專案組車輪戰的鞫訊，不是為了弄清問題，而是逼取口供以便定罪。這一切又是以革命的名義、黨組織的面目出現的。廬山會議後，彭德懷曾經要求黨中央審查他：“文革”開始，他衷心歡迎審查，相信審查會洗清他的冤屈，澄清事實的真相。殘酷的事實使他認識到，完全不是那麼回事。他那從少年時代鑄就的疾惡如仇的霹靂般個性，他一生一世只服從真理，不屈服於壓力的剛烈氣質，時而表現為對那些無端誣指的痛斥痛駁，時而爆發為對專案組的沖天怒火。他不顧災難的後果，在被審時，對操生殺予奪之權的專案人員捶桌怒吼：“我就是頑固，頑固到底！”“你們把我槍斃了吧！我什麼都不怕！”專案組恫嚇說：“你這樣做沒有好下場！”他冷笑道：“好啊！看你們有什麼下場！”
春節以後，專案組又逼彭德懷承認1959年在阿爾巴尼亞參加霍查舉行的宴會前，和赫魯曉夫在小休息室“密談”，“勾結蘇修”。彭德懷反覆說明，當時有各國貴賓在場，他和赫魯曉夫只是禮儀性的見面，交談數語，根本不可能密談什麼。彭德懷把為這一問題被迫寫的“認罪書”抄在日記本上，後面寫上了一段話：“為此事費了半個月時間，有時搞到半夜。於是，我把平日裡所想的和所說的，說成是同赫談了。現在我知道了，一定要說成是同蘇修勾結反對毛主席……現在我懂得了這一條。我過去的瞭解是，審查是要弄清真相，實事求是，做出合乎事實的真理結論。”“入黨宣誓時說過，為了革命利益，必要時獻出自己的生命。現在是時候了，為了黨的利益，為了鞏固和提高毛主席的威信，我應當堅決這樣做。”
為了革命，為了黨的利益，應當按專案組的要求“認罪”以“鞏固毛主席的威信”，還是“抗拒審查”以堅持實事求是呢？他在極度痛苦與極度矛盾中做出極度痛苦和極度矛盾的選擇。
1968年3月，林彪的親信黃永勝被任命為中央軍委辦事組組長。黃永勝接管了專案組，對彭德懷繼續審訊。
5月7日，從下午開始到8日凌晨1時，專案組5個人“攻他的核心問題”，審訊室內彭德懷忍無可忍，火山爆發。他怒吼、痛罵。回到囚室，拿出一張紙條，寫下：“為了革命的利益，必要時可以獻出自己的生命。這是我入黨誓詞的最後一句，現在是時候了。”
江青直接控制的專案組經過10個月的審訊，用千古切齒的“莫須有”，“逼供信”手段，製造出了一個遺臭萬年的《關於彭德懷裡通外國問題的審查報告》，於9月18日定稿上報。報告中說：“1959年彭、赫在地拉那直接勾結，是有預謀的，他在同赫的談話中，惡毒攻擊黨的三面紅旗，露骨地向赫修表示了他的反黨野心。赫魯曉夫對我黨也大肆攻擊，支援彭德懷取而代之。彭德懷供認他到國外反對毛主席是為了製造國際輿論，取得赫修集團的支援，以達到篡黨篡國，奪毛主席的權，顛覆無產階級專政，實行資本主義復辟的罪惡目的。”
1968年8月25日，彭德懷和其他“案犯”由羅道莊被轉移至什坊院繼續監禁。
從被揪以來，彭德懷忍受著紅衛兵的批鬥，哨兵的監視，專案組的審訊，期待著一個偉大的時刻——中國共產黨第九次代表大會。他期待“九大”使黨的一切回到正常的軌道上來。他相信毛澤東駕馭歷史的能力。衝動的熱浪過後，定會有冷靜的總結與處理。
1969年4月1日，彭德懷期待的這一天終於來到，當他在囚室裡聽到院外群眾遊行，高呼慶祝“九大”開幕的口號時，激動得不禁痛哭，這是被監禁以來，他第一次滴下英雄之淚。
“九大”開了24天，他深深失望。
他對自己的生命早已置之度外，但他不能不擔憂黨和國家的命運。林彪的政治報告不提社會主義經濟建設，他認為，“這是比任何時候都擔心的問題”。他對“文革”中只抓階級鬥爭，不抓經濟建設也有意見。這些都作為異說被哨兵記錄在案。哨兵的登記上還記著，彭德懷在看到這次大會的公報後，常常徹夜不能入睡，有時嘆氣、流淚、搖頭，有時“呆坐發愣”，“突自笑起來”。在看“九大”公佈的中央委員及政治局委員名單時，他發現“八大”的中央委員到“九大”不足一半，政治局委員和候補委員留下的也不足一半，他“扳著手指頭數”，“流淚4次”。
“九大”以後，彭德懷明顯地衰老了，經常失眠。9月11日至14日連續4夜，他幾乎徹夜沒有入睡。他常常自言自語，有時靜坐出神，有時唱歌發笑，有時發脾氣、悶聲出氣。
1970年7月2日，江青