前、後軍）都督府，為最高軍事機關，掌管全國衛所軍籍。征討、鎮戍、訓練等則聽命於兵部。遇有戰事，兵部奉皇帝旨意調軍，任命領兵官，給印信，率領從衛所調的軍隊出征。戰爭結束，領兵官繳印於朝，官軍各回衛所。這種統軍權與調軍權分離和將不專軍、軍不私將的制度，旨在保證皇帝對全**隊的控制。在地方，設都指揮使司（簡稱都司），置指揮使，為地方統兵長官。都司之下，在衝要地區的府（含直轄州）、縣（州）置衛或設所。一般衛由衛指揮使率領；轄5個千戶所，共56oo人；千戶所由千戶率領，轄1o個百戶所，共112o人，百戶所由百戶帶領，轄2個總旗；共112人；總旗轄5個小旗；共5o人；小旗1o人。洪武二十六年（1393）；定全國都司、衛所，共設都司17個、行都司3個、留守司1個、內外衛329個、守禦千戶所65個。兵額最多時達27o餘萬人。
明朝軍隊分為京軍（亦稱京營）和地方軍兩大部分。京軍為全國衛軍的精銳，平時宿衛京師，戰時為征戰的主力。洪武初年，京軍有48衛。成祖遷都北京，京師接近前線，京軍多達72衛，並正式成立了五軍、三千、神機三大營。平時，五軍營習營陣，三千營主巡哨，神機營掌火器，戰時扈駕隨徵。以後，京軍制度累有更易。此外，尚有拱衛皇帝的侍衛親軍，如錦衣衛和金吾、羽林、虎賁、府軍等12衛軍，以及隸屬御馬監的武驤、騰驤、左衛和右衛等4衛營。地方軍包括衛軍、邊兵和民兵。衛軍配置於內地各軍事重鎮和東南海防要地。邊兵是防禦北方蒙古騎兵的戍守部隊，配置於東起鴨綠江、西抵嘉峪關的9個軍鎮，史稱“九邊”。民兵是軍籍之外、由官府僉點、用以維持地方治安的武裝，內地稱民壯、義勇或弓兵、機兵、快手；西北邊地稱土兵；西南少數民族地區有苗兵、狼兵等土司兵。此外，還有