如牛毛的代理商人，使用了一種後世航空公司普遍採用的航線制度，即事先定好路線，始發港、目的港、經停港嚴格規定，班次數量也一樣有制度約束。公司還會不定期派出航線稽查員登上代理人的船隻，隨船一起出發，以檢查他們是否違規偏離航線。
所有人都知道，好的航線資源意味著更多的利潤。像吉布提那種鳥不拉屎的地方，說實話沒幾個人願意去。他們寧願在摩加迪沙靠岸，然後直接拐個大灣前往波斯的阿巴斯港，也不願意去那裡浪費時間。但沒辦法，這個地方總要有人去，東岸共和國在那裡還設了個吉布提管委會，有幾千人定居，他們急需外界商品，也有旅客（一般是軍人或技術人員家屬）需要進出，沒有船隻經過可不行。
東非運輸公司作為國營企業，在這一點上要講政治，因此制定航線時就要考慮這一點了。他們將利潤相對豐厚的塞拉萊港和巴林港囊括了進去，以提高經停船隻的積極性。此外，還設計了義成港層拔島吉布提阿巴斯港第烏島、棉河港蒙巴薩吉布提巴士拉淺島等其他航線，以增加經停吉布提港的船隻班次，給當地人帶來了不小的便利。
航線資源每三年更換一次。屆時，東非運輸公司將依據過去三年內各位代理人的任務完成情況進行考評。考評上佳的可以得到優質航線，考評不佳的只能得到不好的航線，甚至會被削減航線。總之，東非運輸公司在維護國家利益方面還是煞費苦心的，甚至不惜揹負罵名。
“我們已經控制了印度洋大部分資源的流向了吧？其實人口也是一種資源呢。印度人一億多人口，生產了那麼多廉價的商品，胡椒、椰子、茴香、絲綢、糧食等等，真的很便宜。能夠驅使這麼多勞動力資源來為我們服務，真的是一件非常幸福的事情。這種資源，可一定要牢牢掌握在自己手裡呢。”小孫笑著回應道：“控制了通往印度的航線，就獲得了支配這種資源的能力，這確實比金錢更重要。只可惜，我們目前還不能獨霸印度的這些資源，英格蘭人、荷蘭人、法國人、葡萄牙人甚至是丹麥人、義大利人都可以來此貿易，他們也能享用這些資源，真的有些可惜了。”
“放心吧，國家肯定會給出最終解決方案的。現在第二艦隊已經基本控制了波斯灣的貿易，荷蘭東印度公司幾乎已經完全從波斯、阿拉伯半島和紅海敗走。印度西北部也基本掌握在我們手裡了，第二艦隊以打擊海盜的名義在當地巡邏，除了葡萄牙人可以分一杯羹之外，荷蘭人、英格蘭人一點戲都沒有。”老船長又端起了茶杯，嘴裡還不停地說著：“從這點就能夠看出，第烏管委會多年前佈局的塞拉萊港以及拉傑普特地區的巴吉武裝集團可謂是神來之筆。前者已經打得馬斯喀特人丟盔棄甲，不得不去其他地方請求援兵，一起發動聖戰以奪回失地，後者已經在印度西北部闖出了偌大的名氣，以至於總督都要派人來招安了。等到我們扶持的這些勢力徹底做大，那麼就連那些偷偷摸摸前去做生意的外國商人也將無利可圖了。”
“吉布提之於紅海，馬斯喀特如果拉傑普特人能夠拿下的話和巴林島之於波斯灣，馬六甲之於東印度群島，這可都是海上的交通要道，就像陸地上的雄關大隘一般，控制了這些，航線基本上就沒跑了。而航線在手，航線所輻射區域的各種資源包括勞動力，基本上也就控制在我們手裡了。他們對自家的商品的議價權將被壓縮到極致，呵呵，利潤不就是這麼來的麼？海上貿易帝國，就得做這些事情啊。”老船長最後說道：“看吧，等西班牙王位繼承戰爭打起來，印度洋的局勢還會發生更重大的變化。我活了六十年了，見了太多的事情。以咱們國家海軍的脾氣，印度洋基本上將是我們的內湖。你們還年輕，會有機會見到這一天的。”