多年以後，兄弟倆從老師周敦頤的《太極圖說》的“無極”理論中抽出“理”和“道”的概念，自成一家，這就是理學的雛形。理學認為，在超現實、超社會之上存在一種標準，它是人們一切行為的規範。周敦頤說它叫“無極”，二程說它叫“天理”。而“天理”的敵人則是“人慾”（不合理、不正當的行為和慾望）。每個人的一生最應該做的事就是去發現（格物窮理）和遵循這個“天理”，祛除“人慾”。歸根結底，就是要“存天理，滅人慾”。我們可以舉個例子來說明“天理”和“人慾”。餓了吃飯是“天理”，但非要吃魚翅鮑魚，這就是“人慾”；困了睡覺是“天理”，但非要有美女陪睡，這就是“人慾”；一個人如果餓了非不吃飯，困了非不睡覺，這也是“人慾”，雖然它不是不合理的慾望，但卻是不合理的行為，因為你違反了人的生理規律。由此可知，天理其實就是滿足我們生存下來最基本的需求，除此之外的都是人慾。
如何“存天理滅人慾”，程顥和程頤的方法不同。程顥認為，人性本是善的，天理就在我心中，所以只需要在自身上下功夫就可以了。而程頤雖然也認為人性是善的，但是卻認為不能僅僅在心上用功，必須要去外界尋找天理，也就是說，必須要依靠外界的力量“格物致知”來讓自己的人性達到至善的境界。
二人的主張不同，是因為心性不同。有這樣一則軼事，很能說明問題。兄弟二人去參加宴會。宴會上，哥哥程顥對主人送到懷裡的歌女溫存備至，而弟弟程頤對懷裡的美女連看都不看一眼，反而氣得七竅生煙。回家後，他指責哥哥有失體統。程顥大吃一驚，說：“我當時在飯局上，懷裡有美女，心中就有美女，我現在回家了，懷裡沒有美女，心中也沒有了，而你直到現在，心中還有美女？”
這個故事恰好戲劇性地驗證了兩人的思想。程顥認為，一切都是心的問題。而程頤則認為，必須要時刻約束自己，讓外界的規則來規範自己的心。
南宋時，朱熹繼承了程頤的思想，而陸九淵則繼承了程顥的思想。朱熹和陸九淵憑藉天資將這兩種思想發揚光大，這就是後來的程朱理學和陸九淵心學。
無論是程朱理學還是陸九淵心學，目的都是為了存天理去人慾。為什麼要存天理去人慾呢？另一位理學大師張載給出了答案：為天地立心（為社會重建精神價值），為生民立命（為民眾確立生命意義），為往聖繼絕學（為前聖繼承已絕之學統），為萬世開太平（為萬世開拓太平之基業）。
如此精彩雄壯的格言，在中國乃至世界史上只此一次。這四句話，就是理學家的名片。
實際上，理學的思路雖然來自道家，但創造它的人都承認，理學是儒家思想，是新儒學。不過，理學談的卻是儒家鼻祖孔子最不願意談的問題“性和天道”（子罕言性與天道），表面上看，這背離了孔子的方向，但其實不是這樣。
孔子之後，儒家分為六派（李斯為代表的小康派，孟子為代表的大同派，董仲舒為代表的天人感應派，孟子、荀子和告子為代表的心性派，荀子為代表的考證派，司馬遷為代表的記篡派），其中有兩派在日後發揚光大，一派是天人感應派，在兩漢時期威風八面；另一派則是心性派，多年以後，它改頭換面而成為理學。
孟子說人性本善，荀子說人性本惡，告子則說，人性可善可惡。理學家則說，孟子說得對，荀子說得也有道理，而告子給我們提了個醒。所以，我們應該時刻注意自己的心，一定要“存天理滅人慾”。
為什麼會有理學的誕生，這是個深遠的話題。儒學在西漢取得正統地位後風光了幾百年。魏晉五胡亂華時，儒家四平八穩的主張在亂世失去作用，於是銷聲匿跡，直到南北朝結束後，隋唐大一統王朝到來，儒學才躡手躡腳地回到人們的視線中來。不過，四百多年不在人間，魏晉南北朝時期佛道二教的高度繁榮，使得儒家思想沒有了競爭力。唐代的韓愈曾向皇帝提出抑制佛、道二教，重新把儒家思想放到尊位上來的建議。韓愈的呼籲很快就化為泡影，唐帝國滅亡後，中國又迎來了一個血肉橫飛的小分裂時代（五代十國），到處都是武夫當權，儒學再次顯示了它脆弱的一面——只有在大一統時代才有力量——而退隱。
北宋統一中國後，第一任皇帝趙匡胤“抑武揚文”，儒學在告別人世接近七百年後終於迎來了復興時刻。這一復興是震動天地的。幾乎是一夜之間，北宋帝國成了儒家知識分子的樂園。人人都以讀儒書、參加科考而高中為生平最幸福的事，連北宋的皇帝都指著儒書讚歎說：“書中自有顏如玉，書中自