二人排在馮雲山之前，軍師一職也一直被楊秀清佔據。
不過楊秀清也是一個不可多得的人才，他做軍師執掌大權，帶領太平軍也是蒸蒸日上，發展很快。後來馮雲山陣亡，其他人就更沒資格和實力來動搖楊秀清的軍師地位。一直到了定都天京，楊秀清都是太平天國的實際掌權者。然而定都天京之後，隨著軍事鬥爭形勢的逐步好轉，原來被掩蓋的洪、楊之間個人權威混亂顛倒的弊病終於開始逐漸顯露：楊秀清一直執掌軍國大權，但是在洪秀全面前他畢竟還是臣子，要跪拜天王，口中稱臣，自己做出的決定還必須要求得洪秀全的允可才能得以實行，這對於楊秀清來說實在是非常不舒服的事情。
尤其是在洪秀全躲進天王府享福，對外事不聞不問的時候，楊秀清又隱約看到了自己篡奪天王寶座的希望。積怨、權力慾和個人性情的獨斷專橫加在一起，使得楊秀清走上了濫用天父代言權打壓洪秀全和其他高層領導人的道路，洪秀全本人甚至被他以天父的名義打屁股教訓了一頓，至於