平軍一度是佔據上風的，兩路大軍連戰連捷，直逼武昌。而曾國藩則久攻安慶不下，坐立不安。然而陰差陽錯，陳玉成北路軍被英國人阻止，不得進兵，於是回師救安慶，又遠征陝西；李秀成卻因為本不贊成取武昌，又見北路軍退，於是回師取自己一向重視的浙江，致使坐失良機，誤了天國大事。陳玉成戰死後，李秀成雖然英勇，但是獨木難支，各地不斷失守，太平天國領土漸漸全部喪失。堅守孤城天京已不可能，當時太平天國唯一良策，只有放棄天京，取道皖南，入江西，繞湖北，與攻克陝西漢中的原陳玉成部西北遠征軍會合，踞西北，以圖中原。蘇州失守後，李秀成就回京奏請洪秀全執行這個戰略。洪秀全斷然拒絕，硬要死守天京，把突破危亡形勢轉向有利地區以儲存和發展力量的最後機會失掉了。1864年1月，天京被包圍。2月，杭州失守。3月下旬，急救天京的西北遠征軍從陝西趕回到皖北邊境，也因蘇、皖地區遍地餓荒，被迫停留，無法抵達天京。
4月，天王洪秀全因病逝世。6月，天京陷落，太平天國中央政權傾覆。之後太平天國餘部仍然繼續�