諸妃，多數為皇帝的寵妃，生前備受恩遇，封以皇貴妃、貴妃；有的雖不受寵，但曾生育皇子，地位也非一般。殉葬諸妃中雖有貴妃，但多為一般嬪妃和宮女，喪葬禮儀亦當有別。東西二井規制與其它陪葬墓相同，甚至比萬曆四妃墓、世宗六妃二太子墓規格還高。宮人殉葬不在陵內，單獨建置陵園，視同貴妃，似乎不大可能。
按照我國古代“視死如事生”的禮制，皇帝生前深居九重，把皇宮比做天帝居住的紫微宮，其建築包括外朝和內廷兩大部分。外朝建築以奉天、華蓋、謹身三大殿為中心，象徵“前有太乙，後有鉤陳”的紫微帝座三辰，兩翼則分文華、武英二殿，內以乾清宮、交泰殿、坤寧宮為中心，東西宮分處兩翼。事實表明，定陵的陵寢建築確屬皇宮建築的格局。由此推斷，十三陵地宮的整體格局亦應與定陵大致相同。這就否定了憲宗朱見深首創左右配殿的說法，並可得出十三陵各陵均有左右配殿的結論。而按照一帝一後葬制，其左右配殿只能為殉葬妃嬪宮女所用。不如此，一個皇后面對兩座配殿，到底居左居右，無法解釋。
《明書》記載，明初葬製為一帝一後製，故帝陵皇堂只設金井兩位。至營造英宗裕陵時，由於其子朱見深不敢違背父皇遺詔，這就面臨要在後殿玄堂設定三位的可能。但祖宗制度不能輕易改變，加上臣下等人的堅決反對，所以後殿設雙穴。成化四年，錢後崩，憲宗朱見深在既不得罪母親周皇后，又不違背遺詔的情況下，將錢後葬於玄宮左配殿。有研究者認為，周皇后崩後仍和英宗一起葬於後殿玄堂，而錢後葬於側室。這本是特殊一例，後來又恢復祖制，帝后棺槨均葬於後殿玄堂之上。
為使這一推斷得到進一步證實，不妨再回到萬曆年間。大學士沈一貫在討論皇后妃李氏能否安葬玄宮右側室時說：臣等再三商量，玄堂之旁，制設左右側穴，推其初意，或者以待諸妃，但從未經附葬，臣等不敢輕議。從定陵的玄宮制度看，沈一貫等臣僚的推測不無道理。帝王生前有皇后、妃嬪，死後，使殉葬的諸妃之靈居於帝后寢居的左右側室，是符合“事死如事生”的觀念的。貴妃李氏死時，萬曆皇帝的原配孝端皇后王氏無嗣，皇長子朱常洛已十五歲，鄭貴妃的兒子朱常洵也已十二歲。從當時情形看，無論如何這三個女人的地位要比李氏高。如果按萬曆口諭，將李氏葬入玄宮右穴，這三個女人如何在玄宮內安置？大臣們的上疏沒有提到這個明顯的問題。如果左右配殿是安葬皇后的，萬曆也不可能提出這個惹事生非的問題；按當時臣僚們的狡詐聰明和多年上疏諫爭的經驗更不可能不以祖製作擋箭牌，而僅以“推其初意，以待諸妃，但從未經附葬”作為並不充足的理由進行抗爭。
事實上，從定陵玄宮後殿棺床上的三位金井來看，似乎一切爭論都可迎刃而解。假若不是葬皇后，這三位金井，除中間是萬曆的以外，另二位為誰而設？除了皇后，誰又有資格和大行皇帝“同床共寢”？
至於玄宮左、右配殿空設的原因，是由於英宗已廢除殉葬制度，萬曆怎好違背祖制，重新拿妃嬪宮女殉葬？
除了空設，別無選擇。定陵左右配殿葬妃而不是葬後，這便是筆者在研究了大量歷史資料後作出的一種新的推論。
當然，定陵歷史已逾四百年，對種種謎團的破譯並非易事。到底孰是孰非，尚需進一步考證。但有一個事實卻不容忽視，既然帝后的棺槨已經安葬完畢，為什麼滿地的木板沒有撤走？甚至連抬木箱的繩子、木槓都沒有解開，零落地散落在玄堂之內？從種種跡象看來，當時的情形比較慌亂。那麼，其間究竟發生了什麼事？
定陵玄宮的歷史地位
就在玄宮開啟的當天，長陵發掘委員會的吳晗、鄧拓、郭沫若、沈雁冰、鄭振鐸、夏鼐等先後來到定陵。面對這座幽暗、深邃、輝煌的地下宮殿，這些飽覽經書、學貫中西的一代文化巨匠，無不為之驚歎不已。像這樣一座恢宏的大殿，通體沒有一根樑柱，歷三百餘年無絲毫損傷，不能不說是一個奇蹟。
定陵玄宮的這種五室佈局形式，在我國尚屬首見，因此很不易為人們所認識。有建築研究者認為，定陵地下玄宮是地面庭院式佈局的反映，主室和配室就是正殿和配殿，三個前室代表三進院子。其實，在明代，一座正殿、一座配殿，前有二進或三進院落的格局，不過是大臣所用的建築規制。而定陵玄宮建築是按照外朝和內廷兩部分建築規劃設計的，以象徵人君之居的特點十分明顯。
在明代君臣看來，以奉天殿為主體的外朝建築群，相當於佔代天子臨朝佈政的明堂。以乾清宮為主體的內廷建築，