遭到被批評者的激烈反駁，他也被媒體稱為“新生代作家殺手”，他也因此失去了很多作家的友誼。作為批評家的葛紅兵是苛刻的，他只為內心的感受寫作，只為內心的文學理想寫作，而絲毫沒有顧及到自己在人世間的處境。
1999年12月，葛紅兵在《芙蓉》雜誌上發表了題為《為二十世紀中國文學寫一份悼詞》的文章，引發世紀末中國文壇的軒然大波，全國數百家紙面媒體介入了有關此文的論爭，論爭白熱化的時間持續一年之久，至今“硝煙”仍未散盡。
“悼詞”中的一些尖銳激烈的觀點屬此次文壇大論爭的焦點，即作者對於中國近一百年來的文人及作品的總體性的悲觀評價，葛紅兵也因此被人稱為“罵評家”和“酷評家”。其中有持反對意見者以《為炮製悼詞者出示紅牌——致葛紅兵》（紅孩）為題，對“悼詞”作者提出了嚴厲的批評；更有人投公開信於中國作家協會，稱“我們”怎麼能“縱容這種對中國近百年文化藝術的一筆抹殺？對魯迅等文化巨匠的辱罵與嘲諷？”
2000年一直到2001年的夏天，那一段時間，葛紅兵經歷了一次沉痛的思想歷程。當初，他只是想用一篇文章將自己鑽研多年的中國現當代文學史來一次情感上的總結，只是想更為真誠坦白一點地表達一下個人的見解和看法，以這樣一種相對自由的表述方式。但是，他沒有想到竟然引發出如此激烈的後果。對手的攻擊和謾罵，朋友的誤會和疏離，周圍的世界一夜之間變得陌生，他感到不為世人所理解的孤獨和痛苦。
任何事物都會有它不同的兩面，關於“悼詞”的評論也是一樣。二十一世紀的中國是一個開放變革的時代，新時代精神強調的是進取與包容。在一片甚囂塵上的反對聲音中，有學者站出來提出與“主流輿論”不一樣的觀點和看法。有評論家說：“葛紅兵正是在世界優秀文學的宏觀參照系下，立足於文學本體觀作出的否定性評價，或許他的某些表述欠妥，但其基本判斷是成立的”（劉川鄂：湖北大學教授）。有評論界人士認為：“悼詞”的意義就在於道出了二十世紀中國文壇的“偶像的黃昏”，說：“如果說二十世紀是一個渴求偶像又製造偶像的歷史時間，而這種以偶像為中心的精神文化活動，曾經上演了一幕幕悲喜交織的戲劇；那麼，二十一世紀則應以歷史的清醒理性宣稱：偶像的黃昏已經來臨。這是一個大眾狂歡、消解神聖的世紀。儘管我們渴慕寓言世界的‘大師’，然而真正的大師依然沒有出場。葛紅兵博士的‘悼詞’，其實也蘊含著這樣的哲學智慧：悼詞其實是期待新生的音樂”（顏翔林：湖南師範大學教授）。
2003年，在接受上海教育電視臺的採訪中，葛紅兵回憶這一段經歷，他說：“（當）你對這個世界當中你不喜歡的東西，或者你憎恨的東西，抱以大悲憤、大憤怒的時候，你就會遇到這種衝突。因為你所憎恨的，可能正是別人所喜歡的；你所不喜歡的，可能是別人用終身的精力去追求的……突然有一天，你的評論出現了悖反，然後那些終身以此為事業的人，會覺得你摧毀了他們的一個信念，那麼這種大憎恨，就會追加到你的身上；然後就會導致對你人格的懷疑，對你整體性的懷疑，這種懷疑真的曾經使我非常痛苦。”
1998年，葛紅兵出版了中國第一本《文學史學》專著，該著作的體系性、理論性、創造性上被學界高度評價，認為該作已初步建構了獨立的文學史學科體系（孫德喜：武漢大學博士，揚州大學中文系副教授），在中國文藝理論建設方面，作為第一個出版《文學史學》專著的理論工作者，他被認為是中國文學史學學科理論的奠基人之一。2000年11月，經受了痛苦的思想洗禮，葛紅兵出版了他的又一部文學評論集《障礙與認同……當代中國文化問題》，書中更進一步地闡述了“相對主義批評觀”及“身體倫理學”的文學批評立場。2001年6月，出版批評文集《輕快的柔板》；2002年4月出版思想隨筆《心靈的課堂》；2003年5月，出版《葛紅兵文集•；卑賤的真理》、《葛紅兵文集•；赤裸的心臟》兩卷，同時出版了演講稿文集《橫眼豎看》。自此，他已經在國內文學批評領域以自己特行獨立的視角和富於創見的思維，打破森嚴頑固的傳統學術理念，奠定了自己的批評理論基礎，被稱為中國當代最有代表性的新生代學人之一（湯擁華先生在《花山》雜誌撰文，把葛紅兵和陳思和等一起看成是中國當代建立了獨創批評話語的三位評論家之一加以評論）。
2003年6月，著名批評家王幹著文說：“葛紅兵因其獨行的思想姿態