大軍分水陸兩路下江南。二月初二，圍攻南京；十四日，就攻克南京。隨後分軍攻克鎮江、揚州。隨後太平軍改南京為天京，定都於此，正式建立政權。計自金田起義到此時，太平軍只用了兩年三個月，就席捲長江，截斷了清朝的漕運，控制了中國的經濟中心地帶。
至此，太平軍前期發展形勢一片大好，進入鼎盛時期。
戰略抉擇（1）
諸葛亮之所以厲害，是因為他高臥隆中，未出茅廬，就已經預知三分天下。這個戰略眼光比他後來所獲得的多個具體戰役的勝利都有價值得多。三足鼎立五十多年的格局，由此開創。
所以說整體戰略是個大問題。
太平軍在發展壯大之後，在發展戰略問題上也遭遇了瓶頸，他們內部的爭論和最終的選擇，決定了整個太平天國運動的結局。
在太平軍不斷發展壯大的過程中，對於太平軍內部對於前途問題有過很多爭論。早在攻打桂林不克之時，就有人不願意離開老家廣西，想繼續在廣西境內轉戰。但是當時廣西境內戰略態勢實在過於惡劣，幸虧楊秀清有遠見卓識，決定全軍進入湖南。後來攻克武昌後，關於前途問題曾經有一場大討論。武昌地處九省通衢，是戰略要地，本來可以在此穩定政權，但當時有欲北上襄樊至河南進取中原者；有欲西進入川者；有欲沿江而下取金陵者，眾人議論紛紛。
後來是楊秀清使出“天父下凡”絕招，才力排眾議，決定進取金陵。
洪秀全本人是打算北上河南進取中原的，其實一直到攻克南京的時候，洪秀全仍然有這個打算，而且支援這種戰略的大有人在，將領羅大綱就曾說：“欲圖北必先定河南。大駕駐河南，軍乃渡河，至皖、豫一出。”不過洪秀全最終被楊秀清說服，入主南京，正式定都。據說促成楊秀清下終極決心的，是一個湘籍老水手的言論，此人力諫東王：河南河水小而無糧，敵困不能救解。今得江南，有長江天險，又有船隻萬千，又何必往河南！”定都天京之後，楊秀清又派兵北伐西征，鞏固政權。其中石達開的西征獲得巨大勝利，而北伐則由於過於孤軍深入，被清軍全殲。太平天國究竟是不是應該定都天京，以及定都天京後的戰略抉擇，一直是後人爭論的話題。
從當時的情形來看，太平軍當有兩種選擇：一是乘勝追擊，一鼓作氣，效法明末的李自成，直逼北京；二是在南京建都，在江南一帶建立自己的根據地，軍事上要抵禦清軍的進攻，經濟上要發展生產積蓄力量，政治上則要建立自己的政權，與清廷劃江而治。然後等力量積攢到足以徹底推翻清朝統治的時候再攻打北京，平定天下。這兩個方案仔細分析其實是各有利弊：若全力北伐，就仍然只能採用流寇戰術。而清廷肯定不惜一切代價保護北京，太平軍當時雖然聲勢極為浩大，但是能不能擊破清廷傾國之力所做的防禦和圍追堵截，尤其是面對以僧格林沁為代表的蒙古騎兵之時，勝負很難預知。畢竟當時的清廷雖然國勢衰退，但與黑暗透頂的大明朝相比，還是具備很強實力的，因此李自成式的孤注一擲能不能成功是個問題。
如果留守南京發展根據地，走的就是朱元璋的道路，所謂“高築牆、廣積糧、緩稱王”是也。但是太平天國的鬥爭形勢和朱元璋當時所面對的形勢不可同日而語：朱元璋那時天下大亂，陳友諒、張士誠等群雄並起，元朝顧此失彼，焦頭爛額，所以朱元璋採取這種卞莊刺虎的策略可以說是十分明智；然而太平軍所面臨的形勢卻幾乎是自己孤軍奮戰，雖然北方有捻軍等起義友軍，但是都不成氣候，對清廷的牽制力並不是很大，清廷能夠集中全部力量來對付太平軍。這樣一來，究竟能不能建立穩固的根據地，也是個大問題。
當時的太平軍中洪秀全是教主、精神領袖，而實際主理軍政大事的是楊秀清。從楊秀清最終的選擇來看，他選擇的策略是：留守南京，派北伐軍進攻北京，又派西征軍開拓疆土，建立根據地。後人對此多有詬病，認為孤軍北伐是軍事上的冒險和賭博，留守南京是小富即安、不思進取等等，這些說法當然都有道理，但是並沒有說出問題的關鍵。
北伐的決定應該說是沒有錯的，關鍵是楊秀清把北伐的目的給定位錯了。根據當時的形勢，如果北伐從總的戰略上來說是採取一個對清廷以攻為守的態勢，威脅北京而不真的一定要攻打北京，然後北伐軍爭取在豫、皖一帶站住腳，建立根據地，逐步向陝、晉、冀、魯發展，則完全可以起到牽制清軍力量的作用，為江南主要根據地的開拓爭取時間和空間，還可以和天京方面互為犄角之勢，相互呼應。以北伐將領林鳳祥、