災，黃河暴漲改道，向南奪淮入海。所過之處，積水丈餘。漕河被毀，祖陵（泗州、鳳陽）被淹，千里之內盡成汪洋，數十萬災民無家可歸。又由於漕運不通糧船受阻，使京師、邊鎮嚴重缺糧，情況萬分火急。為了及時排除災害，大學士沈一貫詳細陳明利害，懇請皇帝先發內帑進行救濟，並儘快點用治河大臣，立即進行治理。情況雖然萬分緊急，但萬曆卻對所上奏章連看都沒看。因為沒有皇帝的諭旨，事情又十分重大，沒人敢於用“講旨”的辦法去冒險，只得擱而不辦。
萬曆三十二年（1604年）五月，京郊地區連降大雨，經月不停。致使京師內外商民房屋倒塌數千間，壓死民眾數百人，長陵陵碑也被雷火擊碎。又因四月以來，天氣悶熱，連日陰霾，天壽山陵區的數萬株松樹枝葉全被害蟲吃光。這在當時，是上天“懲戒”的不祥之兆，本應引起萬曆皇帝的“惕然驚懼”。但是由於呈報的題本他依然未看，所以毫無反應。為此，部院大臣除繼續聯名上疏強烈陳請外，又到文華門外集體跪請，想以此引起皇帝的警覺與重視。但萬曆皇帝根本就沒有起床。臣僚們白白在門外跪請了一個上午，中午萬曆起床以後，�