之多，繁忙如此，沈一貫一人當然無法勝任。為此，沈一貫頻頻上疏懇請補進閣臣，卻始終不見下文，這一拖就是五年。最後，沈一貫因操勞過度而病倒在寓所，仍未見到補替人員。但緊急公務仍無法推脫，沈一貫只好強打精神在病榻上操辦。內閣府由此再無一人主持政務，只好關上大門，中國皇朝的內閣第一次也是最後一次掛上了大鎖。
沈一貫一共在閣12年，而獨掌閣務竟達7年之久。令人不可思議的是，在這12年當中，作為一個帝國首輔，只見過萬曆皇帝兩次面。萬曆30年（公元1602年）七月，經過沈一貫一再苦請，萬曆才點用朱賡和沈鯉入閣。閣臣總算有了三人。但好景不長，四年之後，沈一貫和沈鯉同時去職，閣臣又只剩下朱賡一人。朱賡所上有關軍民利病的諫言，卻“十不下一”，為此，常常遭到御史和科臣們的嫉諷。朱賡上不能勸說皇帝，下不能取信於諸臣，萬般無奈，只得在家稱病不出，其結果是閣門再次關閉。至萬曆三十六年（公元1608年）十一月，74歲的朱賡憂憤成疾，耗死任上。更令人不可思議的是，他作為帝國閣臣六年，首輔兩年，竟沒見過皇帝一面。萬曆三十五年（公元1607年）五月，皇帝諭命于慎行、葉向高、李廷機三人入閣，另因王錫爵有聲望，於同年也被再度召回，並冠以首輔職銜。王錫爵雖名為首輔，但尚未赴任，就在家死去，時年77歲。于慎行雖然加太子少保兼東閣大學士參贊機務，但已身患重病，七個月後便死於家中。同時入閣的李廷機赴任不久，即遭到給事中、御史十數人的參劾。迫於形勢，只得明哲保身，躲在寓所裡堅臥不出，後來索性跑到郊外一座荒廟中居住，並上疏皇帝辭去閣臣職務，三上奏疏才恩准致仕。名義上枚卜了四名閣臣，實際赴任理事的，卻只有葉向高一人了。
葉向高為了枚卜閣臣，先後上疏一百餘本，均不被理睬。此時的中樞機構長期缺員，黨勢漸豐，國力大漸。葉向高身為閣臣，卻大事不敢做主，小事不能措處，欲幹不能，欲退不允，孤苦伶仃，只好徒充其位，但是一切罪名，卻全得由他承擔。“大抵格而不用，惟有不行者，盡罪於臣。”又說，“臣孤身暮年，東撐西持，力竭心枯，淚盡而致以血。”即是這樣哀情，也仍然打不動萬曆皇帝的鐵石心腸。為了儘早擺脫困境，以免不測，他連連上疏：“臣自受事以來，未能薦一賢、行一事、挽回一弊政、消弭一釁端。碌碌浮沉貽憂宗社已六年矣！”這樣延耗七年之久，直到他稱病不出，內閣閉門，才令其致仕。
在葉向高去任之前，經過他的苦請，終於在萬曆四十一年（公元1613年）九月令方從哲、吳道南二人入閣。但四年之後吳道南去職，內閣又只剩下方從哲一人獨掌，直至萬曆四十八年（1620年）七月萬曆皇帝駕崩為止。
這種形同虛設的內閣，使首輔和閣臣均無實權。又因萬曆不放權與內閣，致使“百事皆奉聖斷，分毫不敢欺負”，由於部、府等衙門所上的對本部本府有利的題本屢上不下，上疏催請，又杳無音信，請內閣代催更無濟於事。在這種情況下，有些衙門便瞞著皇帝和內閣自做主張、擅自辦理，即使內閣有所察覺提出意見，甚至勸阻也起不到任何作用。因為內閣不能給部府作主，已經失去威信，只好任其肆意行動。這樣一來，萬曆皇帝雖然表面至高無上統攬帝國，但對於部府有利的實際大權，反被各取所需下移濫用。更不可思議的是，皇位繼承問題早已解決，而關於當年延擱立嗣的責任問題又沸騰起來，反較問題沒有解決的時候更加嚴重。許多臣僚都被捲入，而且舌戰之後繼之筆戰。這時朝廷中的文臣又產生了很多派別，各派之間無數的舊恨新仇需要清算，激烈的爭論則常常始於微不足道的釁■，致使舉朝上下人人自危，人人出擊，“聞言而杜門，言已而視事。遞出遞入如登場之傀儡，憑人提算。”
而事實上，這種形同虛設的內閣，皇帝不盡職責，並沒有使政府陷於癱瘓；文官集團有它多年來形成的自動控制程式，每到牛、龍、狗、羊之年，北京的會試、殿試照常進行，地方官和京官的按期考核也沒有廢止。派遣和升遷中下級文官，只是由原來的以德才為標準改用抽籤的方法選用和決定，決定的因素不是德才，而是一根竹籤，這些例行公事，皇帝照例批准，而大多數情況下則由司禮監秉筆太監代作硃批，這時的帝國的航船已經全憑自身的慣性向前飄搖行進，它的沉沒已是或早或晚的事了。
走向沉淪
萬曆皇帝百年之後，人們用八個字為之蓋棺論定：“酒色財氣，四病俱全。”
萬曆的貪酒，大約起於15歲時。為