至此，十天干與十二地支共配六次，就形成所謂六十花甲子。每一甲都剩下二個地支輪空，故就叫六甲旬空。中國古代就是以這六十甲子週而復始地來記載年、月、日、時。奇門遁甲就是把這六十甲子納入九宮格這個時空模型之中。來摹擬時間的自然流動。
據南京大學古天文系教授盧央先生考證，以六十甲子納入奇門九宮格來記時的模型，原來是一種很古老的歷法。奇門遁甲這種預測方法，不過是利用了古曆法而已。它絕非荒誕不經，而是有天文學依據的。
十天干不僅是記時符號，它們同時也是全息符號。古人根據陰陽五行的哲學觀，對十天干也都賦予了不同的陰陽五行屬性。
這就是：甲、丙、戊、庚、壬即奇數一、三、五、七、九屬陽。乙、丁、己、辛、癸即偶數二、四、六、八、十屬陰，同時又賦予五行的屬性：甲、乙東方木，甲為陽木，乙為陰木；丙、丁南方火，丙為陽火，丁為陰火；庚、辛西方金，庚為陽金，辛為陰金；壬、癸為北方水，壬為陽水，癸為陰水；戊、己中央土，戊為陽土，己為陰土。
既然十天干具有陰陽五行屬性，自然相互之間，也就有了生、克、合、衝等制化關係。相生、相剋關係，自然也是水生木、木生火、火生土、土生金、金生水和水克火、火克金、金克木、木克土、土克水的關係，而其相合，也是陰陽相合，相沖也是陽與陽、陰與陰對沖。這就是：
甲、己合，陽木甲陰土己相合，古人稱為中正之合；乙、庚合，陰木乙與陽金庚相合，古人稱為仁義之合；丙、辛合，陽火丙與陰金辛相合，古人稱為權威之合；丁、壬合，陰火丁與陽水壬相合，古人稱為淫蕩之合，戊、癸合、陽土戊與陰水癸相合，古人稱為無情之合。
甲、庚相沖，（陽金庚克陽木甲，二者又處對立位置），乙、辛相沖（陰金辛克陰木乙，二者又自對立位置），丙、壬相沖（陽水壬克陽火丙，二者又處對立位置），丁、癸相沖（陰水癸克陰火丁，二者又處對立位置）（見圖二十）。
（三）二十四節氣
最後奇門九宮格所包含的時間內容，不僅有天干和地支，而且含有二十四節氣。二十四節氣是根據地球繞太陽運轉一週即一個迴歸年大致等分為二十四個階段來定的。這實際上是陽曆，是根據太陽對地球上的日照來定的冬至這一天太陽對北半球日照時間最短，即白天時間最短，夜晚時間最長，夏至這一天，太陽對北半球日照時間最長，即白天時間最長，夜晚時間最短。從冬至這一天開始，白晝一天天增長，到春分這一天日、夜等分，到夏至這一天白晝時間最長。由於日照一天比一天增多，白晝一天比一天長，即陽氣漸長、陰氣漸消，故奇門遁甲在半年之中就用陽遁。相反，從夏至這一天開始，白晝一天天減短，到秋分這一天日、夜等分，到冬至這一天白晝時間最短，夜晚時間最長。由於日照一天比一天減少，夜晚一天比一天增長即陰氣漸長、陽氣漸消，故奇門遁甲在這半年之中就用陰遁。
還有一個最大特點，按農曆地支月份年含的節氣與奇門八宮的對應關係，不是等分的，即一、三、七、九四正宮分別對應兩個節氣，而二、四、六、八四維宮則分別對應四個節氣（見圖十一）。但在奇門九宮格內，卻把二十四氣按八宮進行了等分，即一個宮平均對應三個節氣。（見圖二十一）
把二十四節氣與八宮等分以後，原來十二地支月份所對應的節氣則出現了錯位現象。即子月（十一月）所對應的大雪、冬至二個節氣分別跨在六宮與一宮之間；丑月（十二月）所對應的小寒、大寒二個節氣則在一宮，不在八宮了；寅月（正月）所對應的立春、雨水二節氣仍在八宮。卯月（二月）所對應的驚蟄、春分二個節氣則跨在八宮與三宮之間；辰月（三月）所對應的清明、穀雨二節氣則不在四宮，而提到了三宮；巳（四月）所對應的立夏、小滿二節氣仍在四宮；午月（五月）所對應的芒種、夏至二節氣則跨在四宮與九宮之間，未月（六月）所對應的小暑、大暑二節氣則不在二宮，而提到九宮；申月（七月）所對應立秋、處暑二節氣仍在二宮；酉月（八月）所對應的白露、秋分二節氣則跨在二宮和七宮之間；戌月（九月）所對應的寒露、霜降二節氣則不在六宮，而提到七宮了；亥月（十月）所對應的立冬、小雪二節氣則仍在六宮。
這樣一來，地支子、午、卯、酉則分別跨在二個宮之間，辰、戌、醜、未則分別提前了一個宮位，只有寅、申、巳、亥仍在原來宮位。由於出現了這種錯位現象（即時空對應的錯位）加上陰曆大月三十天、小月二十九天，