經過剛剛的大敗，陳明遇知道自己根本沒有領兵之才，便重新想起智勇雙全的前典史閻應元來。於是趁著清軍撤去，陳明遇親自前往閻應元隱居的祝塘，拜會閻應元。對陳明遇的邀請，閻應元慨然答應了下來，聚鄉中少年六百餘人，並帶著全家來到了江陰城。
到達江陰之後，陳明遇力排眾議，推舉閻應元為江陰統帥。閻應元接管權力之後，立刻開始佈置城防，首先派人詳查城中青壯人數，挑選年輕力壯者組成鄉兵，得鄉兵三萬餘人。然後分派人手，三萬鄉兵分班上城防守，每個垛口固定十個士兵，按時換班。由武舉人王公略守東門，崇明軍營正沙千里守北門，陳明遇守西門，應元自任守南門，其他將領周瑞瓏、邵康公各自負責一段城牆。委任訓導馮厚敦為總管，在許用等諸生的協助下負責全城糧餉軍械後勤事宜。
嚴格盤查城內人等，查出以顧元泌為首的細作數十人，悉數殺之。
在閻應元的指揮下，江陰城一切變得井井有條，軍民們爆發出極大的抗清熱情。
沙千里部因為損失慘重被留在江陰休整。這支崇明軍和清兵苦戰的情形看在所有江陰百姓的眼中，對於這支英勇的軍隊江陰軍民都心生敬慕，無數的城中少年湧到北門要求加入崇明軍。
手下死傷慘重自然需要重新擴充，沙千里從報名的少年中，，挑選出孔武有力者五百餘人納入軍中，一營的千人編制重新完整。對這些新加入的少年，沙千里提出了一個要求，就是必須把家人搬到崇明島。
對於這些人的疑問，沙千里是這樣解釋的，加入崇明軍後肯定會和清兵連續大戰，傷亡在所難免，若是家人搬到崇明，則不論受傷還是戰死，家人都會受到撫卹，會受到崇明官府的供養。
這個理由很牽強，很多人心中很是猶豫，畢竟崇明是座荒島，自然比不上江陰的繁華。但也有人有感於江陰的戰亂，把家人搬到崇明自然可以免去自己的後顧之憂。
沙千里只肯接納願意把家搬到崇明的這種做法，看在有心人的眼中則又生出其他想法。
“也許崇明那位越國公根本不認為江陰能夠守住！”閻應元如此對陳明遇道，“或者他根本沒打算派兵死守江陰，要不為何劉肇基將軍怎麼也不肯入江陰城，只留了幾百人協助防守。”
“那可怎麼辦？若是崇明軍不肯竭力助咱們守城，憑藉咱們一城之力，無論如何也抵抗不了清兵啊！”陳明遇擔憂的說道。此時時間已經到了七月，各地舉義被鎮壓的訊息陸續傳來，據說越國公任思齊也已經帶兵從嘉定退回了崇明。蘇州嘉定松江，各地的舉義紛紛被鎮壓，也許很快清兵就會全力前來攻打江陰，僅靠劉肇基部幾千士兵以及這座江陰城能擋住幾十萬清兵的攻擊嗎？
第四百五十章 攻略常州
現在只是擊敗了劉良佐的幾千綠營兵，可是南京杭州還有八旗兵綠營兵數十萬啊！若是清兵傾力前來，僅憑城外的這些崇明軍能擋住清兵進攻嗎？
肯定是擋不住的，只要稍加思考就知道僅憑劉肇基所部幾千人根本應付不了滿清大軍的進攻，除非越國公傾崇明之力前來救援。可是越國公會傾力前來嗎？從目前的態勢來看，閻應元認為不會，越國公任思齊不可能為了江陰這座小城投入全部的力量。對任思齊來說，能派出幾千人撥出大量錢糧來支援已經不錯了。
此時任思齊從嘉定撤回崇明的訊息已經傳了過來，既然任思齊能放棄嘉定，能放棄松江，同樣能放棄江陰。閻應元從劉肇基的作為能看出崇明軍根本沒有堅守江陰的決心。
其實閻應元在來江陰之前，就知道一座小小的江陰城根本扛不住清兵的攻打，最後肯定是城破人亡的下場。可是死又如何？若是聽著清廷的命令剃頭倒是能活下來，可那樣的話活著還不如死了！身體髮膚受之父母豈能剃去？所以明知來江陰就是一死，閻應元還是慨然而來，義之所至雖死而不悔！
既然來到江陰，既然外力不足為憑，那唯有自救！集全城人力武力，竭力守城，爭取守更長的時間，爭取給清兵造成最大的傷害，向整個江南整個大明發出吶喊：在舉國皆降之時，還有人在抵抗！
明白了目前的嚴峻形勢之後，閻應元立刻開始著手佈置城守事宜。分派將領訓練士兵，演練防守之策。針對清兵可能的攻城方式徵調物質、製作各式武器，城內外的木石大量的被運到城頭，徵調全城的石灰製成灰瓶，命令城內的匠戶造火藥，造火磚木，造火球火箭，造弓弩箭矢。
在閻應元的命令下，全城的軍民緊張的忙碌了起來，在為未來肯定會發生的大戰