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當然，他還會勸告自己，即便對方的報紙有多麼多麼的容易使人誤入歧途，但只要自己帶著批判的觀點去看，則可使自己一方面會對牢獄以外的世界有所瞭解，另外一方面。也可以從其中看出太平天國這些人的真實嘴臉。如果有一天自己還能拿起紙和筆。失去了自由的他，同樣可以在牢獄中與他的敵人繼續戰鬥下去。
好象是蒼天理解了他的苦心，沒過幾天，已經有一年多沒見過的筆墨紙硯，居然就被送進了他的囚室。
魏源似乎忘記了他早已經遁入空門這檔事，從此開始，讀報、寫文章，又成了他的第一嗜好。那些獄方送進來的佛經典籍，卻被他漸漸的冷落到了一邊。
他必須得承認，太平天國這些報紙上刊載的主要文章，都絕非是出自一般人的手筆。尤其是他所看到過的那些署名林海豐和鄭南的文章，其文采之優那是自不必說。其內容卻不僅如投槍似匕首，對於老百姓來說，還極具蠱惑和煽動性。
正因為如此，在隨後的一把他的文章也能拿到那些報紙上去公開給全天下的人看，但這並不妨礙他，他照樣曾經寫出過諸如“大同若夢”和“均貧富實屬盜匪之舉”、“無恥的欺騙與無知的（更新最快愚民”等等的隨筆。用來批駁太平天國政府鼓吹的那種夢幻般的所謂天下大同的理想世界，並“深刻的揭露”太平天國政府在其統治區域內所進行的土的革命，根本就與打家劫舍的瘋狂盜匪一般無二。
在隨筆中，他痛斥太平天國的洪秀全、楊秀清等人裝神弄鬼。用一些低階可笑的歪門邪教，欺騙大眾。尤其是近幾年被太平天國上下一力吹捧的那兩位所謂的“真神”——林海豐和鄭南。更是太平天國滑天下之大稽的愚民手法。他“一針見血”的指出，太平天國領導的這場歷史罕見的大規模造反之舉，不但不會給中國的百姓帶來任何的幸福，還會把中國引進更加墮落、更加愚蠢的深淵之中。
他還寫過“軍事同盟絕非開門揖盜”，在這類的隨筆中，他一反過去在他的著作中，再三警示人們務必要提防沙俄的狼子野心的論調，甚至也不再提他過去的“師夷”只是手段不是目的，而目的只是為了“制夷”，即要戰勝和制止西方列強對中國的侵略，改變中國落後捱打的局面，從而使中華民族立於世界民族之他開始謳歌原本是中國的兩個入侵者之間的狼狽為奸，為“忠實的中俄之友誼”，從政治、軍事，甚至詳細到武備等各方面，來論證他那“中俄同盟將令無知的反叛者徹底警醒”的正確性。他預言，在中俄聯軍面前，太平天國的軍隊勢必將一敗塗的。
而沙皇俄國的介入，正好能夠為中國走向世界開啟一個敞亮的大門。從此，過去閉關自守的中國，將會主動的融入世界這個大家庭，他一向鼓吹但始終難有人願意接納的種種偉大思想，必將煥發出勃勃的生機。“夷之長技”絕不是“奇技淫巧”的觀念將深入人心，而以往中國人見所未見、聞所未聞的諸如量天尺、察天筒（水銀溼度計）、定時鐘、天船（熱氣球）、風銃（氣槍）、甲板船（軍艦）、千里鏡（望遠鏡）、天炮、水琴、風琴、風鋸、水鋸、風磨、水磨、吊橋、顯微鏡、自來水、自轉礁、樂櫃（管風琴），以及伏打電池、靜電儀、避雷針等等的一切，在不遠的將來，都會成為中國人的掌中玩物。
當然，從太平天國的報紙上，他也知道了法蘭西等國與太平天國政府打得火熱的訊息。但他並不因此就感到氣餒，或改變他的定論。他經過一番之後所分析得出的結論是，那些洋人之所以會跟太平無非就是為了謀求各自的利益，從太平天國政府這裡得到比大清那裡更多的實惠而已。他們之間的友誼僅僅是暫時的，不穩定的，一旦北方的中俄聯軍捲土重來，太平天國政府勢必將成為孤家寡人，而這些列強就會從背後向太平天國政府捅刀子。尤其是英吉利。
唉……真要是到了那一天，中國的大災難的就難以避免了。不知道又會有多少的領土被英法美等列強瓜分，大清即使有一天想收回，那得付出多少的銀子和心血啊！
不過，魏源雖然這麼想，卻並沒把他所分析