僅17歲得天草四郎（益田時貞）在島原起義中用分身術化身千萬一舉擊潰了1638年幕府十二萬大軍，併力斬幕府大將板倉重昌。也就是島原起義開始，忍者和忍術才被日本政府重視，從此以後，忍者也在日本文化中開始佔據極端重要的一席之地，當時的天草四郎，也被視為忍術大師，其忍術之強讓當時的德川幕府一籌莫展，島原之戰，天草四郎用區區的四萬從來沒有摸過武器的老幼農民，抵抗裝備精良訓練有素打了幾十年仗的十二萬正規軍整整一年之久，當時天草四郎帶著幾萬農民只有一塊地盤——半島上面廢棄了幾十年的原城，但即便如此，幕府十二萬大軍寸步難行，最後在堅壁清野一年後，趁著守軍斷糧已久，依靠荷蘭人的軍艦炮擊原城14天，最終發動總攻才算攻佔原城。
據史料記載，天草四郎之所以可以在天時地利人和都極端惡劣的情況可以支撐一年之久，依靠的就是他的忍術。由於文學作品和影視劇的作用，世人特別是東亞人，一聽說忍者就會自然而然的想到伊賀派，忍者的打扮都是渾身漆黑打扮的和銀行搶劫犯一樣的樣子，背後揹著一把長刀，渾身上下都是三角形的暗器，飛簷走壁沉默寡言，是日本高等的階層，其實這些認為都是出於一種想當然。
忍者這個稱謂正式使用是在日本江戶時代，但忍者的歷史可以追溯到更加久遠的年代。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的是聖德太子。在當時，忍者普遍被稱為“忍”，同時各個時代各個地區對忍者也有其特有的稱謂：如飛鳥時代稱為“志能便”，奈良時代稱為“斥候”，戰國時代叫法很多，其中流傳最廣是“亂波”，由武田信玄命名，而江戶時代使用的就是和今天一樣的“忍者”。
忍者的工作，主要是為主君進行秘策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地等種種諜報活動。忍者在世時必須隱姓埋名，與黑暗為伍，也不能留下隻言片語，以免日後東窗事發。因此，關於忍者的歷史記錄寥寥無幾，目前只發現忍術秘本中記錄了聖德太子身邊的一位忍者，忍者的起源也成為一個歷史難題。
“忍者”與“間諜”一樣，都是屬“特種作戰層級”的組織。但忍者不一樣的地方就是除了本質學能上要受一般的間諜基本訓練外，其最為不同之處在於多了一項就是“忍術”的訓練。（忍者就是擁有忍術技法之特戰層級的單位所培養出來的終極戰士。）任務形態更為複雜，更加不單純，比一般間諜層次更高。這就是所謂的“忍者”。許多人印象中總以為忍者每次出任務都是以黑衣蒙面的姿態出現，其實是受到武俠小說和電影的“物像化”影響。的確，這種黑色的衣服確實是忍者出任務時經常穿著的服飾，但也是要看任務狀況而定，這種黑色的衣服也並不一定總是所謂的“忍者制服”。事實上古代日本的老百姓在工作時也經常穿著這種黑色的工作衣，那是一種日本古代的工作衣。而當忍者在暗夜人靜時能方便執行任務上的隱秘需求，才特別穿著這種染黑的工作衣，而在工作衣上有特別的一些修改，以符合任務及作戰上的需求。
而真正的忍者經常在出任務時不會像小說和電影所敘述的總是以黑衣蒙面的姿態出現，且經常化妝成各式各樣的社會人士或各行各業的角色混入一般人群之中，作為自我身份的掩飾。例如乞丐、化緣和尚、技藝雜耍表演人、路邊小販、武士、浪人、修道士、江湖郎中等等不定的角色。某些忍者跟現代的情報員、特務的形態類似或一樣。
為了矇混國境關卡守關人員的審問，忍者在旅途中，經常是農夫打扮。因此，有些忍者暗器，經常是改造自農具、日常必需用品、園丁道具等。這些武器，大多是自己發明鑄造，只有自己深知其用法，因而在旁人眼裡看來，跟一般日用品沒什麼分別。
忍者世界中，有四項基本戒律：不準濫用忍術（只能用在公事上）、捨棄一切自尊（逃命要緊）、必須守口如瓶（即便為此失去性命）、絕對不能洩露身份（這條最為根本）。
忍者最大也是最可怕的敵人就是武士，因為在武士看來，自己出身高貴，間諜這種鼠摸狗盜的勾當自然應該由低等的賤民負責，所以忍者應運而生，忍者的來源都是日本的底層階級，他們沒有榮譽和尊嚴可講。武士在明處，忍者在暗處，防不勝防，所以武士不但反感忍者，而且極端憎惡忍者，所以忍者一旦被武士捕獲，必然受到最殘酷的刑罰處死。活剝皮就是酷刑的一種，面板被一片片剝下來，極其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是絕對不肯讓武士活捉的。比方在幕府時代，有一位最富有傳奇性的忍者的遭遇。這位忍者名叫猿飛，因