機構的最高層，人們普遍對案情發生了懷疑。8月中旬，根據憤怒的官員們的請求（因為他們發現山東第一個剪辮犯乞丐蔡廷章提供的線索毫無用處），蔡廷章重新受審，卻改變了自己的故事。這時，弘曆仍相信狡猾的剪辮犯是在施放煙幕以混淆清剿的線索，或者根本就是想以此結束自己的痛苦。不過，他們當初的供詞究竟是逼供出來的，還是自己招認的？雖然富尼漢向弘曆保證沒有使用刑訊，但朝廷已開始對此產生了懷疑。9月29日，弘曆命令山東將案犯進到承德由軍機大臣直接審理。
回過來再看江南。當9月10日兩江總督高晉聽了乞丐張四的故事並檢視了他殘廢的雙腿後，他已清楚地知道對這個賣唱乞丐的審訊已陷入僵局。他在上奏時重複了弘曆自己的話：“誠如聖諭，一用夾杖，鞍於事無益。”他進而審問了舉發張四的原告，得到了我們已在上面敘述過的那個故事。高晉沒有因指出案情的不實而受罰，因為他的囚犯很快便被傳喚到北京。
在那裡軍機大臣們自會看個明白。
直到軍機大臣們於9月中旬提出自己的審訊報告前，由於廷寄制度的運作，我們很難了解他們（無論作為整體還是作為個人）究竟是如何看待叫魂案的。9月15日，劉統勳和他的同僚們從北京向承德行宮報告說，來自山東的供詞每天都有新的破綻。山東最初的兩個剪辮犯靳貫子和蔡廷