宣戰。8月7日，劉坤一兼署江寧將軍。26日，他在《續辦江海防務折》中報告了鎮江、江寧一帶晝夜戒備的籌防情形，為防日軍"；：竄入南洋，以圖分憂"；：，特"；：將一應戰守事宜妥為佈置"；：。1o月之後，日軍在遼東、遼南攻陷許多城池，清廷為挽救危局，28日諭劉坤一為欽差大臣，"；：關內外防剿各軍均歸節制"；：。並派湖南巡撫吳大？、四川提督宋慶為幫辦。劉坤一接受命令，表示"；：惟有殫竭血誠，於一切防剿機宜，仰秉睿？，悉心籌劃……亟圖補救，迅掃狂氛"；：。但是他卻以"；：隊不齊，械不備"；：未迅行動。
1895年，劉坤一開始加強軍隊排程，派吳大？統率湘楚各軍2o多營萬餘人陸續出關，委新疆藩司魏光燾為前敵營務處。劉坤一注重軍工生產，積極備戰。原來沿江炮臺都是老式的後膛炮，他令上海製造局製造新式後膛炮，建立吳淞口附近的獅子林炮臺，並在多處炮臺增設新式大炮。1月初，蓋平（今蓋縣）失陷，清廷"；：諭劉坤一進駐山海關"；：，16日才遵旨出駐山海關。同時"；：抽調各營，分派幫辦，並陳事宜八條"；：。當時清軍在海城、營口、牛莊、田莊臺一帶集結7、8萬人，而日軍在海城、蓋平不過2萬人。2月底以前清軍曾四攻海城，均遭敗北，並於3月間先後失去鞍山、牛莊、營口、田莊臺等地。清軍的節節敗退，使劉坤一重整軍隊，以圖反攻的設想化為烏有。不到1o天時間，清軍6、7萬人從遼河東岸全線潰退，宋慶、吳大？潰而西走，從雙臺子退至石山站，1895年4月，劉坤一得知和議將成，堅決反對割讓遼東半島和臺灣。他說："；：既經賠款，又須割地，且割完富未擾之地，無此辦法。遼、臺並失，南北皆危，並恐各國從此生心，後患不堪設想。如畏倭攻京城，不得已而出此下策，則關、津、畿輔均宿重兵，詎不可一戰？"；：4月3o日，劉坤一再寄督辦軍務處，認為"；：宜戰不宜和"；：。他分析了"；：倭奴遠道來寇，主客之形，彼勞我逸"；：的形勢，指出"；：在我止須堅忍苦戰，否則高壘深溝，嚴為守禦，倭寇懸師遠鬥，何能久留，力盡勢窮，彼將自為轉？之計。……持久二字，實為現在制倭要著"；：。表示"；：坤一職在兵戎，宗社所關，惟有殫竭血誠，力任戰事，此外非所敢知"；：。5月2日，光緒批准《馬關條約》。5月5日劉坤一再奏，說明日本"；：若得遼、臺，如附兩翼，中國必有噬臍之禍。遼、臺與倭本國聯成一氣，日益強盛，將來即求援西洋各大國，亦無能制其死命。是此和議一成，惟任倭為所欲為，貽患無窮，何堪設想"；：。劉坤一對清廷將臺灣拱手相讓，很不甘心。29日致函臺灣巡撫唐景崧，鼓勵他設法保住臺灣。並表示"；：願振臂一呼，遠為同聲之應……但屬力所能至，無不盡力勉為"；：。並派幕僚易順鼎"；：持函渡臺"；：，轉達支援之意。他還表示願從物質上援助劉永福在臺抗戰，只是由於清廷從中作梗，無法兌現。1896年，劉坤一回任兩江總督，後雖屢奏請開缺，皆不準。19oo年八國聯軍入侵北京，劉坤一和張之洞、盛宣懷與各國駐上海領事簽訂了《東南互保章程》。19o2年卒，追封一等男爵，贈太傅，諡忠誠。
歷史上，在甲午年的時候，這位兩江總督本應該去東北和日本人打上一仗的，但是因為安南早已經將日本收拾完了，所以劉坤一也就沒有去東北，反而因為安南的影響，本應該在19oo年開始的劉坤一在兩江的改革卻被提前到了1891年進行了。從1891年初開始，劉坤一在兩江仿照安南模式開始對轄區內的經濟進行必要的改革，在這個改革的過程中劉坤一深感自己經驗缺乏，改革的人才也是極為的不足，所以劉坤一藉助同劉銘傳的交情，希望安南省可以向兩江等地派出一些人員以幫助自己的改革，但是，這時的安南省人才也比較的缺乏，所以蕭智就沒有同意劉坤一的要求，而是表示：兩江可派遣一批人員來安南省的行政學院學習一年，此後在安南省實習一年即可返回兩江。對於安南的提議劉坤一夜表示同意，在劉坤一看來，安南省為自己培訓那是最好了，畢竟用安南省的人自己也不放心，雖然培訓的時間長了點，但是到時候自己心裡用著卻踏實，而且有了這些人，自己以後也可以使用他們來培訓更多的人才，何樂而