由於史料行文的簡約，後世已經無法具體地知道這一方略究竟是如何具體實施的了。我們僅能大體描述為：用花紋巨石累積築牆，並輔以鐵條錮之，堵水牆外塗抹某種類似丹漆（紅漆）的塗料，以堵塞縫隙滲漏，而後繼續開掘。在此施工方略之下，連續鑿過三層地下泉流（穿三泉），也成功堵塞了三層地下泉流（下錮三泉）。
此時，地下開鑿突然遇到了一種奇異的境況。
《漢舊儀》描述這種狀況為：“已深已極，鑿之不入，燒之不燃，叩之空空，如天下狀！”這便是第二個最大的難點：地下岩石層。舉步維艱的鄭國，被章邯親自帶領護衛甲士用軍榻抬下了地下工地。火把之下，鄭國全部踏勘了叩之空空的地下石層，最終長嘆了一聲：“天工造物，老夫無奈矣！目下之勢，只能旁行開鑿。欲圖再深，無望也。”回到地面，章邯立即將鄭國決斷上書稟報了丞相府。李斯立即上書二世胡亥，請以鄭國之法行事：可廣不可深。二世胡亥請教趙高之後，批下了似乎頗有主見的兩行文字：“制曰：鑿之不入，燒之不燃，其旁行三百丈乃止。”
至此，始皇陵的龐大地下工程終止了深掘，不再求窮極於地了。
工程諸難決斷之後，李斯最後的忙碌，是統籌謀劃始皇陵地下寢宮的格局並全部藏物。李斯原定的葬禮總方略中，有“藏極豐厚”一則。在李斯看來，地下寢宮之藏物也必得做到“大象其生”，既滿足始皇帝對天下珍奇的讚賞喜好，又彰顯一統帝國擁有九州四海的驚人財富。因陵寢藏物須直接取之於皇室府庫，李斯為此專門上書胡亥，請以皇室府庫之三成財富藏入先帝陵寢。胡亥這次沒有就教趙高，立即獨斷批下，其語大是驚人：“制曰：先帝國葬宜厚宜豐，舉凡先帝生前所涉器用珍奇財貨，一體從葬！先帝后宮非有子者，出焉不宜，皆從死！”
李斯接到詔書，心下大是不安了。
財富珍奇，厚藏可也。這人殉，可是早在戰國初期便已經廢除的駭人舊制，如何能再現於大秦新政？更有一端，戰國廢除人殉者，秦獻公發端也，今復人殉，既有倒行逆施之嫌，更有褻瀆先祖之嫌，豈非荒誕絕倫之舉哉！儘管，胡亥詔書的實際所指李斯也清楚：是讓曾經侍奉先帝寢室而沒有生子的嬪妃侍女一體從死，而不是教後宮所有女子一體殉葬。縱然如此，大約也是百數上下甚或數百人等，何其酷烈矣！李斯本想諫阻，如同當年之《諫逐客書》一樣奮然發聲。可李斯思謀良久，還是打消了諫阻之心。畢竟，自己是主葬大臣，極盡隆盛而大象其生，是自己一力主張的；況且，胡亥的理由是侍奉先帝的女子放還民間是不宜的，畢竟不能說完全沒有道理；而放還後宮之六國女子，恰恰又是李斯的後續新政之一，此時為後宮女子而諫阻，後續整肅後宮事勢必胡亥不悅。當然，更為根本的是，李斯想要最大限度地減少自己走向攝政的阻力，便必須在某些不關涉大政的小事上容讓胡亥；今恢復人殉固然駭人聽聞，然畢竟不關涉後續大政，認真計較起來，剛剛達成默契的君臣際遇便很可能就此夭折……終於，李斯沒有上書諫阻。在天下最需要李斯膽略的時候，歷史卻沒有留下如同《諫逐客書》一般的雄文。李斯不置可否，對人殉保持了沉默，只全力以赴地操持地下寢宮格局與物藏種類了。
始皇帝陵之格局與豐厚物藏，歷代多有記載，幾則具有代表性的描述是：
《史記·秦始皇本紀》雲：“（始皇陵）穿治驪山……穿三泉，下銅而致槨，宮觀、百官、奇器珍怪，徙藏滿之。令匠作機弩矢，有所穿近者輒射之。以水銀為百川江河大海，機相灌輸，上具天文，下具地理。以人魚膏為燭，度不滅者久之。”這則記載中，值得注意者是“人魚”一物。《史記·正義》引《廣志》雲：“鯢魚聲如小兒啼，有四足，形如鱧，可以治牛，出伊水。”可知，這人魚便是今日陝南猶有的娃娃魚。又引《異物志》雲：“人魚似人形，長尺餘，不堪食。皮利於鮫魚，鋸材木入。項上有小穿，氣從中出。秦始皇冢中以人魚膏為燭，即此魚也。出東海中，今台州有之。”由此可知，當時此等人魚尚有多處產地，捕撈雖難，然終不若後世那般珍奇。
《漢書·劉向傳》雲：“始皇葬於驪山之阿，下錮三泉……石槨為遊館，人膏為燈燭，水銀為江海，黃金為鳧雁。珍寶之藏，機械之變，棺槨之麗，宮館之盛，不可勝原。”
《漢書·賈山傳》雲：“始皇死，葬乎驪山……下徹三泉，合採金石，冶銅錮其內，漆塗其外，被以珠玉，飾以翡翠，中成觀遊，上成山林。”
《水經注·渭水注》雲：“秦始