55年第一屆全國人民代表大會第二次會議上，蘇聯專家提出的“高壩大庫”的三門峽水利工程方案被全票透過，在“一家救萬家”大義之下，陝西省表示“困難，但中央決定了就服從”。
清華大學水利專家黃萬里當時持反對意見。他提出：大壩建成後，潼關以上流域會被淤積，並不斷向上遊發展，屆時不但不能發電，而且還要淹掉大片土地，“今日下游的洪水他年必將在上游出現”。
1961年下半年，陝西的擔憂變成現實：15億噸泥沙全部鋪在了從潼關到三門峽的河道里，潼關的河道抬高，渭河成為懸河。關中平原的地下水無法排洩，田地出現鹽鹼化甚至沼澤化，糧食因此年年減產。
1962年，在4月召開的全國人大二屆三次會議上，陝西省代表提交提案，擬請國務院從速制定黃河三門峽水庫近期運用原則和管理的具體方案，以減少庫區淤積。
1969年召開了晉、陝、豫、魯“四省會議”，會議決定對三門峽水利樞紐進行改建。
在隨後的許多年裡，三門峽工程的運用方式雖幾經調整，但三門峽工程對上游（主要是黃河最大的支流渭河）造成的危害仍在繼續。
2003年秋季；陝西渭河流域發生特大洪澇災害後，陝西許多幹部和一些知名水利專家認為，渭河“小水大災”禍起三門峽水庫，建議廢棄三門峽水庫以解渭河“地上懸河”之危。
2004年；陝西省15位省人大代表向陝西省人民代表大會提交了《關於停止三門峽水庫蓄水發電、儘快降低陝西潼關高程、徹底消除渭河下游水災隱患的議案》。同年的****期間，陝西省的多名政協委員、人大代表提出議案，要求停止三門峽水庫蓄水發電，儘快降低潼關高程“廢”掉三門峽水庫。對此，河南的32名全國人大代表也聯合提交了一份議案，要求“合理利用三門峽水庫”。議案說，三門峽水利樞紐是治黃工程體系最重要