政府說”是個什麼意思？既然有話說，那怎麼還想打到大阪和東京？這是有話說的體現嗎？第三，官軍的武器比賊軍要強的多，用的都是法國制的野山炮和步槍，賊軍卻沒有；最後就是錢，賊軍軍費只有70萬元，而官軍用了4160萬。所以說賊軍根本就沒有勝算。
但是日本政府還是很不高興。為什麼？因為雙方實力懸殊這麼大，這仗居然還打了7個月，大家覺得很不正常！於是，開會總結，幾次之後，大家理出了一條頭緒：文官掌了統帥權。文官不是武將，不知道“將在外，君命有所不受”的道理，什麼事都要請示彙報，把戰機給延誤了。還有一條呢，就是參謀的水平太差，一個好招都支不出來不說，還盡出些蹩馬腿的臭招。
本來，如果只是這樣也就罷了，山縣有朋也不會因為這個整出什麼“大日本軍人三件套”的書來。關鍵是就在明治政府在總統經驗教訓的時候，又出事了。而這次不是叛亂，是兵變！
1878年，也就是明治11年8月23日夜晚。東京竹橋近衛炮兵營。隊長宇都宮茂敏和深澤巳吉在睡夢中聽到一陣急促的腳步聲，倆人還沒來得及睜開眼睛，冰冷的戰刀已經斬斷了喉嚨。緊接著，200多名近衛炮兵和陸軍在軍營裡放了一把大火，映紅了東京的天際。
這撥兒軍隊非常有組織有紀律，這邊火燒的正旺，那邊又有90個軍士拖著大炮跑到明治維新的大功臣，大藏大臣大隈重信家門口放了幾下，然後，可能是覺得只打大臣不過癮，這些軍士又拖著炮向當時的臨時皇宮赤坂挺近。
不過，此時已經升任陸軍大臣的山縣有朋在聽到炮聲之後已經率領士兵趕來了。很快，就將那些實心眼兒，只是真心實意地希望天皇陛下能給自己做主的，一見到政府士兵就主動束手就擒的兵變軍士們給抓了起來。
可是，這些士兵根本就不能理解山縣有朋的憤怒。這位陸軍大臣根本就沒有給他們機會，直接下令將帶頭的55個人槍斃示眾，其它隨著湊熱鬧的也進行了嚴厲的懲罰。
可是，身為天皇的“近衛”軍，這些兵士為什麼要造反呢？而且，這可是炮兵啊。在19世紀中後期，炮兵，尤其是近衛炮兵，那地位跟後世中國的二炮官兵也相差彷彿了，甚至還要更高，他們為什麼要發動兵變呢？
說到底，都是因為一個字：錢！
這場叛亂的起因在於日本軍隊裡的貧富分化太嚴重。當時，被殺死的宇都宮每月工資是100日元，而最下級的炮兵只能拿到2日元30錢。從當時的物價水平來看，一個下級炮兵的薪水還沒有一個民工掙的多。能不造反嗎？不信？不信你讓一百多年以後的二炮士兵每個月只拿200塊錢試試。
竹橋事件給了山縣有朋和時任內務卿，實際已經是首相的伊藤博文很大的打擊。他們發現，原來透過募兵制找來的兵和原來的私兵不一樣，居然會造反。而當時的政治形勢又特別緊張，再過兩年就要實行議會制了，西鄉隆盛是已經死了，但他的支持者還有不少。那些小西鄉們也知道武力造反行不通，紛紛改行搞起了政治，鼓吹什麼自由民權，到時候在議會里面肯定少不了。這樣一來，到時候議會萬一被這撥自由派給把持了，指揮軍隊打回來怎麼辦？
於是，山縣有朋想了一個主意。他提出把軍隊的統帥權從議會，政府那兒**出來了，直接交給天皇……而這麼做，他給明治天皇，還有伊藤博文等人所陳述的理由則是不能讓國內政治左右軍隊。
就這樣，到1878年12月5日，原來只是陸軍省的一個局的參謀局從陸軍省**出來了，成立了參謀本部。參謀本部直屬天皇，這樣天皇就不必向太政大臣（相當於後來的首相），陸軍卿，海軍卿諮詢，只要有參謀本部幫忙就可以直掌軍隊。
而除了制度上的改變之外，為了控制軍人的思想，山縣有朋又搗鼓出來了《軍人訓誡》等三本書，要求日本軍人要絕對忠誠、絕對勇敢、絕對服從。
……
可以說，參謀本部的確立，意味著軍政和軍令的分離，說嚴重一點，意味著政治和軍事的分離。可在這個世界上，不管是平時的國防還是戰時的作戰，都要求政略和戰略的一致，從這個意義上來說，參謀本部的**簡直就是一種倒行逆施。這也是那些反對者們對此進行攻擊的最大理由。
山縣有朋自己也很清楚這一切。可是，他始終堅持自己是對的。至於原因，就是因為這麼做是“倒行逆施”。
當時的日本政府正為鞏固統治基礎而鬧心，聽著幾乎天天都有傳來的叛亂訊息，已經夠焦頭爛額的