小偷，揭發批判時，有人居然說這個流氓小偷是受吳晗的影響和腐蝕的。此時的吳晗心如刀絞，他怎麼也想不通自己的一番心血竟會成為令人痛心的眾矢之的。
自5月8日開始，京滬兩地各大報刊紛紛發表姚文元、關鋒、戚本禹等人的文章，矛頭直指北京市委。八天之後的5月16日，毛澤東親自主持制定了《五·一六通知》，“文化大革命”正式開始。鬥爭目標從吳晗擴充套件到黨政軍各級領導幹部和文藝、理論、教育、新聞、出版等各界的知識分子。此時，吳晗已被稱作“反動學術權威”、“反黨反社會主義的資產階級代表人物”，逐步失去人身自由，被揪到各處批鬥，經受更加嚴峻殘酷的迫害。
走向人生終點
1966年5月，吳晗被正式揪出來為長達十年的“文化大革命”開刀祭旗了。他幾乎每天都要接受揪鬥，飽嘗難以忍受的痛苦與屈辱。當時八歲的兒子後來在回憶文章中寫道：“我永遠忘不了他們把爸爸跪綁在烈日下的枯樹幹上，往他脖子裡灌曬得滾燙的沙子。他們掄起皮帶抽他，揪他的頭髮，擰他的耳朵，用各種想得出來的法子侮辱他。爸爸三天兩頭被拉去遊鬥，學校要鬥，區裡要鬥，縣裡要鬥，這裡要鬥，那裡也要鬥。”
在批鬥之初，吳晗全家住在北長街原來的住處，但後來被掃地出門。紅衛兵勒令他和妻子袁震每天到北長街掃街道，並且隨時把他們夫婦揪出來侮辱。酷暑烈日下，吳晗被拖到馬路上，跪在粗硬的瓦礫上，遭受殘酷的毒打。每次爬起來之後，都是膝蓋面板劃破，鮮血染紅雙腿和土地。而這時的吳晗，一拐一瘸地回到住處，擦去身上的血跡，便拿起毛澤東主席簽名送他的著作來看。但他越看越覺得自己委屈，不知道自己的一片赤誠之心，為什麼會遭到如此的報應。
1949年1月31日，北平和平解放。當人民解放軍舉行浩大的入城儀式時，吳晗隨同一些黨、政、軍負責人一起參加了這一隆重儀式。幾天之後，他和錢俊瑞等人受黨中央之託，接管北京大學、清華大學，同時被任命為清華大學歷史系主任、文學院長、校務委員會副主任等職。
由於地下黨事先做了大量工作，清華大學的絕大部分師生都留在了學校。新中國成立後，吳晗曾經對一起搞民主運動的地下黨人說過：“你們如果工作做好了，還是可以把胡適留下來的。”實際上，早在解放前夕，吳晗在上海和北平都親自試圖爭取在學術上曾給過自己很大影響的胡適留下來，但都沒有成功。1946年，吳晗親自到北大去見胡適，結果是話不投機，恩師與高徒只談了兩句就僵持起來。後來胡適對別人說：“吳晗可惜，走錯了路。”而吳晗卻認為胡適走錯了路。
1949年11月，吳晗應邀到蘇聯參加十月革命32週年紀念活動，途中聽到了自己當選為北京市副市長的訊息。他曾多次設想新中國成立後，仍舊從事明史研究工作，從來沒有從政做官的打算和準備。當他聽到廣播後，曾打電報給總理，申明自己的想法。回國後，周總理親自找他談了一整夜，才使他接受了這一工作，並以極大的熱情開始了自己的新生活。
早在1949年1月14日，吳晗就給毛澤東主席寫信，要求加入共產黨。毛澤東表示同意他的要求，只是在覆信中談到“惟實行時機尚值得研究，詳情請恩來同志面告。”此後的幾年中，吳晗又多次真誠而懇切地向市委提出入黨要求，但一直沒有批准。1954年，吳晗在給彭真的一封長信中，表達了自己要求加入中國共產黨的迫切心情：
過去幾年，我沒有偷懶，相反是忙亂。每天都很疲倦，但是工作抓不住重心。
參加了許多工作，也用了心，也出了力。但是從來不知道哪些是做對了的，哪些是做錯了的。也沒有人告訴我做對的總結下去，再深入搞。做錯了，為什麼錯，如何改正。
因為我不能參加黨，黨對我是客氣的，優容的。
我沒有放棄要求參加黨的想法，我想以努力工作來爭取，今年不成，到明年，五年不成，十年，二十年，只要不死，總有一天會達到的。目的沒有什麼，只是要求得到教育，做好工作……
1957年初春，北京市委第二書記劉仁找吳晗談話，通知他中央正式批准他加入中國共產黨。吳晗以他對工作的熱情和對黨組織的忠誠，終於實現了自己夢寐以求的心願。唯此，他的遭遇也就顯得更加悲壯。
吳晗經受了長期野蠻的毒打和折磨後，終於躺倒了。在這殘酷的困境中，他思緒萬千，想到他的學生時代，想到周恩來的教導，想到毛澤東主席的英明。他覺得當