拉圭仍為巴西領土。不久後，阿根廷再次對巴西用兵，翌年，巴西軍被驅逐，雙方於是簽署和約，承認烏拉圭為獨立國家。
在面對阿根廷的戰爭期間，葡萄牙的若昂六世駕崩。作為長子的佩德羅一世便繼承其王位。可是，國內的人都不認同他兩國君主之身份，他只好把葡萄牙王位讓給自己的長女瑪麗亞，由弟弟米格爾攝政。1828年，米格爾篡位成為葡萄牙國王，佩德羅一世繼續管治巴西。同年，烏拉圭得以獨立，而戰爭亦使得國內的經濟開始下滑，人民對佩德羅抱有怨言，巴西黑人亦開始爆發不同的起義。1831年，人們在首都里約熱內盧爆發示威，緊接各地也出現不同的暴動。不久後，佩德羅一世被逼讓位於兒子佩德羅二世。返回葡萄牙。
攝政時期（1831－1840）
1831年至1840年間，巴西帝國由三人攝政委員會理政，包括已回國的若澤·博尼法西奧·德·安德拉達。以輔佐年幼的佩德羅二世。在這幾年間。巴西境內開始出現不同的騷動及暴亂，如1832年在東北部的帕拉伊巴省及伯南布哥省就出現了示威的浪潮。其後數年。國內的形勢更加紛亂。1834年，安德拉達獨自攝政，但無法控制各省的混亂事件，因此，國家放寬各省自治權，令中央政府的權威大幅削減。
破衫漢戰爭在攝政委員會執政的年代，國內出現騷亂根本是屢見不鮮的事情。當中比較著名的有1835年1月，帕拉首府貝倫（belém）出現大規模暴動。政府軍派出軍艦鎮壓。九個月後，在南部的南里奧格蘭德首府阿雷格里港中爆發叛亂，領導者成功取得城市的控制權，反對帝制統治，打算建立一個行聯邦制的共和政體。政府軍只好再派軍隊到當地掃蕩，展開為期十年的“破衫漢戰爭”（guerradosfarrapos）。翌年，南里奧格蘭德脫離巴西獨立，建立共和國。另外，在1837年，巴伊亞首府薩爾瓦多亦出現******教黑人起義。欲建立一個巴伊亞人的獨立國家。再加上1839年馬臘尼昂的市民起義，都令政府軍措手不及。然而，這些動盪不安顯示出各省對祖國的不滿及對立。這個現象更一直延續到下一個世紀。
即使政府對各省的叛亂加以鎮壓，但政府卻無力進一步加強對各省的控制。為了挽回局勢，在1840年間，帝國議會漠視攝政委員會的休會法令，再次召開議會，並諮詢小佩德羅登基的意願。其後，小佩德羅同意登基，並於次年7月18日即位，恢復皇帝的統治。以回覆國家的統一、和平及繁榮。
佩德羅二世統治時期（1840年－1889年）
佩德羅二世登基後，立刻廢除聯邦制度。再次建立中央集權的政府，加強對各省的控制。起初的幾年間。共和主義者反對帝
制，再次發起暴動，但很快就被鎮壓下去。不久後，佩德羅加速集權，他運用憲法賦予的權力，解散自由派佔多數的下院，並重新甄選出保守派的議員，以壓制自由派的勢力。此外，他又赦免各省叛亂者的刑罰，但同時把他們驅逐出境，解決國內的反對聲音。
1850年，巴西進行土地改革，推行新的土地法，取締以往非法佔據的土地，並制定土地買賣的限額。同年，佩德羅二世開始著手廢除在在巴西幾百年之久的奴隸制度。在英國及本土部分人士的施壓下，巴西政府首先宣佈非洲奴隸的買賣為非法行徑。不久後，英國對這個藉口感到厭煩，便宣佈奴隸買賣的行徑與海盜無異，並派戰艦到巴西海岸襲擊這些奴隸運輸船。在英國的武力干預下，巴西政府只好驅逐當地的葡萄牙奴隸販子，並要求各省長官加以取締。其後，更禁止外國向巴西輸入奴隸。最後一艘的奴隸走私船自1855年後到達巴西后，巴西的奴隸買賣完全中止。
其後，巴西開始加強本土咖啡產業的發展，並加速進行工業化。在1871年至1880年間，本土的咖啡出口佔總出口量的六成，比以往三十年增加一成之多。此外，巴西的棉花、菸草、可可豆、橡膠及巴拉圭冬青也是重要的出口產品。直至今天，巴西仍然是部分作物的主要出口國，也是奠基於此時的發展。隨著巴西咖啡產業的急速增長，吸引了英國投資者的到來進行投資。在19世紀下半葉，巴西的鐵道、航運及道路網開始加速發展，能夠快捷方便的進出沿海及內陸，為巴西的運輸網路帶來正面影響。亦因如此，巴西的工業得以發展，加速巴西的工業化。
隨著1864年爆發巴拉圭戰爭，巴西在戰爭中得以加速軍需工業的發展。戰爭為巴西帶來了寶貴的作戰經驗，亦令巴西軍隊得以進行現代化。