態度不夠……”另一次是在12月18日治黃會議上的講話：“當時決定三門峽工程急了點。頭腦熱的時候，總容易看到一面，忽略或不太重視另一面，不能辯證地看問題。原因就是認識不夠。認識不夠自然就重視不夠。放的位置不恰當，關係擺不好。……不能只看下游不看中游，更不能說為了救下游，寧可淹關中。這不是辯證的說法。做不好，上下游都受害怎麼辦？為什麼不從另一面想想。”第三次視察三門峽之後，他直言 “三門峽改建不能再等”，並立即決定了第一期改建方案：在大壩左岸增建兩條洩洪排沙隧洞，改建四根引水發電鋼管，讓被正面大壩堵住的沙和水，儘量從旁邊的又新開出的隧洞和底下本來用來發電的管子流出去，以此來加大洩流排沙能力，這個“兩洞四管”方案被認為是周總理“挽救了一個接近失敗的工程”。但他也指出，有了改建工程也不能解決全部問題，改建也是臨時性的。作為一個救急方案，改建工程1965年開工，三年之後完成。此時，水庫淤沙雖有減輕，但潼關以上淤積卻仍然在繼續，水庫的排沙能力顯然還不夠。黃萬里認為，改建工程未能糾正建壩時的錯誤設計思想，力主必須讓泥沙排出水庫以挽救渭河兩岸。建壩以後，由於泥沙淤積在水庫內，人們只得將壩下部的洩水洞逐年一一開啟，似乎排出許多沙來，實際上排出的只是潼關以下庫內歷年的積沙，而每年隨水流衝下的泥沙仍淤積在潼關以上的黃河與渭河裡。
●1966年，庫內淤積泥沙已達34億立方米，佔庫容44。4％。三門峽水庫已成死庫。
●1968：第一次改建工程。
1968年，在大壩左岸增建兩條洩洪排沙隧洞，改建四根原本用來發電的引水鋼管，以促庫內淤沙洩出的改建工程完成，但效果一如周恩來所言，只是“臨時性的”，“不能解決全部問題”。
●1969：第二次改建工程。
第二次改建接踵而來。至此爭論已經毫無意義，只能將當年黃萬里主張保留卻在施工時被堵死的施工導流底孔開啟，從1號孔到8號孔，每一個耗資一千萬元。
與改建方案具有同等意義的是陝西、山西、河南和山東這四個與三門峽水庫執行方式發生直接利益關係的省份在1969年達成的一項“協議”：三門峽水庫汛期控制水位為305米，必要時降到300米，非汛期為310米。
●2003：渭河水災引起新爭議。
2003 年年8月以來，由於持續降雨，渭河渭南流域遭遇罕見歷史特大洪災，華陰、華縣等沿渭5縣（市、區）56萬人受災，20萬農民隻身逃出；12。9萬人無家可歸，直接損失23億元，洪災影響著當地人民群眾的生產生活。這只是一場小洪水，卻讓陝西省華縣、華陰市遭受了自1556年以來最大的災害。
渭河下游的洪災發生之後，全國上下一片譁然。10月19日，國家水利部副部長索麗生 率部分專家學者對三門峽庫區進行現場考察後，在鄭州召開了“潼關高程控制及三門峽水庫運用方式專題調研會”。會上，索副部長指出，三門峽水庫建成後取得了很大效益，但這是以犧牲庫區和渭河流域的利益為代價的。“渭河變成懸河，主要責任就是三門峽水庫。”
輿論普遍認為：作為一個政府部門的高階負責人；能夠用理性的態度正視歷史、尊重科學規律；能夠勇於承認半世紀前國家建造的工程在設計上存在的問題；這是政府行政理念的一個進步。
當年，曾經出任三門峽工程技術負責人、當年已92歲高齡的中國科學院和中國工程院雙院士張光鬥先生直言不諱建三門峽水庫是個“錯誤”，應該儘快放棄發電，停止蓄水。已退休的水利部長錢正英，也呼籲三門峽水庫放棄發電、停止蓄水。
2004年1月15日，中華環境保護基金會理事長曲格平先生在國務院主持召開的“愛一滴水就是愛全世界大型公益活動”新聞釋出會上回答記者提問時指出，三門峽工程是一個重大的決策失誤，是我國水利工程中一個失敗的記錄。
附2：655次舉報前後
作者：謝朝平（2006年5月）
舉報者李萬明
在名利悠關的時候，以個人的力量去抗衡一級甚至是幾級“組織”，那結局是可想而知的。
“五一”長假結束那天，記者收到了陝西渭南市移民局工會主席李萬明長達84頁計7萬餘字的“舉報信”。信的開頭，他說，這是我第655次投書舉報。針對與自己個人利益毫無關係的移民資金、土地等問題，我已