路線的深入批判，高階幹部中對黨的歷史上的路線是非已能看清。但是，又出現一些新的偏向。有些過去受過錯誤打擊的幹部對那些犯了“左”傾錯誤的幹部也進行過火斗爭，使有些人在毫無思想準備的情況下被揪上臺去交待問題，有的甚至被轟出會場，一度造成十分緊張的氣氛。對黨史中的一些重要問題還存在嚴重爭議，主要是：王明、博古等屬於黨內問題還是黨外問題？臨時中央和五中全會是合法的還是非法的？怎樣處理思想要弄清和結論要寬大的關係？對六大如何估價？黨內的宗派是否還存在？對這些問題，毛澤東非常重視。歷史經驗告訴他，如果這些問題處理不好，還會重複過去犯過的錯誤，黨內也不可能實現真正的團結與統一。
一九四四年二月二十四日，中央書記處會議就上述有爭議的問題進行討論。取得了一致意見。三月五日，毛澤東在政治局會議上談了書記處會議討論後的意見，明確地指出：一、黨內黨外問題。在去年黨的路線學習中，有部分同志懷疑王明、博古同志是黨外問題，現在確定是黨內錯誤問題。二、合法與非法問題。過去有的同志認為臨時中央和五中全會是非法的。現在查到臨時中央有共產國際來電批准過，五中全會也經過國際批准，所以是合法的，但選舉手續不完備。四中全會是合法的，但政治路線的內容是不好的。三、思想弄清與結論寬大問題。自整風以來，我們的方針就是“治病救人”。我們要強調產生錯誤的社會原因，不要強調個人責任。因此，組織結論可作寬大些。現在要宣傳解釋這個方針，使同志們瞭解實行這個方針的必要。思想要弄清，結論要寬大，對黨才有利。對抗戰時期的問題也許不在七大上作結論，七大隻做四中全會至遵義會議這一段歷史的結論。四、不要反對一切。對四中全會至遵義會議這一段歷史，也不要否定一切。當時我和博古一起工作，有共同點，都要打蔣介石，分歧點就是如何打蔣介石，就是策略上的分歧。如果把過去一切都否定，就是一種偏向。五、對六大的估計。六大基本上是正確的。六、黨內宗派問題。經過遵義會議和六中全會，黨內沒有宗派了，現在比較嚴重的問題是山頭主義。（32）
毛澤東這些意見得到政治局會議的贊同和批准。四月十二日和五月二日，毛澤東先後在中共中央西北局高幹會和中央黨校作學習和時局問題的報告，進一步闡述了經政治局透過的這些意見。他在四月十二日的報告中說：
“這次處理歷史問題，不應著重於一些個別同志的責任方面，而應著重於當時環境的分析，當時錯誤的內容，當時錯誤的社會根源、歷史根源和思想根源，實行懲前毖後、治病救人的方針，藉以達到既要弄清思想又要團結同志這樣兩個目的。對於人的處理問題取慎重態度，既不含糊敷衍，又不損害同志，這是我們的黨興旺發達的標誌之一。”
“對於任何問題應取分析態度，不要否定一切。”“我們許多同志缺乏分析的頭腦，對於複雜事物，不願作反覆深入的分析研究，而愛作絕對肯定或絕對否定的簡單結論。我們報紙上分析文章的缺乏，黨內分析習慣的還沒有完全養成，都表示這個毛病的存在。今後應該改善這種狀況。”
毛澤東的這個講話，對全黨的團結和鞏固起了重要作用。當年參加會議的鄧力群回憶：“一批人解脫了，許多人心服了，大家心裡的石頭都落了地。”（33）
在這個時期中，重慶《新華日報》全文發表了郭沫若的史學論文《甲申三百年祭》。這篇文章總結了明朝李自成所領導的農民起義從勝利走向失敗的歷史教訓。毛澤東非常讚賞這篇文章，認為它的內容對已經取得很大勝利的中國共產黨有著特殊的意義。他指示《解放日報》全文轉載，並把它當作整風學習的重要檔案。他在《學習和時局》的報告中談到：“我黨歷史上曾經有過幾次表現了大的驕傲，都是吃了虧的。”“全黨同志對於這幾次驕傲，幾次錯誤，都要引為鑑戒。近日我們印了郭沫若論李自成的文章，也是叫同志們引為鑑戒，不要重犯勝利時驕傲的錯誤。”（34）十一月二十一日，毛澤東致郭沫若的信中說：“你的《甲申三百年祭》，我們把它當作整風檔案看待。小勝即驕傲，大勝更驕傲，一次又一次吃虧，如何避免此種毛病，實在值得注意。”他還說：“我雖然兢兢業業，生怕出岔子，但說不定岔子從什麼地方跑來；你看到了什麼錯誤缺點，希